Eupterodactyloidea namngavs av S. Christopher Bennett 1994 som en infraordning av underordningen Pterodactyloidea. Bennett definierade det som en apomorfi -baserad klad . Men 2010 omdefinierade Brian Andres gruppen som ett stambaserat taxon i sin avhandling, och formaliserade sedan definitionen 2014 som alla pterosaurier närmare besläktade med Pteranodon longiceps än till Pterodactylus antiquus . Den lite mer exklusiva gruppen Ornithocheiroidea omdefinierades 2003 av Alexander Kellner. Han definierade den som den minst inkluderande kladden som innehöll Anhanguera blittersdorffi , Pteranodon longiceps , Dsungaripterus weii och Quetzalcoatlus northropi . Ornithocheiroidea har ofta använts för en mycket mer exklusiv grupp som endast inkluderar grenen av traditionella ornithocheirid- pterosurier, även om denna användning sedan dess har fallit i onåd av många forskare efter år av konkurrerande definitioner för de olika pterodactyloid-kläderna. Kompromissdefinitionerna av Andres och andra har sedan dess blivit mer allmänt antagna.
Nedan är ett kladogram som visar resultaten av en fylogenetisk analys som först presenterades av Andres et al. 2014, och uppdaterad av Longrich, Martill och Andres 2018. Andres och kollegor följde denna definition och använde även en grenbaserad definition för Eupterodactyloidea, vilket gör dem mycket lika till innehåll.
