International Cancer Genome Consortium
International Cancer Genome Consortium ( ICGC ) är en frivillig vetenskaplig organisation som tillhandahåller ett forum för samarbete mellan världens ledande cancer- och genomforskare . ICGC lanserades 2008 för att koordinera storskaliga cancergenomstudier i tumörer från 50 cancertyper och/eller undertyper som är av största vikt över hela världen.
Systematiska studier av mer än 25 000 cancergenom på genomisk , epigenomisk och transkriptomisk nivå kommer att avslöja repertoaren av onkogena mutationer, avslöja spår av mutagena influenser, definiera kliniskt relevanta subtyper för prognos och terapeutisk hantering och möjliggöra utvecklingen av nya cancerterapier.
ICGC innehåller data från The Cancer Genome Atlas (TCGA) och Sanger Cancer Genome Project.
Professor Andrew Biankin AO, Regius-professor och chef för Wolfson Wohl Cancer Research Centre vid University of Glasgow har varit verkställande direktör och ordförande från 2018.
Mål
ICGC är en av de mest ambitiösa biomedicinska forskningsinsatserna sedan Human Genome Project . Konsortiet kommer att hjälpa till att koordinera nuvarande och framtida storskaliga projekt för att förstå de genomiska förändringar som är involverade i cancer av global oro. Katalogen som produceras av ICGC-medlemmar kommer att göras snabbt och fritt tillgängliga för kvalificerade forskare, vilket kommer att göra det möjligt för forskare över hela världen att använda den nya informationen för att utveckla bättre sätt att diagnostisera, behandla och förebygga många typer av cancer.
Syftet med ICGC är att ge en omfattande beskrivning av de somatiska (icke ärftliga) genomiska abnormiteterna som finns i det breda spektrumet av mänskliga tumörer. Med tanke på vår nuvarande kunskap om heterogeniteten hos tumörtyper och subtyper, satte ICGC ett mål att koordinera cirka 50 projekt, som vart och ett kommer att generera genomiska analyser på cirka 500 cancerprover av varje klass. Det är dock välkänt att cancer är mycket heterogen och hundratals typer/subtyper kan definieras. Därför är det uttalade målet med 50 ICGC-projekt inte avsett att, och kan inte, uttömmande täcka hela spektrumet av cancertyper.
ICGC:s finansierings- och forskningsmedlemmar som föreslår ett projekt måste godkänna ICGC:s policyer, som inkluderar krav på snabb datafrigivning, för rigorösa kvalitetsstandarder och för skydd av studiedeltagare.
Struktur och finansiering
ICGC finansieras av deltagande nationer, som var och en fokuserar på en eller flera cancerformer, med målet att kartlägga genomen för minst 50 typer av cancer. Konsortiets sekretariat finns vid Ontario Institute for Cancer Research i Toronto , Kanada, som också kommer att driva datakoordinationscentret. Provinsregeringen i Ontario gav finansiering på $40 miljoner, och varje deltagande finansiär förväntas bidra med $20 miljoner till varje projekt. Under 2009 stödde den tyska cancerhjälpen ett ICGC-projekt med 7,9 miljoner euro. Detta var det högsta belopp en privat organisation gav. Pengarna skänks av tyskar.
ICGC-medlemskap är öppet för alla enheter som går med på att följa dess principer och riktlinjer. ICGC har fått åtaganden från finansieringsorganisationer i Asien, Australien, Europa och Nordamerika för 47 projektteam i 15 jurisdiktioner för att studera över 21 000 tumörgenom. Projekt som för närvarande finansieras är att undersöka tumörer som påverkar urinblåsan, blod, ben, hjärna, bröst, livmoderhals, tjocktarm, huvud och hals, njure, lever, lunga, munhåla, äggstockar, bukspottkörtel, prostata, ändtarm, hud, mjuka vävnader, mage, sköldkörtel och livmoder. Med tiden förväntas ytterligare nationer och organisationer gå med i ICGC. De genomiska analyserna av tumörer utförda av ICGC-medlemmar i Australien och Kanada (cancer i bukspottkörteln), Kina (magcancer), Frankrike (levercancer), Tyskland (hjärncancer), Japan (levercancer), Spanien (blodcancer), Storbritannien (blod-, bröst-, lung- och hudcancer) och USA (blod-, hjärn-, bröst-, kolon-, njur-, lung-, äggstockscancer, rektal-, mag- och livmodercancer) är nu tillgängliga via Data Coordination Center som finns på ICGC:s webbplats.
Medlemmar av verkställande utskottet
- Australien: Warwick Anderson, National Health and Medical Research Council
- Kanada: Thomas Hudson , Ontario Institute for Cancer Research , Susan Langlois, prostatacancer Kanada och Cindy Bell, Genome Canada
- Kina: Henry Yang och Youyong Lu, Chinese Cancer Genome Consortium
- Europeiska kommissionen: Jacques Remacle, Patrik Kolar och Iiro Eerola
- Frankrike: Fabien Calvo, Institut National du Cancer (INCa)
- Tyskland: Axel Aretz och Frank Laplace, förbundsministeriet för utbildning och forskning . Gerd Nettekoven, Deutsche Krebshilfe ( Tyska cancerhjälpen ), grundade vid Mildred Scheel , Bonn och Berlin .
