Oxalobacter aliiformigenes

Oxalobacter aliiformigenes
Vetenskaplig klassificering
Domän: Bakterie
Provins: Pseudomonadota
Klass: Betaproteobakterier
Beställa: Burkholderiales
Familj: Oxalobacteraceae
Släkte: Oxalobacter
Arter:
O. aliiformigenes
Binomialt namn
Oxalobacter aliiformigenes
Chmiel et al , 2022
Typstam
Oxalobacter aliiformigenes Va3 T

Oxalobacter aliiformigenes är en gramnegativ , icke- sporbildande , oxalatnedbrytande anaerob bakterie som först isolerades från mänskliga fekala prover . O. aliiformigenes tros ha roller i kalciumoxalat njurstenssjukdom på grund av dess unika förmåga att använda oxalat som sin primära kolkälla.

Taxonomi

Oxalobacter aliiformigenes ansågs ursprungligen vara en undergrupp av Oxalobacter formigenes baserade fettsyraprofil , 16S ribosomal RNA- sekvensering och DNA-sonder specifika för oxc ( oxalyl-CoA-dekarboxylas )-genen och frc (formyl-CoA-transferas ). fullständiga genom sekvenserades och baserat på genomsnittlig nukleotididentitetsberäkning , digital DNA-DNA-hybridisering och fylogenetiska trädanalyser fastställdes O. aliiformigenes vara en distinkt art.

Antibiotikaresistens och mottaglighet

Oxalobacter aliiformigenes visar in vitro resistens mot amoxicillin, ampicillin, ceftriaxon, cefalexin, streptomycin och vankomycin; och in vitro- känslighet för klaritromycin, klindamycin, ciprofloxacin, doxycyklin, gentamycin och tetracyklin.

Genom

Genomet av O. formigenes har sekvenserats av flera forskare och visar sig vara 2,2 – 2,4 Mb med en G+C-halt på 50,9 – 51,5 %.

  1. ^ a b    Allison MJ, Dawson KA, Mayberry WR, Foss JG (februari 1985). "Oxalobacter formigenes gen. nov., sp. nov.: oxalatnedbrytande anaerober som bebor mag-tarmkanalen". Arkiv för mikrobiologi . 141 (1): 1–7. doi : 10.1007/BF00446731 . PMID 3994481 . S2CID 10709172 .
  2. ^     Duncan, Sylvia H.; Richardson, Anthony J.; Kaul, Poonam; Holmes, Ross P.; Allison, Milton J.; Stewart, Colin S. (2002). "Oxalobacter formigenes och dess potentiella roll i människors hälsa" . Tillämpad och miljömikrobiologi . 68 (8): 3841–3847. doi : 10.1128/AEM.68.8.3841-3847.2002 . ISSN 0099-2240 . PMC 124017 . PMID 12147479 .
  3. ^ Jensen, NS; Allison, MJ (1994). "Studier om mångfalden bland anaeroba oxalatnedbrytande bakterier nu i arten Oxalobacter formigenes , abstr. I-12". Sammandrag från den 94:e bolagsstämman i American Society for Microbiology 1994 . Washington, DC, USA: American Society for Microbiology. sid. 255.
  4. ^     Sidhu, H; Allison, M; Peck, AB (1997). "Identifiering och klassificering av Oxalobacter formigenes-stammar genom att använda oligonukleotidsonder och primrar" . Journal of Clinical Microbiology . 35 (2): 350–353. doi : 10.1128/jcm.35.2.350-353.1997 . ISSN 0095-1137 . PMC 229578 . PMID 9003594 .
  5. ^   Garrity, George M.; Bell, Julia A.; Lilburn, Timothy (2005), Brenner, Don J.; Krieg, Noel R.; Staley, James T. (red.), "Klass II. Betaproteobacteria class. nov." , Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology , Boston, MA: Springer US, s. 575–922, doi : 10.1007/978-0-387-29298-4_2 , ISBN 978-0-387-24145-6 2 , hämtad 1 02- -10
  6. ^ a b     Chmiel, John A.; Carr, Charles; Stuivenberg, Gerrit A.; Venema, Robertson; Chanyi, Ryan M.; Al, Kait F.; Giguere, Daniel; Säg, Henry; Akouris, Polycronis P.; Domínguez Romero, Sergio Ari; Kwong, Aaron; Tai, Vera; Koval, Susan F.; Razvi, Hassan; Bjazevic, Jennifer (2022-12-21). "Nya perspektiv på en gammal gruppering: Den genomiska och fenotypiska variationen hos Oxalobacter formigenes och konsekvenserna för förebyggande av kalciumoxalatsten" . Frontiers in Microbiology . 13 : 1011102. doi : 10.3389/fmicb.2022.1011102 . ISSN 1664-302X . PMC 9812493 . PMID 36620050 .
  7. ^    Duncan SH, Richardson AJ, Kaul P, Holmes RP, Allison MJ, Stewart CS (augusti 2002). "Oxalobacter formigenes och dess potentiella roll för människors hälsa" . Tillämpad och miljömikrobiologi . 68 (8): 3841–3847. Bibcode : 2002ApEnM..68.3841D . doi : 10.1128/AEM.68.8.3841-3847.2002 . PMC 124017 . PMID 12147479 .
  8. ^    Lange JN, Wood KD, Wong H, Otto R, Mufarrij PW, Knight J, et al. (juni 2012). "Känslighet hos mänskliga stammar av Oxalobacter formigenes för vanligt föreskrivna antibiotika" . Urologi . 79 (6): 1286–1289. doi : 10.1016/j.urology.2011.11.017 . PMC 3569510 . PMID 22656407 .