CXorf36
| DIPK2B- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , 4930578C19Rik, DIA1R, EPQL1862, PR03743, bA435K1.1, kromosom X öppen läsram 36, CXorf36, divergerande proteinkinasdomän 2B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Externa ID :n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kromosom X öppen läsram 36 (CXorf36) är en gen som hos människor kodar för ett protein "hypotetiskt protein LOC79742". Detta protein har en funktion som för närvarande inte är särskilt välkänd. Andra kända alias är "FLJ14103, DKFZp313K0825, FLJ55198, PRO3743, FLJ55198, hCG1981635, bA435K1.1" och "4930578C19Rik."
Gen
CXorf36-genen är belägen vid Xp11.3.
Det kan transkriberas till 8 olika transkriptvarianter , som i sin tur kan producera 6 olika isoformer av proteinet.
Det genomiska DNA:t är 52 529 baspar långt, medan det längsta mRNA som det producerar är 4 735 baser långt.
Gene Neighborhood
CXorf36 är nära omgiven av följande gener på kromosom X:
- DUSP21
- KDM6A
- MIR222
- TBX20
CXorf36 är också omgiven av två andra gener på kromosom X som har varit inblandade i X-länkad mental retardation .
Protein
Den längsta proteinisoformen som produceras av CXorf36-genen kallas hypotetiskt protein LOC79742 isoform 1 och är 433 aminosyror lång. Proteinet har en förutbestämd molekylvikt på 48,6 kDa och en isoelektrisk punkt på 8,11.
Domäner
CXorf36-genproteinprodukten innehåller en region med låg komplexitet från position 16 till position 40.
Modifiering efter översättning
CXorf36-proteinet förutspås genomgå fosforylering vid flera seriner , treoniner och tyrosiner i hela strukturen. Men många av dessa platser förutsägs vid seriner. Det finns också ett förutsagt N-kopplat glykosyleringsställe vid position 100 på proteinprodukten.
Uttryck
CXorf36 har visat sig uttryckas allestädes vid låga nivåer i olika vävnader i hela kroppen. Det uttrycks starkt i ciliarganglion , äggstock och livmoderkropp. Det högsta uttrycket ses dock i trigeminusganglievävnaden.
Bevarande
CXorf36 har en paralog hos människor som kallas C3orf58 . Ortologer har hittats i alla däggdjur och genom många eukaryoter . Bevarandet av den fullständiga genen upphör dock förbi detta, troligen ett resultat av duplicering från den förfäders genen till CXorf36 och C3orf58. Den fullständiga listan över organismer där ortologer har hittats ges nedan.
externa länkar
- Mänskligt CXorf36- genomplacering och CXorf36- geninformationssida i UCSC Genome Browser .
Vidare läsning
- Suzuki Y, Yamashita R, Shirota M, et al. (2004). "Sekvensjämförelse av mänskliga och musgener avslöjar en homolog blockstruktur i promotorregionerna" . Genome Res . 14 (9): 1711–8. doi : 10.1101/gr.2435604 . PMC 515316 . PMID 15342556 .
- Tarpey PS, Smith R, Pleasance E, et al. (2009). "En systematisk, storskalig omsekvenseringsskärm av X-kromosomkodande exoner vid mental retardation" . Nat. Genet . 41 (5): 535–43. doi : 10.1038/ng.367 . PMC 2872007 . PMID 19377476 .
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Fullständig sekvensering och karakterisering av 21 243 humana cDNAs i full längd" . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
- Thiselton DL, McDowall J, Brandau O, et al. (2002). "En integrerad, funktionellt kommenterad genkarta över DXS8026-ELK1-intervallet på mänsklig Xp11.3-Xp11.23: potentiell hotspot för neurogenetiska störningar". Genomik . 79 (4): 560–72. doi : 10.1006/geno.2002.6733 . PMID 11944989 .
- Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (2003). "The Secreted Protein Discovery Initiative (SPDI), en storskalig ansträngning för att identifiera nya mänskliga utsöndrade proteiner och transmembranproteiner: en bioinformatisk bedömning" . Genome Res . 13 (10): 2265–70. doi : 10.1101/gr.1293003 . PMC 403697 . PMID 12975309 .
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversifiering av transkriptionsmodulering: storskalig identifiering och karakterisering av förmodade alternativa promotorer av mänskliga gener" . Genome Res . 16 (1): 55–65. doi : 10.1101/gr.4039406 . PMC 1356129 . PMID 16344560 .
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2002). "Generering och initial analys av mer än 15 000 fullängds human- och mus-cDNA-sekvenser" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
- Venter JC, Adams MD, Myers EW, et al. (2001). "Sekvensen av det mänskliga genomet" . Vetenskap . 291 (5507): 1304–51. Bibcode : 2001Sci...291.1304V . doi : 10.1126/science.1058040 . PMID 11181995 .
- Barbe L, Lundberg E, Oksvold P, et al. (2008). "Mot en konfokal subcellulär atlas av det mänskliga proteomet" . Mol. Cell. Proteomik . 7 (3): 499–508. doi : 10.1074/mcp.M700325-MCP200 . PMID 18029348 .