Worldwide Protein Data Bank
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | |
| Tillgång | |
| Dataformat | mmCIF , PDB |
| Hemsida | http://www.wwPDB.org/ |
The Worldwide Protein Data Bank, wwPDB, är en organisation som upprätthåller arkivet för makromolekylära strukturer . Dess uppdrag är att upprätthålla ett enda proteindatabankarkiv med makromolekylära strukturella data som är fritt och offentligt tillgängligt för det globala samhället.
Organisationen har fem medlemmar:
- Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Database (RCSB PDB)
- Protein Data Bank in Europe (PDBe)
- Protein Data Bank Japan (PDBj)
- Biologisk magnetisk resonansdatabank (BMRB)
- Elektronmikroskopidatabank (EMDB).
wwPDB grundades 2003 av RCSB PDB (USA), PDBe (Europa) och PDBj (Japan). 2006 gick BMRB (USA) med i wwPDB. EMDB (UK) gick med 2021.
Varje medlems webbplats kan acceptera strukturdata och bearbeta data. De behandlade uppgifterna skickas till "arkivföraren". RCSB:s preliminära budgetförslag fungerar för närvarande som "arkivvakt". Detta säkerställer att det bara finns en version av data som är identisk för alla användare. Den modifierade databasen görs sedan tillgänglig för de andra wwPDB-medlemmarna, som var och en gör de resulterande strukturfilerna tillgängliga för allmänheten via sina webbplatser. (Data nås från själva wwPDB-webbplatsen endast genom länkar till medlemswebbplatserna.) Medlemssidorna är mer än bara speglar av arkivföraren, eftersom medlemmarna erbjuder olika verktyg på sina webbplatser för att analysera strukturerna i databasen.
Framgångar
- 2008 wwPDB kräver nu att, förutom atomkoordinater, strukturfaktoramplituder och -intensiteter (för kristallstrukturdepositioner) och NMR-begränsningar (för NMR-strukturdepositioner) måste deponeras som en förutsättning för att få ett PDB ID.
- 2007 Utrullade ett åtgärdat PDB. Sanering innefattade att ändra nomenklaturen för att överensstämma med IUPAC-standarder.
- ^ Världsomspännande proteindatabank. URL: http://www.wwpdb.org . Åtkomst: 22 april 2009.
- ^ Berman H, Henrick K, Nakamura H (december 2003). "Tillkännage den världsomspännande proteindatabanken" . Nat. Struktur. Biol . 10 (12): 980. doi : 10.1038/nsb1203-980 . PMID 14634627 .
- ^ "wwPDB Charter: Fullständiga och associerade medlemmar | Protein Data Bank in Europe" . www.ebi.ac.uk . Hämtad 2023-01-24 .
- ^ wwPDB årsrapporter
- ^ H., Berman; et al. (januari 2008). "Sanering av proteindatabanksarkivet" . Nucleic Acids Res . 36 (Databasproblem): D426–D433. doi : 10.1093/nar/gkm937 . PMC 2238854 . PMID 18073189 .
externa länkar
- Officiell hemsida
- Medlemsorganisationer
- RCSB PDB , Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Databank (USA)
- PDBe , Protein Data Bank in Europe
- PDBj , Protein Data Bank Japan
- BMRB , Biological Magnetic Resonance Data Bank (USA)
- Elektronmikroskopi Databank
