Joachim VI föddes i byn Sisniya, i Akkar-regionen i det moderna Libanon. Innan han blev patriark på tronen var han Homs metropolit.
Joachim valdes till patriark av Antiochia 1593, efter en ettårig vakans av sätet. Han är ihågkommen för sin svaga regeringstid och sin oförmåga att kontrollera de ortodoxa biskoparna i Syrien från att styra deras säte autonomt. Korruptionen florerade i patriarkatet som ett resultat av hans svaghet, så mycket att pariark Meletius I av Alexandria skrev ett brev till honom där han fördömde honom.
Den verkliga makten som kontrollerade patriarkatet under hans regeringstid var den ortodoxa lekmannen i Damaskus, ledd av Sheikh Jirjis ibn Samur. Jirjis styrka växte så stor att han 1604 tvingade Joachim (som vid det laget var blind och svag) att abdikera till förmån för sin föredragna kandidat för patriark, 'Abd al-'Aziz ibn al-Ahmar, som tog namnet Dorotheus.
