Rubicon homologidomän
| Rubicon-homologidomän | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 RH-domän av human Rubicon (röd) bunden till Rab7-GTP (grå) ()
| |||||||||
| Identifierare | |||||||||
| Symbol | RH-domän | ||||||||
| Pfam | PF13901 | ||||||||
| Pfam klan | CL0229 | ||||||||
| InterPro | IPR025258 | ||||||||
| SMART | SM01175 | ||||||||
| SCOP2 | 6WCW / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
Rubicon -homologidomänen (även känd som RH-domän ) är en evolutionärt konserverad proteindomän på cirka 250 aminosyror som förmedlar protein-protein-interaktion. RH-domäner finns i flera mänskliga proteiner involverade i reglering av autofagi och endosomal trafficking . Även om inte alla RH-domäner har karakteriserats, förmedlar de av humant Rubicon och PLEKHM1 interaktion med det lilla GTPaset Rab7, som finns på sena endosomer och autofagosomer.
RH-domäner innehåller 16 konserverade cystein- och histidinrester som binder zinkatomer och bildar minst 4 zinkfingermotiv . Aminosyrarester mot C-terminalen av RH-domänen av Rubicon har visat sig vara väsentliga för interaktion med Rab7.
Strukturera
3D-atomstrukturen för Rubicon RH-domänen i komplex med Rab7 har bestämts genom röntgenkristallografi . Strukturen för RH-domänen har en "L"-form, med basen av "L" i kontakt med omkopplingsregionerna i Rab7. Strukturen är övervägande alfaspiralformad , med korta beta- strängområden som finns i närheten av zinkfingermotiv. Den N-terminala regionen av Rubicon RH-domänen liknar en FYVE-domän , men de grundläggande resterna som krävs för kanonisk FYVE-domänbindning av PI3P är inte närvarande.
Proteiner som innehåller en RH-domän
RH-domäner finns i ett antal proteiner, inklusive (hos människor):
- Rubicon , den definierande medlemmen av den RH-domäninnehållande familjen av proteiner och en negativ regulator av autofagi
- PLEKHM1 , ett protein som är inblandat i osteopetros
- Pacer , en positiv regulator av autofagi
- DEF8, en regulator av lysosom perifer distribution
- PLEKHM3 , involverad i skeletmuskeldifferentiering