PhagesDB
| Grundad | april 2010 |
|---|---|
| Plats |
|
Medlemmar |
20366 (från och med 2022-03-15) |
Nyckelpersoner |
Dr. Graham Hatfull (HHMI-professor), Dan Russell (webbmaster), Debbie Jacobs-Sera (koordinator för Phagehunting-programmet), Dr. Welkin H. Pope (forskarassistent) och Dr. Viknesh Sivanathan (HHMI-programansvarig) |
| Tillhörigheter | SEA-PHAGES (Science Education Alliance-Phage Hunters Advancing Genomics and Evolutionary Science) |
| Hemsida |
Actinobacteriophage -databasen , mer känd som PhagesDB , är en webbplats och databas som samlar in och delar information relaterad till upptäckt, karakterisering och genomik av virus som föredrar att infektera Actinobacterial -värdar. Det används för att jämföra fager och deras genomiska kommentarer. Databasen tillhandahåller information om mer än 8 000 bakteriofager , inklusive över 1 600 med redan sekvenserade genom.
Bakgrund
PhagesDB ger forskarsamhället Actinobacteriophage ett utlopp för att publicera sina resultat och dela det med medlemmarna i deras community som sedan kan analysera data ytterligare och använda dem för att kommentera nyupptäckta faggenom genom jämförelse. Den designades för att hålla jämna steg med upptäckten så att nya gener kan laddas upp i realtid. Det är tänkt att hjälpa till att undvika "tidsförskjutningen mellan sekvensering och tillgänglighet av kommenterade genom i GenBank. Den länkar samman studenter från hela världen som utför autentisk forskning via SEA-PHAGES- programmet så att de kan dela sina resultat med resten av världen forskarsamhället." Det finns mer än 6400 registrerade PhagesDB-användare med xxx.edu-e-postadresser, vilket återspeglar hur forskarstudenter använder dem.
1993 ledde sekvenseringen av L5 till starten av det första decenniet av Actinobacteriophage genomics, och avslutades i publiceringen av en analys som jämförde 14 olika mykobakteriofaggenom 2003. Med hjälp av lokala kalkylblad och GenBank var det möjligt att hantera de resulterande data i ungefär ett år, förutsatt att det var i takt med ungefär ett genom varje år. Följande två utvecklingar gjorde dock detta tillvägagångssätt oförsvarligt. Först och främst skapade skapandet av Phage Hunters Integrating Research and Education (PHIRE)-programmet en väg för nybörjare från gymnasie- och högskoleforskare att rena, isolera och karakterisera sina egna nya fager, vilket ledde till en kraftig ökning av mängden fager. isolat som kan nås för sekvensering. För det andra orsakade avslöjandet av nästa generations sekvenseringsteknologier en snabbare och billigare sekvensering av dessa genom av fager. Som ett resultat ökade antalet faggenom som sekvenserades under det kommande decenniet exponentiellt. Grunden för programmet Science Education Alliance-Phage Hunters Advancing Genomics and Evolutionary Science ( SEA-PHAGES ) 2008 ökade pipelinen mer för isolering och sekvensering av Actinobacteriophage, och att hantera data som skapats av dessa program innebar en utmaning.
PhagesDB skapades för att vara ett enda, koncentrerat arkiv av faginformation där alla som är intresserade av eller involverade i fagstudier kunde komma åt och ange data. Ett webbtillgängligt databasexempel möjliggjorde lagring och hämtning av data på ett metodiskt och smidigt sätt, samt gav enkel åtkomst för alla med en internetanslutning. I april 2010 lanserades PhagesDB, och var ursprungligen endast för Mycobacteriophages (fager av mykobakteriella värdar). 2015 blev det Actinobacteriophage Database för att innehålla alla fager som infekterade värdar i Phylum Actinomycetota .
Design och funktioner
Skapandet av PhagesDB utfördes med Django och var värd på en WebFaction-server. Django är ett Python-baserat ramverk för webbutveckling, och det valdes specifikt för dess höga mångsidighet, tillgänglighet för icke-professionella programmerare, tydlighet i dokumentationen och flera andra färdiga funktioner inklusive en fullt fungerande administrativ webbplats. Det var viktigt för den att ha tillgång till icke-professionella programmerare eftersom det möjliggör ett mer varierat utbud av resultat. Istället för att vara värd för PhagesDB lokalt, valdes WebFaction för dess enkla integration med Django, dess höga datasäkerhet och dess låga stilleståndstid. Databaswebbplatsen öppnas med en mestadels grön och svart lobbysida och uppe till vänster finns en sökfält. Fagnamn kan, sekvenserade och/eller utkast, skrivas in i sökfältet och resultaten dyker upp omedelbart.
