Membrandatabas
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Data om singelspans (bitopiska) transmembranproteiner i genom |
|
Datatyper infångade |
Alla bitopiska proteiner från sex modellorganismer |
| Organismer | Homo sapiens , Arabidopsis thaliana , Dictyostelium discoideum , Saccharomyces cerevisiae , Escherichia coli , Methanococcus jannaschii |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | University of Michigan College of Pharmacy |
| Primärt citat | PMID 27510400 |
| Utgivningsdatum | 2017 |
| Tillgång | |
| Hemsida | http://membranome.org |
| Ladda ner URL | Arkiverad 16 juli 2018 på Wayback Machine |
| Verktyg | |
| webb | FMAP och TMDOCK |
| Diverse | |
| Version | 3.0 |
| Kurationspolicy | Kurerad |
Membrandatabasen tillhandahåller strukturell och funktionell information om mer än 6000 enkelpassage (bitopiska) transmembranproteiner från Homo sapiens , Arabidopsis thaliana , Dictyostelium discoideum , Saccharomyces cerevisiae , Escherichia coli och Methanocaldococcus jannaschii . Bitopiska membranproteiner består av en enkel transmembran alfa-helix som förbinder vattenlösliga domäner av proteinet belägna på motsatta sidor av ett biologiskt membran. Dessa proteiner är ofta involverade i signaltransduktion och kommunikation mellan celler i flercelliga organismer .
Databasen tillhandahåller information om de individuella proteinerna inklusive beräkningsgenererade tredimensionella modeller av deras transmembrana alfa-helixar rumsligt arrangerade i membranet, topologi , intracellulära lokaliseringar , aminosyrasekvenser , domänarkitektur , funktionell annotering och tillgängliga experimentella strukturer från Protein Data Bank . Det ger också en klassificering av bitopiska proteiner i 15 funktionella klasser, mer än 700 strukturella superfamiljer och 1400 familjer, tillsammans med 3D-strukturer av bitopiska proteinkomplex som också klassificeras till olika familjer. Den andra membranversionen tillhandahåller 3D-modeller av mer än 2000 parallella homodimerer bildade av TM α-helixar av bitopiska proteiner från olika organismer som genererades med TMDOCK-programmet. Modellerna av homodimererna verifierades genom jämförelse med tillgängliga experimentella data för nästan 600 proteiner. Databasen innehåller nedladdningsbara koordinatfiler för transmembranspiraler och deras homodimerer med beräknade membrangränser. Membranome 3.0-versionen innehåller modeller genererade av AlphaFold 2 .
Databaswebbplatsen ger tillgång till relaterade webbservrar, FMAP och TMDOCK som har utvecklats för att modellera individuella alfa-helixar och deras dimera komplex i membran. Databasen och webbservrarna användes i experimentella och bioinformatiska studier av bitopiska membranproteiner