Monoraphidium neglectum

Monoraphidium neglectum
Vetenskaplig klassificering
(orankad):	Viridiplantae
Division:	Chlorophyta
Klass:	Chlorophyceae
Beställa:	Sphaeropleles
Familj:	Selenastraceae
Släkte:	Monoraphidium
Arter:	M. neglectum
Binomialt namn
Monoraphidium neglectum Heynig & Krienitz

Monoraphidium neglectum är en encellig grönalg från familjen Selenastraceae . Det finns ett intresse för att använda M. neglectum för produktion av biobränslen eftersom det kan ackumulera stora mängder (upp till 33 % av celltorrvikten) triacylglycerider (TAG).

År 2013 publicerades ett utkast till kärn-, mitokondrie- och kloroplastgenom med en uppskattad kärnstorlek på 68 megabyte och cirka 16 761 gener. Kärngenomet är sannolikt diploid . Det mitokondriella genomet hos M. neglectum är 96 kilobyte, vilket är dubbelt så stort som Nannochloropsis gaditana och nästan sex gånger större än grönalgen Chlamydomonas reinhardtii , men innehåller färre gener.

En nukleär transformationsteknik har etablerats för M. neglectum med användning av elektrotransformation som metod för DNA-leverans. Strategin som beskrivs i denna studie, inklusive ett förbehandlingssteg för att försvaga cellväggen, kan inspirera framtida studier med andra mikroalger som också syftar till stabil nukleär genetisk transformation med hjälp av elektrotransformation.

Transkriptomet av M. neglectum har sekvenserats med Illumina HiSeq-teknologi . Med hjälp av ett poly-A-fiske och genomstyrt tillvägagångssätt, sattes transkriptomet ihop till 20 751 gener (dvs. loci). Datauppsättningen omfattar ett tidsförloppsexperiment under förhållanden med både hög TAG-ackumulering och efterföljande TAG-nedbrytning. TAG-ackumulering och nedbrytning inducerades av kväveavlägsnande (-N-förhållanden) och kväveåterförsörjning (NR-förhållanden). Totalt sekvenserades transkriptomet vid 12 tidpunkter (t0, 7x -N, 4x NR), vilket gav en omfattande och högkvalitativ datauppsättning. Rådata (100 nt paired-end reads) har deponerats hos SRA under SRA Study accessionsnummer SRP112537 . Den bearbetade datan finns tillgänglig på http://tdbmn.cebitec.uni-bielefeld.de , där direkt gen- och BLAST -sökning möjliggör datautvinning och att undersöka uttrycksmönstren för målgener under autotrofa -N- och NR-förhållanden. Det är vidare möjligt att jämföra uttrycksmönstren för målgener från M. neglectum med de för andra mikroalger som också utsattes för -N-betingelser för att inducera TAG-ackumulering.