MIRIAM-registret

MIRIAM -registret , en biprodukt av MIRIAM- riktlinjerna, är en databas med namnutrymmen och tillhörande information som används för att skapa enhetliga resursidentifierare . Den innehåller uppsättningen av community-godkända namnområden för databaser och resurser som i första hand betjänar domänen för biologiska vetenskaper. Dessa delade namnområden, i kombination med identifierare för 'datainsamling', kan användas för att skapa globalt unika identifierare för kunskap som finns i datalager. För mer information om användningen av URI:er för att kommentera modeller, se specifikationen för SBML Level 2 Version 2 ( och högre).

En "datainsamling" definieras som en uppsättning data som genereras av en leverantör. En "resurs" definieras som en distributör av denna data. En sådan beskrivning gör att många resurser kan associeras med en enda samling, vilket möjliggör en korrekt representation av hur biologisk information är tillgänglig på World Wide Web; ofta kan samma information, från en enda datainsamling, speglas av olika resurser, eller så kan kärninformationen kompletteras med annan data.

Exempel på en post lagrad i MIRIAM-registret

datainsamlingsnamn: Gene Ontology
datainsamlingsidentifierare: MIR:00000022
datainsamling synonymer: GO
datainsamlingsidentifieringsmönster: ^GO:\d{7}$
datainsamlingsnamnområde: urn:miriam:obo.go
datainsamling 'Root URL': http://identifiers.org/obo.go/
datainsamling 'Root URN': urn:miriam:obo.go :
insamlingsresurser:
- resurs #1
  - resursidentifierare: MIR:00100012
  - resursplatswebbplats: http://www.ebi.ac.uk/ego/
  - resursåtkomstadress (tokeniserad): http://www.ebi.ac.uk/ego/DisplayGoTerm?selected=$1
  - resurs Beskrivning: QuickGO (Gene Ontology webbläsare)
  - resursinstitution: European Bioinformatics Institute, Storbritannien
- resurs #2
  - [...]

MIRIAM-registret är en utvald resurs som är fritt tillgänglig och öppen för alla. Inlämning av nya samlingar kan göras via hemsidan.

Identifierare som använder MIRIAM-systemet

MIRIAMs riktlinjer kräver användning av enhetliga resursidentifierare i annoteringen av modellkomponenter. Dessa skapas med hjälp av den delade listan över namnområden som definieras i MIRIAM-registret.

MIRIAM URI

Med hjälp av namnrymden som definieras i MIRIAM-registret är det möjligt att skapa identifierare i både en URN- och en URL-form. Detta kräver en unik samlingsspecifik identifierare, såväl som ett namnområde för att globalt begränsa informationsutrymmet. Både namnutrymmet och roten för varje URI-formulär anges för varje datainsamling i registret. Båda formerna är härledda från samma namnutrymme. Till exempel:

urnform: urn:miriam:pubmed:16333295
URL-formulär: http://identifiers.org/pubmed/16333295

I det här exemplet är den samlingsspecifika identifieraren 16333295 och namnområdet är pubmed.

URN-formen av identifierare kräver användning av webbtjänster eller programmatiska medel för att komma åt den refererade posten. Detta innebär att man inte bara kan lägga in URN-formuläret i ett webbläsarfönster och komma fram till den refererade informationen. URL-formuläret är direkt lösbart och förlitar sig på ett lösande lager som tillhandahålls av Identifiers.org .

Stödfunktioner och tillgänglighet

För att möjliggöra effektiv användning av MIRIAM-registret och ett snabbt antagande av anteckningsschemat tillhandahålls ett antal stödjande funktioner. Dessa inkluderar webbtjänster , ett webbplatsgränssnitt för åtkomst till själva registret och ett Java-bibliotek

MIRIAM-registret är utvecklat av Proteomics Services Team vid European Bioinformatics Institute . Källkoden för hela projektet, inklusive stödjande funktioner, är tillgänglig från SourceForge.net .

MIRIAM- registret används av flera världsomspännande projekt som BioModels Database , SABIO-RK, COPASI. En mer utförlig lista finns på hemsidan.

Se även