Konkordans (genetik)
Inom genetik är konkordans sannolikheten att ett par individer båda kommer att ha en viss egenskap ( fenotypisk egenskap ) givet att en av paret har egenskapen. Överensstämmelse kan mätas med överensstämmelsefrekvenser , vilket återspeglar oddsen för att en person har egenskapen om den andra har det. Viktiga kliniska exempel är risken för avkommor att få en viss sjukdom om mamman har den, om pappan har den eller om båda föräldrarna har den. Överensstämmelse mellan syskon är också av intresse: vad är oddsen för att en efterföljande avkomma får sjukdomen om ett äldre barn gör det? Inom forskning diskuteras ofta överensstämmelse i samband med båda medlemmarna av ett tvillingpar . Tvillingar är konkordanta när båda har eller båda saknar en given egenskap. Det ideala exemplet på överensstämmelse är det för enäggstvillingar , eftersom genomet är detsamma, en likvärdighet som hjälper till att upptäcka orsakssamband via deconfounding , angående genetiska effekter kontra epigenetiska och miljöeffekter ( natur versus nurture ).
Däremot uppstår disharmoni när en liknande egenskap inte delas av personerna. Studier av tvillingar har visat att genetiska egenskaper hos enäggstvillingar är helt överensstämmande, medan hos tvåäggstvillingar är hälften av de genetiska egenskaperna överensstämmande, medan den andra hälften är disharmoniska. Diskordanta frekvenser som är högre än överensstämmande frekvenser uttrycker miljöns påverkan på tvillingegenskaper.
Studier
En tvillingstudie jämför överensstämmelsegraden för enäggstvillingar med den hos tvåäggstvillingar. Detta kan hjälpa till att föreslå om en sjukdom eller ett visst drag har en genetisk orsak. Kontroversiell användning av tvillingdata har tittat på överensstämmelsegrader för homosexualitet och intelligens . Andra studier har involverat att titta på de genetiska och miljömässiga faktorerna som kan leda till ökad LDL hos tvillingkvinnor.
Eftersom enäggstvillingar är genetiskt praktiskt taget identiska, följer det att ett genetiskt mönster som bärs av den ena med stor sannolikhet också skulle bäras av den andra. Om en egenskap som identifieras hos en tvilling orsakas av en viss gen, skulle den också mycket troligt finnas hos den andra tvillingen. Således hjälper konkordanshastigheten för en given egenskap att antyda om eller i vilken utsträckning en egenskap är relaterad till genetik.
Det finns flera problem med detta antagande:
- Ett givet genetiskt mönster kanske inte har 100 % penetrans , i vilket fall det kan ha olika fenotypiska konsekvenser hos genetiskt identiska individer;
- Utvecklings- och miljöförhållanden kan vara olika för genetiskt identiska individer. Om utvecklings- och miljöförhållanden bidrar till utvecklingen av sjukdomen eller annan egenskap kan det finnas skillnader i utfallet hos genetiskt identiska individer;
- Logiken är ytterligare komplicerad om egenskapen är polygen , dvs orsakad av skillnader i mer än en gen.
- Epigenetiska effekter kan förändra de genetiska uttrycken hos tvillingar genom olika faktorer. Uttrycket av den epigenetiska effekten är vanligtvis svagast när tvillingarna är unga och ökar när de enäggstvillingar blir äldre.
- Där i frånvaro av en eller flera miljöfaktorer ett tillstånd inte kommer att utvecklas hos en individ, även med höga överensstämmelsefrekvenser, är den närmaste orsaken miljö, med stark genetisk påverkan: alltså "en betydande roll av genetiska faktorer utesluter inte möjligheten att utvecklingen av sjukdomen kan modifieras genom miljöingripande." Så "genetiska faktorer antas bidra till utvecklingen av den sjukdomen", men kan inte ensamma antas vara orsakssamband.
Genotypningsstudier
I genotypningsstudier där DNA analyseras direkt med avseende på varianspositioner (se SNP ), är konkordans ett mått på procentandelen SNP som mäts som identiska. Prover från samma individ eller enäggstvillingar har teoretiskt en överensstämmelse på 100 %, men på grund av analysfel och somatiska mutationer återfinns de vanligtvis i intervallet 99 % till 99,95 %. Konkordans kan därför användas som en metod för att bedöma noggrannheten hos en genotypningsanalysplattform .
Eftersom ett barn ärver hälften av sitt DNA från varje förälder, har föräldrar och barn, syskon och tvåäggstvillingar en överensstämmelse som i genomsnitt är 50 % med detta mått.