Desulfitobacterium hafniense
| Desulfitobacterium hafniense | |
|---|---|
| Vetenskaplig klassificering | |
| Domän: | |
| Provins: | |
| Klass: | |
| Beställa: | |
| Familj: | |
| Släkte: | |
| Arter: |
D. hafniense
|
| Binomialt namn | |
|
Desulfitobacterium hafniense Christiansen och Ahring 1996
|
|
Desulfitobacterium hafniense är en art av grampositiva bakterier, dess typ av stam är DCB-2 T . (NCBI taxonomi ID 272564; DSM 10664).
D. hafniense är anaeroba sporbildande bakterier. Majoriteten av de beskrivna isolaten är fakultativt organohalidrespirerande bakterier som kan reduktiv deklorering av organohalider såsom klorfenoler och tetrakloreten . Cellerna i D. hafniense är stavformade och 3,3 till 6 μm långa och 0,6 till 0,7 μm breda, de är rörliga , varje cell har en eller två terminala flageller . Alla testade stammar är resistenta mot antibiotikan vankomycin .
Under årens lopp har flera ytterligare stammar som tillhör arten hafniense beskrivits från en mängd olika miljöer. Stammarna PCP-1, TCE1, DP7, TCP-A och G2 publicerades ursprungligen som medlemmar av en separat art Frappieri, men alla anses idag tillhöra hafniense -arten.
| Anstränga | Källa | DSM |
|---|---|---|
| DCB-2 T | Avloppsslam | 10664 |
| PCP-1 | Avloppsslam | 12420 |
| TCP-A | Flodsediment | 13557 |
| GBFH | Flodsediment | --- |
| Y51 | Förorenad jord | --- |
| TCE1 | Förorenad jord | --- |
| PCE-S | Förorenad jord | 14645 |
| G2 | Under ytan | 16228 |
| DP7 | Mänsklig avföring | 13498 |
| LBE | inte beskrivet | --- |
Genom
Genomet av D. hafniense innehåller maskineriet för både pyrrolysin och selenocystein , vilket gör det till den enda kända organismen som potentiellt använder 22 aminosyror i proteinöversättning. Desulfitobacterium hafniense -stam DCB-2 T har ett enda cirkulärt genom som innehåller 5,78 Mbp som kodar för 5 045 gener. Genomet av Desulfitobacterium hafniense -stam DCB-2 T hyser sju gener som kodar för reduktiva dehalogenaser, fem av dessa verkar vara funktionella och två är störda av mutationer.
Fullständig genomsekvensinformation finns tillgänglig för nio desulfitobacterium hafniense- stammar. De har alla genomstorlekar som sträcker sig från 5 till 5,7 Mbp, ingen av de sekvenserade stammarna innehåller några plasmider. Genomen kodar endast för ett begränsat antal reduktiva dehalogenaser , förutom gener för att använda ett brett spektrum av elektrondonatorer och -acceptorer.
| Anstränga | Genomstorlek (Mbp) | Antal reduktiva dehalogenaser |
Genom beskrivs |
|---|---|---|---|
| Y51 | 5,7 | 1 | 2006 |
| DCB-2 T | 5,3 | 7 | 2012 |
| PCE-S | 5,7 | 2 | 2015 |
| DH | 5,4 | 0 | 2016 |
| TCE1 | 5,7 | 1 | 2017 |
| PCP-1 | 5,6 | 7 | 2017 |
| LBE | 5,5 | 2 | 2017 |
| DP7 | 5,2 | 0 | 2017 |
| TCP-A | 5 | 5 | 2017 |
Vidare läsning
- Villemur R, Lanthier M, Beaudet R, Lépine F (september 2006). "Desulfitobacterium-släktet" . FEMS mikrobiologirecensioner . 30 (5): 706–33. doi : 10.1111/j.1574-6976.2006.00029.x . PMID 16911041 .
- Nonaka H, Keresztes G, Shinoda Y, Ikenaga Y, Abe M, Naito K, Inatomi K, Furukawa K, Inui M, Yukawa H, et al. (mars 2006). "Fullständig genomsekvens av den dehalorespirerande bakterien Desulfitobacterium hafniense Y51 och jämförelse med Dehalococcoides ethenogenes 195" . Journal of Bakteriologi . 188 (6): 2262–74. doi : 10.1128/JB.188.6.2262-2274.2006 . PMC 1428132 . PMID 16513756 .
- Kim SH, Harzman C, Davis JK, Hutcheson R, Broderick JB , Marsh TL, Tiedje JM (februari 2012). "Genomsekvens av Desulfitobacterium hafniense DCB-2, en grampositiv anaerob kapabel till dehalogenering och metallreduktion" . BMC Mikrobiologi . 12 (1): 21. doi : 10.1186/1471-2180-12-21 . PMC 3306737 . PMID 22316246 .
- Lanthier M, Juteau P, Lépine F, Beaudet R, Villemur R (februari 2005). "Desulfitobacterium hafniense är närvarande i en hög andel i biofilmerna i en högpresterande pentaklorfenol-nedbrytande, metanogen fixfilmreaktor" . Tillämpad och miljömikrobiologi . 71 (2): 1058–65. doi : 10.1128/AEM.71.2.1058-1065.2005 . PMC 546785 . PMID 15691966 .
- Villemur R (april 2013). "Den pentaklorfenol-dehalogenerande Desulfitobacterium hafniense-stammen PCP-1" . Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Serie B, Biologiska vetenskaper . 368 (1616): 20120319. doi : 10.1098/rstb.2012.0319 . PMC 3638460 . PMID 23479749 .
externa länkar
- LPSN
- "Desulfitobacterium hafniense" på Encyclopedia of Life
- Typstam av Desulfitobacterium hafniense vid Bac Dive - Bacterial Diversity Metadatabase