Hepatit C-virus inre ribosominträdesställe
| Hepatit C-virus internt ribosominträdesställe | |
|---|---|
 Förutspådd sekundär struktur och sekvenskonservering av IRES_HCV-
| |
| identifierare | |
| Symbol | IRES_HCV |
| Alt. Symboler | HCV_IRES |
| Rfam | RF00061 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg ; IRES |
| Domän(er) | Virus |
| GÅ | GO: 0043022 |
| SÅ | SO:0000243 |
| PDB- strukturer | PDBe |
Hepatit C-virusets interna ribosominträdesställe , eller HCV IRES , är en RNA- struktur inom 5'UTR av HCV-genomet som förmedlar cap-oberoende translationsinitiering.
Proteintranslation av de flesta eukaryota mRNA sker genom en cap-beroende mekanism och kräver association av Met- tRNA i Met , flera eukaryota initieringsfaktorer och GTP med den 40S ribosomala subenheten, rekrytering till 5' cap och skanning längs 5' UTR att nå till startkodon. Däremot initieras translation av hepatit C-virus (HCV)-mRNA av en annan mekanism än den vanliga 5' cap-bindande modellen. Denna alternativa mekanism förlitar sig på den direkta bindningen av den 40S ribosomala subenheten genom det interna ribosominträdesstället (IRES) i 5' UTR av HCV RNA. HCV IRES antar en komplex struktur och kan skilja sig väsentligt från IRES-element som identifierats i picornavirus . Ett litet antal eukaryot mRNA har visat sig översättas genom inre ribosominträde.
IRES struktur
Nukleotiderna 1–40 i HCV-mRNA:t tros inte bidra till translation, utan krävs snarare för genomisk RNA- replikation. Återstoden av HCV 5'-UTR består av tre domäner, nämligen domäner II-IV (domän I är belägen på 5'-änden av mRNA). [ citat behövs ]
Handlingsmekanism
HCV IRES binder oberoende två komponenter i eukaryot translationsinitieringsmaskineri, multiproteininitieringsfaktorn eIF3 och 40S liten ribosomal subenhet. Dessutom binder det 40S på ett sådant sätt att AUG-initiatorkodonet är placerat i det ribosomala P-stället, varför ingen ribosomavsökning krävs. Följaktligen är skanningsfaktorerna eIF1 och eIF1A nödvändiga för HCV-translationen, liksom komponenter i eIF4F-komplexet ( eIF4A , eIF4E och eIF4G ) och eIF4B , som vanligtvis krävs för mRNA-bindning och avveckling av 5'UTR . Initiator-tRNA levereras antingen av eIF2 eller, under stressförhållanden när eIF2 är inaktiverat, av eIF2A , eIF2D eller möjligen eIF5B , en homolog av prokaryotiskt IF2- protein. [ citat behövs ]
Se även
Vidare läsning
- Malygin AA, Kossinova OA, Shatsky IN, Karpova GG (oktober 2013). "HCV IRES interagerar med 18S rRNA för att aktivera 40S ribosomen för efterföljande steg av translationsinitiering" . Nukleinsyraforskning . 41 (18): 8706–8714. doi : 10.1093/nar/gkt632 . PMC 3794592 . PMID 23873958 .