Efter sin föregångare, patriark Joachim IV:s död, valde de ortodoxa biskoparna i Syrien Mikael (då Metropoliten Macarius av Euchaita), Metropoliten Dorotheus av Tripoli och Metropolitan Gregorius av Aleppo som de tre mest värdiga kandidaterna att efterträda honom, och gav de tre i uppdrag att sinsemellan bestämma vem som ska bli patriark. Gregorius, som inte ville överge sitt säte på grund av sin popularitet och politiska styrka i Aleppo, röstade på Michael och Dorotheus gjorde detsamma.
Michael blev snart djupt impopulär bland de ortodoxa kristna i Damaskus, säte för patriarkatet, och 1581 tvingade de honom att abdikera, varefter Metropolitan Dorotheus tog tronen med deras stöd när patriarken Joachim V. Michael drog sig tillbaka till Hama, hans hemstad, där Metropolitan Gregorius övertygade honom om att dra tillbaka sin abdikation för att utmana makten i det ortodoxa samhället i Damaskus. Den resulterande schismen varade fram till 1583, med enorma summor pengar som spenderades på båda sidor i försök att köpa stöd. Michael fick stöd av den osmanska sultanen, men Joachim mutade härskaren av Damaskus för att ignorera sultanens order och erkänna honom som patriark. År 1583 hade Mikaels stöd minskat, och han abdikerade en andra gång, och överlämnade således Antiokia-stolen till Joachim.
