Parabacteroides

Parabacteroides
Vetenskaplig klassificering
Domän:	Bakterie
Provins:	Bacteroidota
Klass:	Bakteroidier
Beställa:	Bacteroidales
Familj:	" Tannerellaceae "
Släkte:	Parabacteroides Sakamoto och Benno 2006
Typarter
Parabacteroides distasonis
Arter
P. acidifaciens P. bouchesdurhonensis P. chartae P. chinchillae P. chongii P. distasonis P. faecavium P. faecis P. goldsteinii P. gordonii P. hominis P. intestinavium P. intestinigallinanison P. intestinigallinanison P. P. massiliensis P. merdae P. pacaensis P. pekinense P. provencensis P. timonensis

P. distasonis , en art av Parabacteroides inom den mänskliga tarmmikrobiomet.

Parabacteroides är ett gramnegativt , anaerobt , icke- sporbildande släkte från familjen Tannerellaceae .

Först isolerades från fekalt prov 1933, typstam Parabacteroides distasonis klassificerades ursprungligen under namnet Bacteroides distasonis. Stammen omklassificerades för att bilda det nya släktet Parabacteroides 2006. Parabacteroides omfattar för närvarande 21 fylogenetiskt, ekologiskt och metaboliskt olika arter, varav 11 är giltigt publicerade i den taxonomiska databasen List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature ( LPSN).

Inom släktet Parabacteroides har arterna P. distasonis och P. goldsteinii associerats med gynnsamma effekter på människors hälsa, relaterade till deras integrerade roll i tarmmikrobiotan längs matsmältningskanalen.

Taxonomi

Taxon - ID-numret som används för det prokaryota släktet Parabacteroides är 516255. Föräldrataxonet kommer från bakteriefamiljen Tannerellaceae , identifierad med nummer 29533 i LPSN -databasen online .

Genomik

Genomen av Parabacteroides är mycket varierande, både över arter och inom en enda stam. Till exempel varierar genom isolerade från typstam P. distasonis i storlek från cirka 4,5 till 5,2 Mb ( megabaser ) och kodar för över 2 000 funktionella proteiner , vilket indikerar betydande variation inom arten.

Arter

Släktet Parabacteroides omfattar följande arter, varav 11 är giltigt publicerade av listan över prokaryota namn med stående i nomenklaturen (LPSN):

Giltigt namngiven av LPSN

Ej giltigt namngiven av LPSN

P. acidifaciens Wang et al. 2019 P. chartae Tan et al. 2012 P. chinchillae Kitahara et al. 2013 P. chongii Kim et al. 2019 P. distasonis (Eggerth och Gagnon 1933) Sakamoto och Benno 2006 P. faecis Sakamoto et al. 2015 P. goldsteinii (Song et al. 2006) Sakamoto och Benno 2006 P. gordonii Sakamoto et al. 2009 P. hominis Liu et al. 2022 P. johnsonii Sakamoto et al. 2007 P. merdae (Johnson et al. 1986) Sakamoto och Benno 2006

P. bouchesdurhonensis Dione et al. 2018 P. faecavium Gilroy et. al 2021 P. intestinavium Gilroy et al. 2021 P. intestinigallinarum Gilroy et al. 2021 P. intestinipullorum Gilroy et al. 2021 P. massiliensis Bellali et al. 2019 P. pacaensis Benabdelkader et al. 2020 P. pekinense Li et al. 2022 P. provencensis Benabdelkader et al. 2020 P. timonensis Bilen et al. 2019

Roll i den mänskliga tarmens mikromiljö

En del av bakterieordningen Bacteroidales som finns i den mänskliga tarmen , Parabacteroides finns vanligtvis i tarmens mikromiljö. Parabacteroides- arter utgör en betydande komponent av mikrobiota längs matsmältningskanalen , som drar nytta av ett kommensalt förhållande till människokroppen. Intestinal mikrobiota gynnar också den mänskliga värden , och modulerar viktiga metabolismrelaterade processer i tarmens mikromiljö.

P. distasonis och P. goldsteinii bildar i synnerhet biofilmer i tarmmikrobiotan , vilket gör att dessa arter kan överleva under svåra förhållanden och upprätthålla rikliga populationer i extrema pH-miljöer. Nyligen genomförda studier belyser nya tillämpningar av Parabacteroides som probiotika , vilket stöder en balanserad mikrobiotasammansättning som en fördel för mänsklig matsmältningshälsa. Både P. distasonis och P. goldsteinii uppvisar effekter mot fetma via produktion av sekundära gallsyror och succinat i tarmens mikromiljö. Studier på Parabacteroides arten P. distasonis avslöjar metaboliska fördelar med denna mekanism, inklusive kontroll av viktökning, minskning av hyperglykemi och förbättring av leversteatos och andra metabola sjukdomar.

Vidare läsning

•    Krogh, Thøger Jensen; Agergaard, Charlotte Nielsen; Møller-Jensen, Jakob; Justesen, Ulrik Stenz (20 augusti 2015). "Utkast till genomsekvens av Parabacteroides goldsteinii med förmodade nya metallo-β-laktamaser isolerade från en blodkultur från en mänsklig patient" . Genommeddelanden . 3 (4): e00937-15. doi : 10.1128/genomeA.00937-15 . PMC 4543511 . PMID 26294633 .
•   Sakamoto, M; Benno, Y (juli 2006). "Omklassificering av Bacteroides distasonis, Bacteroides goldsteinii och Bacteroides merdae som Parabacteroides distasonis gen. nov., comb. nov., Parabacteroides goldsteinii comb. nov. och Parabacteroides merdae comb. nov." . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 56 (Pt 7): 1599–605. doi : 10.1099/ijs.0.64192-0 . PMID 16825636 .
• Bilen, Melhem; Cadoret, Frederic; Daoud, Ziad; Fournier, Pierre-Edouard; Raoult, Didier (december 2016). "Parabacteroides timonensis sp. nov., identifierad i mänsklig avföring" . Human Microbiome Journal . 2 :1–2. doi : 10.1016/j.humic.2016.10.002 .
•   Versalovic, James (2011). Manual of Clinical Microbiology (10:e upplagan). Washington, DC: ASM Press. ISBN 978-1-555-81463-2 .
•   Gophna, Uri (2013). Lateral genöverföring i evolutionen . New York, NY: Springer. ISBN 978-1-461-47780-8 .