Minsta information som krävs i anteckningen av modeller
MIRIAM (Minimum Information Required In The Annotation of Models) är ett försök på gemenskapsnivå för att standardisera antecknings- och kurationsprocesserna för kvantitativa modeller av biologiska system. Den består av en uppsättning riktlinjer som är lämpliga för användning med alla strukturerade format, vilket gör att olika grupper kan samarbeta och dela resulterande modeller. Att följa dessa riktlinjer underlättar också delning av programvara och tjänsteinfrastrukturer som bygger på modelleringsaktiviteter.
Idén med "en uppsättning god praxis" inklusive "vissa obligatoriska metadata" föreslogs först av Nicolas Le Novère i oktober 2004 som en del av en diskussion om att utveckla en gemensam databas med modeller inom systembiologi (som ledde till skapandet av BioModels Database ). Dessa initiala idéer förfinades ytterligare vid ett möte i Heidelberg, under ICSB 2004, med representanter från många andra intresserade grupper.
MIRIAM är ett registrerat projekt av MIBBI (minimiinformation för biologiska och biomedicinska undersökningar).
MIRIAMs riktlinjer
MIRIAM-riktlinjerna består av tre delar, referenskorrespondens , attributionsanteckning och extern resursannotering , som var och en behandlar olika aspekter av information som bör inkluderas i en modell.
Referenskorrespondens
"Referenskorrespondens" handlar om den grundläggande referensinformation som behövs för att använda modellen, och beskriver på bruttonivå modellfilens format och dess instantiabilitet för simuleringsändamål.
- Modellfilen måste vara kodad i ett offentligt, standardiserat, maskinläsbart format ( SBML , CellML , GENESIS , ...).
- Modellfilen måste vara giltig med avseende på dess kodningsschema.
- Modellen måste förknippas med en referensbeskrivning eller publikation som beskriver dess ursprung, även om den är en sammansatt.
- Den kodade modellstrukturen måste återspegla de (biologiska) processerna som beskrivs i referensbeskrivningen.
- Modellen måste vara instantierbar; nödvändiga kvantitativa parametrar, såsom initiala villkor, bör tillhandahållas om de behövs för en simulering.
- När den instansierats måste modellen kunna återge representativa resultat enligt referensbeskrivningen, inom en epsilon (algoritmer, avrundningsfel).
Attributionsanteckning
"Attributionsannotering" handlar om tillskrivningsinformationen som måste bäddas in i modellfilen.
- Modellen måste ha ett namn.
- Modellen måste innehålla en hänvisning till referensbeskrivningen som identifierar författarna till modellen.
- Modellen måste innehålla namn och kontaktuppgifter för modellskaparna.
- Datum och tid för modellskapande och senaste ändring bör anges. En modellhistorik är användbar men inte nödvändig.
- Modellen bör kopplas till ett exakt uttalande om dess användningsvillkor och distribution, oavsett om den är "gratis att använda" eller inte.
Extern resurskommentar
'Extern resurskommentar' definierar det sätt på vilket anteckningar ska konstrueras. Dessa anteckningar innehåller referenser till entiteter i databaser, klassificeringar, ontologier etc. Ett av syftena med annotering är att möjliggöra entydig identifiering av de olika modellkomponenterna.
- Anteckningen måste entydigt relatera en kunskap till en modellbeståndsdel.
- Den refererade informationen ska beskrivas med hjälp av en triplett
{datainsamling, samlingsspecifik identifierare, valfri kvalificerare}:- Anteckningen ska uttryckas som en Uniform Resource Identifier (URI).
- Den samlingsspecifika identifieraren bör analyseras inom ramen för datainsamlingen.
- Kvalifikationer (valfritt) bör användas för att förfina länken mellan modellkomponenterna och den refererade informationen, till exempel "has_a", "är_version_av" och "är_homolog_till".
Mer information om de befintliga kvalificeringarna finns på BioModels.net.
Än så länge är anteckningar huvudsakligen ett manuellt arbete, så för att säkerställa deras livslängd är användningen av fleråriga URI:er nödvändigt. Man insåg att genereringen av giltiga och unika URI:er för annotering krävde skapandet av en katalog med delade namnutrymmen för användning av gemenskapen. Denna funktion tillhandahålls av MIRIAM-registret . Registret tillhandahåller också en mängd stödjande hjälpfunktioner för att möjliggöra automatiserade procedurer baserade på dessa URI:er. Möjligheten att generera lösbara identifierare tillhandahålls genom användning av det lösa lagret, Identifiers.org .