Fram till de sexton sista av tävlingen kördes cupen i tre regioner (norra, centrala och södra). National League- lag fick ett hejdå tills den sista 64 etappen. Totalt deltog 147 lag i tävlingen, ett nytt rekord för tiden.
Finalen var den tredje och sista som hölls över hemma- och bortamatcher. Formatet övergavs för 1989 Chatham Cup eftersom det visade sig impopulärt. Finalen 1988 var den enda som avgjordes på bortamålsregeln, där Waikato United vann efter att ha gjort fler mål i första omgången i Christchurch, trots att båda matcherna slutade oavgjort.
Christchurch-laget inkluderade Steve Sumner , som återvände till staden efter en period med Gisborne och spelade för laget han hade spelat mot i finalen 1987 .
Den första etappen hölls i Christchurch. Waikato tog ledningen genom Steve Tate, och Lance Bauerfeind fördubblade sin fördel. Christchurch gjorde två mål under de sista 20 minuterna genom John Hanson och Johan Verweij .
De två målen som Waikato gjorde i den första matchen skulle visa sig vara ovärderliga. Den andra matchen, i Hamilton, var jämnt balanserad. Waikatos Steve Tate öppnade igen målskyttet, med ett mål efter 17 minuter. Regeln om bortamål innebar att Christchurch då skulle behöva två mål – oavgjort 1–1 skulle inte räcka. De fick bara ett mål, via en Keith Braithwaite -straff en kvart innan slutsignalen.
Jack Batty Memorial Trophy för finalspelaren tilldelades den dubbla målskytten Steve Tate från Waikato United.