QRICH1
| QRICH1- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , glutaminrik 1, VERBRAS, AB-DIP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Externa ID:n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
QRICH1 , även känt som glutaminrikt protein 1 , är ett protein som hos människor kodas av genen QRICH1 . En anmärkningsvärd egenskap hos detta protein är att det innehåller en Caspase Activation Recruitment Domain, även känd som en CARD-domän . Som ett resultat av att ha denna domän, tros QRICH1 vara involverad i apoptotiska, inflammatoriska och värd-immuna reaktionsvägar.
| Tillträdesnummer | Plats | Identifierare | MW | pi |
|---|---|---|---|---|
| mRNA: NM_017730.2 protein: NP_060200.2 |
3p21.31 | FLJ20259, MFC131838 | 86,4 kDa | 5,59 |
Gen
QRICH1-genen är 64 363 baspar lång och kodar för ett mRNA- transkript som är 3331 bp långt. QRICH1 finns på kromosom 3p21.31 och innehåller 11 exoner . Den genomiska sekvensen börjar vid baspar 49,057,531 och slutar vid baspar 49,141,201.
Fungera
Den exakta funktionen av QRICH1 är inte väl förstådd av det vetenskapliga samfundet. Det anses dock vara involverat i processer som inflammation och apoptos på grund av närvaron av en CARD-domän nära början av proteinsekvensen. Detta protein förutspås lokaliseras till kärnan och är känt för att interagera med ATXN1- och ATF7IP -proteinerna som visas i bilden nedan.
Protein
Det glutaminrika proteinet 1 är 776 aminosyror långt. Glutaminrester är rikliga, och omfattar 109 av aminosyrorna eller 14% av proteinet. Proteinet innehåller tre distinkta domäner. Den första, en CARD-domän, är en medlem av dödsveck- superfamiljen och är involverad i apoptossignaleringsvägar, immunsignalering, inflammation och värdförsvarsmekanismer. Den andra domänen är en glutaminrik domän som omfattar en majoritet av proteinet och är mycket konserverad bland ortologer. Den sista domänen är en domän med okänd funktion (DUF3504) som hittas nära slutet av proteinsekvensen. Alla tre av dessa domäner är väl bevarade genom strikta ortologer.
Förutspådda funktioner
Egenskaper för QRICH1 som förutspåddes med hjälp av bioinformatikverktyg :
- Molekylvikt: 86,5 KDa
- Isoelektrisk punkt: 5,59
- Posttranslationell modifiering : Flera fosforyleringsställen rapporteras eller förutsägs. PhosphoSitePlus innehåller tre kommenterade fosforylerade seriner vid resterna 343, 345 och 659. NetPhos-programmet på ExPASy förutspådde 45 fosforyleringsställen på flera serin-, treonin- och tyrosinrester. Det finns en förutspådd sulfinerad tyrosin vid aminosyra 725.
- Ingen förutspådd signalpeptid- eller signalpeptidklyvning.
- Interagerande proteiner: ATXN1 , spinocerebellär ataxi typ 1-protein och ATF7IP , aktiverande transkriptionsfaktor 7-interagerande protein 1. ATXN1 är involverat i bindning av RNA in vitro och kan vara involverat i RNA-metabolism. ATF7IP är ett rekryterarprotein som kopplar transkriptionsfaktorer till den allmänna transkriptionsapparaten och därigenom modulerar transkriptionsreglering och kromatinbildning.
Uttryck
QRICH1 uttrycks på en hög nivå, 3,3 gånger den genomsnittliga genen. Det uttrycks överallt i människokroppen, även om EST-profildata visar att QRICH1 uttrycks särskilt högt i vävnader som tymus , testiklar , cerebellar cortex och andra delar av hjärnan, luftstrupen och i embryonal vävnad. Hälsotillstånd som könscellstumörer , leukemi , lymfom och kondrosarkom har också rapporterat högt QRICH1-uttryck.
Homologi
Ortologer
QRICH1 är mycket konserverat bland däggdjursortologer, tillsammans med andra kordater som fiskar, fåglar och amfibier. Genen har en viss bevarande bland insekter, men det fanns inga ortologer i växter, svampar eller jäst.
| Genus/art | Organismens vanligt namn | Tillträdesnummer | Sekvensidentitet | Sekvenslikhet | Längd (AA) | |
| Pan troglodyter | Schimpans | XP_001161499.1 | 99 % | 99 % | 766 | |
| Macaca mulatta | Rhesus makak | XP_001110386.2 | 99 % | 99 % | 659 | |
| Pongo abelii | Orangutang | XP_002813809.1 | 99 % | 99 % | 777 | |
| Mus musculus | Husmus | NP_780352.2 | 99 % | 99 % | 777 | |
| Rattus norvegicus | Norge råtta | NP_001128004.1 | 99 % | 99 % | 687 | |
| Canis familiaris | Hund | XP_850904.1 | 99 % | 99 % | 780 | |
| Bos taurus | Ko | NP_001091484.1 | 99 % | 99 % | 779 | |
| Sus scrofa | Vildsvin | XP_003132250.1 | 99 % | 99 % | 781 | |
| Oryctolagus cuniculus | Europeisk kanin | XP_002713458.1 | 99 % | 99 % | 777 | |
| Ailuropoda melanoleuca | Jättepanda | XP_002920598.1 | 99 % | 99 % | 780 | |
| Callithrix jacchus | Marmoset | XP_002758378.1 | 99 % | 99 % | 777 | |
| Equus caballus | Häst | XP_001498380.2 | 98 % | 98 % | 780 | |
| Monodelphis domestica | Opossum | XP_001367745.1 | 95 % | 97 % | 776 | |
| Gallus gallus | Kyckling | XP_001233527.1 | 94 % | 96 % | 773 | |
| Ornithorhynchus anatinus | Platypus | XP_001505372.1 | 94 % | 95 % | 741 | |
| Taeniopygia guttata | Zebrafink | XP_002187824.1 | 93 % | 97 % | 772 | |
| Xenopus laevis | Afrikansk klogroda | NP_001083416.1 | 79 % | 85 % | 755 | |
| Tetraodon nigroviridis | Blåsfisk | CAG11318.1 | 71 % | 80 % | 729 | |
| Danio rerio | Zebra fisk | NP_001020633.1 | 63 % | 73 % | 717 | |
| Apis mellifera | Bi | XP_624959.2 | 47 % | 64 % | 1356 | |
| Camponotus floridanus | Snickarmyra | EFN71787.1 | 45 % | 63 % | 1724 | |
Paraloger
QRICH1 har fem paraloger som alla kodar för ett zinkfingerprotein .
Denna artikel innehåller text från United States National Library of Medicine, som är allmän egendom .