Glutamatrikt protein 3
| ERICH3- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , C1orf173, glutamatrik 3, glutamatrik protein 3, kromosom 1 öppen läsram 173 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| externa ID:n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Glutamatrikt protein 3 , även känt som Uncharacterized Protein C1orf173 , är ett protein som kodas av ERICH3 -genen. ERICH3 fick namnet "kromosom 1 öppen läsram 173 ( C1orf173 )" baserat på dess kartplats i det mänskliga genomet. Det döptes därefter om till "E-rich 3" som ett resultat av det höga innehållet av glutamat (E) i dess kodade aminosyrasekvens. Enkelnukleotidpolymorfismer (SNP) i ERICH3 -genen har identifierats som en av de "översta" signalerna i en genomomfattande associationsstudie (GWAS) för plasmaserotoninkoncentrationer som i sig var associerade med selektivt serotoninåterupptagshämmare ( SSRI) svar i patienter med major depressive disorder (MDD). Samma ERICH3 SNP visades senare som var signifikant associerad med SSRI-behandlingsresultat i tre oberoende MDD-studier, inklusive STAR*D, ISPC och PReDICT. ERICH3 är mest uttryckt i en mängd olika regioner av den mänskliga hjärnan, inklusive nucleus accumbens (basala ganglier) och frontal cortex baserat på GTEx RNA-seq- data. Encelliga RNA-seq-data för mänskliga hjärnprover visade att ERICH3 huvudsakligen uttrycks i neuroner snarare än andra CNS -celltyper. ERICH3 befanns interagerar med proteinfunktion i vesikelbiogenes och kan spela en betydande roll i vesikulär funktion i serotonerga och andra neuronala celltyper, vilket kan hjälpa till att förklara dess samband med antidepressiv behandlingssvar. ERICH3-protein hittades också rikligt i blodplättar och cilia baserat på proteomstudierna. Dess funktion i blodplättar ansågs relaterad till lagring av serotonin i plasma eftersom mer än 99 % av blodserotonin lagrades i blodplättar och ERICH3 SNPs har associerats med plasmaserotoninkoncentration hos MDD-patienter. ERICH3 i primära cilia kan reglera ciliumbildning och lokaliseringar av ciliär transport.
Gen
ERICH3 -genen hos människor är 105 628 baser och kodas på minussträngen i position 31.1 på den korta armen av kromosom 1 från baspar 75 033 795 bp till 75 139 422 bp från pter . ERICH3 RNA uttrycktes övervägande i mänsklig hjärna och testiklar baserat på GTEx RNA-seq- data. Ensembls mänskliga genomsammansättning kommenterade fem ERICH3 RNA-transkript . Referenstranskriptet bestod av femton exoner, med exon 14 som kodade för hälften av den öppna läsramen. Referensen ERICH3-transkriptet uttrycktes i hjärnan, övervägande i neuroner men inte i testiklarna. Ett "kortare" ERICH3-transkript bestod av sju exoner, av vilka dess första exonmappning till intron 6 i referens-ERICH3-transkriptet, huvudsakligen uttrycktes i testiklarna. Förutom ERICH3 vesikulär funktion i antidepressiva behandlingssvar och ciliumbildning, har uttryck av denna gen kopplats till flera former av cancer , såsom bröstcancer och hudsarkom . C1orf173 uttrycks i hjärnan, ögat, lungan, bröstkörteln, muskeln, hypofysen , testiklarna, luftstrupen och livmodern.
Protein
C1orf173-proteinet hos människor är 1 530 aminosyror (aa) långt och innehåller två domäner med okänd funktion, DUF4590 och DUF4543. Båda DUF-regionerna är för närvarande okarakteriserade även om de finns i eukaryoter inklusive människor. Det finns för närvarande tre kända isoformer av C1orf173-proteinet hos människor, Q5RHP9-1 ( kanonisk ), Q5RHP9-2 och Q5RHP9-3. Andra djur tenderar att ha en mängd olika varianter av denna gen. Det kanoniska ERICH3-proteinet, som kodades från dess referens-RNA-transkript, har visats är den dominerande ERICH3-isoformen i neuroner genom Western blot- analyser.
C1orf173 förutspås vara ett nukleärt protein baserat på PSORT II-analys och de föreslagna proteininteraktionerna som finns mellan c1orf173 och andra proteiner såsom TAF5L. Genom att analysera proteinet för isoelektrisk punkt med hjälp av Compute pI/Mw-verktyget i Expasy fann man att C1orf173 är svagt surt från ett pH på 4,6-5 för de flesta ortologer. Ytterligare analys med hjälp av NetPhos-verktyget på Expasy visade att det finns ett stort antal fosforylerade seriner, ett mellantal av fosforylerade treoniner och ett fåtal fosforylerade tyrosiner .
De experimentella data visade dock tydligt att ERICH3-proteiner, inklusive alla tre kända isoformer, är lokaliserade i cytoplasma men inte i kärnan . Det "kanoniska" ERICH3-proteinet förutspåddes ha en molekylvikt (MW) på 168,5 kD, men ett band vid ~250 kD observerades med Western blot. Denna slående skillnad (>80 kD) mellan förutsagda och observerade molekylvikter var osannolikt ett resultat av post-translationell modifiering såsom glykosylering eller fosforylering utan från det höga innehållet av glutamat (E) i dess aminosyrasekvens. Tidigare studier har rapporterat att proteiner med ett högt innehåll av glutamat (E) och/eller aspartat (D), aminosyror med sura sidokedjor, kan visa högre uppenbara MW-värden under Western blot-analys än vad som skulle förutsägas.
Proteinstruktur
C1orf173-proteinet har en sekundär struktur som i första hand är alfaspiraler och slumpmässiga spolar baserade på bioinformatisk analys. Hos människor har den tertiära strukturen av C1orf173 två komponenter som liknar ubiquitin-liknande 2-aktiverande enzym e1b och alginas.
Proteininteraktioner
C1orf173-proteinet har förutspåtts eller experimentellt observerats interagera med följande proteiner:
Se även
- C1orf146