PhagesDB har en individuell fagsida för varje enskild fag av de mer än 8000 fager som har lagts in i databasen. Dessa sidor innehåller detaljerad information om fagerna. Denna information inkluderar upptäcktsdetaljer (GPS-koordinater, hittat år, isoleringstemperatur, värdbakterie, etc.), sekvenseringsdetaljer (genomlängd, G + C-innehåll, typ av genomtermini, etc.), karakteriseringsdetaljer (morfotyp, kluster/subkluster). , genlista, etc.) och ytterligare användbara filer (fasta-sekvensfil, plackbild, restriktionssammandragningsbild, mikrograf , etc.). Om tillämpligt finns det länkar till GenBank-posten för fagen, såväl som tidningen den publicerades i. Tillsammans med alla dessa finns det en separat GeneMark-sida för varje fag som gör att man kan korshänvisa till positionen för genom inom utkastfager för att säkerställa att det verkligen finns ett genom på en viss plats. PhagesDB kan användas på egen hand men visar sig vara mer exakt när den används i samarbete med en annan bioinformatikwebbplats som NCBI Blast. Figuren nedan visar de olika typerna och antalet sekvenserade fager:
| Fagtyper Sekvenserade | Nummersekvens |
|---|---|
| Aktinoplan | 1 |
| Arthrobacter | 240 |
| Brevibacterium | 2 |
| Corynebacterium | 12 |
| Gordonia | 296 |
| Kocuria | 4 |
| Mikrobakterie | 98 |
| Mycobacterium | 1590 |
| Propionibacterium | 55 |
| Rhodococcus | 53 |
| Rothia | 1 |
| Streptomyces | 167 |
| Tetrasphaera | 1 |
| Tsukamurella | 2 |
Det finns många olika sätt i PhagesDB där användaren kan se och kontakta grupper av fager. Faglistor kan genereras och klassificeras efter värd (släkte, art eller stam), kluster, subkluster, institution, hittat år, genomlängd, G + C-innehåll och några andra kriterier. Filtersidan tillåter en kombination av kriterier för att syfta till en grupp av fager med speciella egenskaper . Varje fagkluster och subkluster har sin egen sida med en katalog över medlemsfager. Tillsammans med detta har varje kluster och subkluster dagar närvarande om sig själva också, till exempel antalet medlemmar i klustren, deras genomsnittliga genomstorlekar och värdarna som deras medlemmar infekterar eller föredrar att infektera. Det finns en interaktiv karta som visar alla fager/kluster som är sekvenserade med kända GPS-koordinater. Detta ger information om den geografiska spridningen av fagplatser för isolering. Jämförsidan låter användare se alla plackbilder, begränsningssammanfattningsbilder eller mikrofotografier för en given faggrupp. PhagesDB har aminosyranivådetaljer om dess faggenom som sekvenseras genom integration med Phamerator
Tillgång och rättigheter till data
PhagesDB-data kan ses av vem som helst fritt och vem som helst kan registrera sig för webbplatsen (genom Google , Facebook , Twitter eller PhagesDB själv), vilket ger möjlighet att lägga till nya fager som har hittats och ändra fagdata samtidigt som man lär sig mer om egenskaper hos fager.
Dessutom ger webbplatsen flera sätt att ta tillbaka grundläggande data. Nedladdningssidan av datan består av länkar för nedladdning av alla sekvenser av faggenom, texter om varje fag med bred information och foton med alla plackbilder, restriktionssmälta gelbilder eller mikrofotografier för ett givet kluster . Varje Pham-sida tillhandahåller en länk för att ladda ner aminosyrasekvenserna för alla medlemmar av den Pham för jämförande proteomiska motiv.
Ett applikationsprogrammeringsgränssnitt (API) lades nyligen till för att låta användare närma sig mycket underliggande data på ett sätt som är mer kompatibelt för datorer. PhagesDB API tar emot överklaganden för alla fager, de per värd, efter kluster eller subkluster, sekvenserade, etc., och återställer json-objekt med den önskade informationen. PhagesDB behåller vissa opublicerade data som inte finns i något medium, inklusive genomsekvenser som har gjorts nyligen. PhagesDB ' Användarvillkor ' innehåller instruktioner om hur och vilken data som ska användas av tredje part. Till exempel behöver användare som är villiga att dra nytta av opublicerade data för sina privata ändamål tillstånd från dataägarna.