- Indien: MK Bhan och TS Rao, Ministry of Science & Technology , Institutionen för bioteknik
- Italien: Maria Cristina Falvella Italienska ministeriet för utbildning, universitet och forskning (MIUR) och Giampaolo Tortora University of Verona
- Japan: Sonoko Watanabe, RIKEN , Tatsuhiro Shibata, National Cancer Center Sachiko Suematsu, Rie Tsuchida och Hideo Eno National Institute of Biomedical Innovation
- Mexiko: Miguel Betancourt Instituto Carlos Slim de la Salud
- Saudiarabien: Sultan bin Turki Al Sedairy King Faisal Specialist Hospital and Research Center
- Sydkorea: Hyung-Lae Kim National Center for Cancer Genomics, National Project for Personalized Genomic Medicine, Sydkoreas hälso- och välfärdsministerium
- Spanien: Elias Campo och Rosa Rodríguez Bernabé, spanska ministeriet för vetenskap och innovation
- Storbritannien: Michael Dunn och Michael Stratton , The Wellcome Trust Sanger Institute
- Storbritannien: David Scott och Nic Jones, Cancer Research UK
- USA: Jean Claude Zenklusen och Louis Staudt, National Cancer Institute Eric Green, och Carolyn Hutter, National Human Genome Research Institute
- Storbritannien: Rosalind Eeles, Institute of Cancer Research
- USA: Oliver Elemento, Englander Institute for Precision Medicine vid Weill Cornell Medicine
- Sydkorea: Kyu-Sung Lee, Samsung Medical Center Research, Sungkyunkwan University School of Medicine
- Sydkorea: Eun Sook Lee, National Cancer Center
- Kina: Huanming Yang, BGI Genomics
- Sydkorea: Sung-Soo Yoon Seoul National University Hospital , Seoul National University College of Medicine
- Japan: Takayuki Yoshino National Cancer Center Hospital East
- Kina: Qimin Zhan Peking University Health Science Center
Representanter med observatörsstatus:
- Hong Kong: Joseph Lee, Hong Kong University of Science and Technology
Pågående forskningsprojekt
Varje deltagande land har en särskild tumörtyp som sitt primära forskningsmål:
- Australien: Bukspottkörtelcancer – Duktalt adenokarcinom och äggstockscancer – Seröst cystadenocarcinom
- Kanada: Bukspottkörtelcancer - Duktalt adenokarcinom och prostatacancer - adenokarcinom
- Kina: Magcancer – tarm- och diffus-typ
- Europeiska unionen /Frankrike: Njurcancer – Njurcellscancer (Fokus på men inte begränsat till subtyp av ren cell)
- Europeiska unionen/Storbritannien: Bröstcancer – ER+ve, HER2-ve
- Frankrike: Bröstcancer – Subtyp definierad av en amplifiering av HER2 -genen
- Frankrike: Levercancer – Hepatocellulärt karcinom (sekundärt till alkohol och fett)
- Tyskland: Pediatriska hjärntumörer – Medulloblastom och pediatriskt pilocytiskt astrocytom och malignt lymfom och prostatacancer
- Indien: Oral cancer – Gingivobuckal
- Italien: Sällsynta bukspottkörteltumörer – Enteropankreatiska endokrina tumörer och sällsynta pankreatiska exokrina tumörer
- Japan: Levercancer – Hepatocellulärt karcinom (virusassocierat)
- Spanien: Kronisk lymfatisk leukemi – KLL med muterad och omuterad IgVH
- Storbritannien: Bröstcancer – Trippelnegativ/lobulär/annan
- USA: skivepitelcancer i lungor , njurpapillärkarcinom, klarcellig njurkarcinom, bröstkanalkarcinom, njurcellscancer, livmoderhalscancer ( platepitelcancer ), tjocktarmsadenokarcinom , magadenokarcinom, ändtarmscancer , lever- , huvud- och huvudkarcinom cellkarcinom, sköldkörtelkarcinom , urinblåsekarcinom – icke-papillärt , livmoderkropp ( endometriekarcinom ) , bukspottkörtelduktal adenokarcinom, akut myeloid leukemi , prostataadenokarcinom , lungadenokarcinom , lungkarcinom, hudkarcinom och nedre karcinom, hud- och nedre karcinom . oma , seröst cystadenocarcinom på äggstockarna , skivepitelcancer i lungor , binjurebarkcarcinom , diffust storcelligt B-cellslymfom , paragangliom & feokromocytom , kolangiokarcinom , livmoderkarcinosarkom , uvealt melanom , tymom , sarkom , germceller och testiliom cancer .
Framtida arbete
ICGCmed
Inom ramen för massiva internationella sekvenseringsinsatser, och i väntan på den nya eran av precisionsmedicin, kommer The International Cancer Genome Consortium for Medicine (ICGCmed) att koppla den mängd genomisk data som redan har samlats, såväl som ny genomisk data som genereras, till klinisk information och hälsoinformation, inklusive livsstil, patienthistoria, cancerdiagnostiska data och svar på och överlevnad efter behandlingar, över hela cancerspektrumet. Med hjälp av denna storskaliga integrerade data kommer forskare, vetenskapsmän, beslutsfattare och kliniker att kunna arbeta med patienter, vårdgivare och andra för att utveckla förebyggande strategier, markörer för tidig upptäckt av sjukdom, mer specifika kriterier och metoder för diagnoser och prognoser, och interventioner baserade på att matcha patientens sjukdomsmolekylära subtyp med de mest effektiva kombinationerna av terapier.
Detta kommer att leda till upptäckten av nya terapeutiska mål, mer exakta sjukdomsdefinitioner och förbättrade strategier för att förhindra läkemedelsresistens.
Se även
- The Cancer Genome Atlas - National Cancer Institute
- Cancer Genome Project - Wellcome Trust Sanger Institute