Identifiers.org

Identifiers.org är ett projekt som tillhandahåller stabila och perenna identifierare för dataposter som används inom Life Sciences. Identifierarna tillhandahålls i form av Uniform Resource Identifiers ( URI). Identifiers.org är också ett lösningssystem som förlitar sig på samlingar listade i MIRIAM-registret för att ge direkt åtkomst till olika instanser av de identifierade posterna.

Identifiers.org URI:er och lösningssystem

Identifiers.org-URI:erna är fleråriga identifierare, som på en gång anger datainsamlingen, med hjälp av registrets namnområden, och postidentifieraren inom samlingen i form av en unik lösbar URI . Identifiers.org-lösningssystemet bygger på informationen som lagras i MIRIAM Registry , som är en databas som lagrar namnområden som tilldelats vanliga datasamlingar (databaser och ontologier ) för Life Sciences. Den omvandlar en Identifiers.org URI till de olika URL:erna som leder till de olika instanserna av posten som identifieras av URI:n. Identifiers.org är en del av ELIXIR Interoperability Platform .

Identifieringsstruktur

En Identifiers.org URI består av flera delar:

Protokoll. Identifiers.org URI är HTTP URI och börjar med "http://"
Datainsamling. Dessa är namnutrymmen listade i MIRIAM-registret . Till exempel "pubmed" för publikationsresursen PubMed , "ec-code" för enzymnomenklaturen och "go" för genontologi
Rekord i samlingen. Till exempel är "9606" "3-fluorotoluene" i samlingen PubChem, det är "Homo sapiens" i samlingen "taxonomi" och det är en samhällsvetenskaplig publikation i samlingen "pubmed".
Valfritt: Identifiers.org URI:er kan suffixas med parametrar, till exempel att påtvinga vilken resurs som ska användas för att lösa, "profiler" som styr upplösarens beteende etc.

Struktur och exempel på Identifiers.org URI:er.

Användande

Systemet tillåter en konsekvent och enhetlig anteckning av datamängder. Detta i sin tur underlättar dataanpassning och integration. Identifiers.org URI:er används för att koda metadata i standardformaten för COMBINE-initiativet, såsom SBML . I synnerhet exporterar databaser som BioModels Database och Reactome sina data i SBML med korsreferenser kodade med Identifiers.org URI:er. Dessa URI:er används också i olika semantiska webbprojekt som Bio2RDF , Open PHACTS och EBI RDF-plattformen Identifiers.org är en del av Interoperability -plattformen för European life-sciences Infrastructure for Biological Information .

Jämförelse med andra URI-system

Identifiers.org URIs har utvecklats sedan 2011 som en lösbar version av MIRIAM -identifierarna, utvecklade sedan 2005, som var av en URN -form och inte direkt lösbara. Identifiers.org URI:er liknar PURL:er , även om de tillhandahåller alternativa upplösningar för samlingar med flera instanser. De liknar också DOI , men tillhandahåller samlingsnamn som kan läsas av människor och återanvänder postidentifieraren som tilldelats av dataleverantören.

Se även

externa länkar

identifiers.org webbplats
standarder för COMBINE-initiativet
Öppna PHACTS , det öppna farmakologiska utrymmet