Biologisk magnetisk resonansdatabank
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Förvar av NMR- data från biologiska molekyler |
|
Datatyper infångade |
NMR-data från peptider, proteiner, nukleinsyror och andra biologiskt relevanta molekyler |
| Tillgång | |
| Dataformat | NMR-STAR 3.1 |
| Hemsida | http://www.bmrb.wisc.edu/ |
| Ladda ner URL | [1] |
| Diverse | |
| Licens | Allmängods |
Biological Magnetic Resonance Data Bank ( BioMagResBank eller BMRB ) är ett öppet förråd av kärnmagnetisk resonans (NMR) spektroskopisk data från peptider , proteiner , nukleinsyror och andra biologiskt relevanta molekyler. Databasen drivs av University of Wisconsin–Madison och stöds av National Library of Medicine . BMRB är en del av Research Collaboratory for Structural Bioinformatics och är sedan 2006 partner i Worldwide Protein Data Bank (wwPDB). Förvaret accepterar NMR-spektraldata från laboratorier runt om i världen och, när uppgifterna väl har validerats, är de tillgängliga online på BMRB:s webbplats. Databasen har också en ftp-sajt, där data kan laddas ner i bulk. BMRB har två spegelplatser, en vid Protein Database Japan (PDBj) vid Osaka University och en vid Magnetic Resonance Research Center (CERM) vid University of Florence i Italien. Sajten i Japan accepterar och bearbetar datadepositioner.
Innehåll
NMR-spektralvärden och härledd information
Huvuddelen av data som deponeras vid BMRB består av över 11 900 poster innehållande 1 H, 13 C, 15 N och 31 P tilldelade kemiska skift och kopplingskonstanter för peptider, proteiner och nukleinsyror. Andra härledda data som residual dipolära kopplingar (RDC), relaxationsparametrar , NOE- värden, orderparametrar och väteväxelkurser är också tillgängliga. Databasen innehåller även en mindre mängd NMR-data från kolhydrater, kofaktorer och ligander. Dessa data korsreferens till 3D-strukturer i det preliminära budgetförslaget när de är tillgängliga. NMR-data tillhandahålls i NMR-STAR-filformatet och ett antal formatkonverteringsverktyg finns tillgängliga på webbplatsen för att konvertera filer från NMR-STAR till andra format.
NMR-begränsningsnät
NMR-begränsningsrutnätet innehåller NMR-begränsningsdata från över 2500 proteiner och nukleinsyror som samlats in från PDB-depositioner. Rutnätet är konstruerat som fyra delmängder av data:
- De ursprungliga NMR-data: Denna delmängd innehåller data som finns i avsättningar från PDB. Data finns i olika filformat och innehåller information om interatomära avstånd, dihedriska vinklar och RDC-begränsningar .
- Parsed restraints data: De flesta av posterna i den ursprungliga datamängden har tolkats till NMR-star-filformatet för att underlätta dess åtkomst och användning. Denna delmängd innehåller över 9 400 poster.
- Konverterade begränsningsdata (DOCR): Över 500 poster i den analyserade delmängden har konverterats för att göra atomnomenklaturen överensstämmande med motsvarande atomkoordinater.
- Filtrerad begränsningsdata (FRED): Datan i DOCR filtrerades för att ta bort dubbletter, redundanser, inkonsekvenser och värden som inte bidrar till strukturberäkningar.
Tidsdomändata
BMRB har arkiverat uppsättningar av råa tidsdomändata som samlats in från NMR-experiment utförda för att beräkna begränsningar och kemiska förändringar i peptider, proteiner och nukleinsyror. Den här samlingen innehåller över 200 poster och i många fall är pulssekvenserna och de använda inhämtningsparametrarna också tillgängliga.
NMR-spektraldata från metabolomiska föreningar
BMRB är värd för en databas som innehåller NMR-spektraldata från hundratals metabolomiska föreningar. För de flesta föreningar 1H NMR, 13C NMR, 13 C 90 o DEPT , 13 C 135 o DEPT, 1 H- 1 H TOCSY och 1 H- 13 C HSQC tillgängliga.
NMR-statistik
BMRB tillhandahåller en samling av NMR-statistiska data, inklusive kemiska skiftfördelningar för enskilda atomer i aminosyror , ribonukleotider och deoxiribonukleotider . Data presenteras som interaktiva histogram och densitetsdiagram.
Sökningar
BMRB-frågan Grid Interface
BMRB Query Grid Interface gör det möjligt att söka i databasen efter molekyltyp (peptid, protein, DNA , RNA , etc.), efter datatyp ( 1 H kemiskt skift, 13 C kemiskt skift, kopplingskonstant, etc.), enligt PDB ID-nummer och efter BMRB-accessionsnummer.
FASTA-sökning
BMRB-sidan innehåller också en FASTA- söksida där databasen kan sökas efter matchande nukleotid- eller peptidsekvenser.
Sök i arkivsidan
Från sidan Sökarkiv är det möjligt att göra sökningar efter accessnummer, författare, titel, molekylnamn och efter ID-nummer från andra vanliga databaser. En avancerad sökning gör det möjligt att utföra frågor med en mängd olika sökparametrar som: ingångsinformation, citeringar, molekylär sammansättning, experimentella beskrivningar, NMR-parametrar, etc. Sidan innehåller också länkar till begränsningar och metabolomiska sökningar
Restriktioner sökning
NMR-begränsningsnätet kan sökas efter PDB- eller BMRB-nummer, och även efter specifika typer av begränsningar, som torsionsvinkel, avstånd, kvarvarande dipolär koppling, etc.
Metabolomics sökning
Genom söksidan metabolomics. databasen kan sökas efter specifika föreningar efter namn, molekylformel, molekylvikt, ID-nummer och molekylstruktur. Det kan sökas efter poster med specifika experimentella förhållanden (lösningsmedel eller fältstyrka). Gränssnittet gör det också möjligt att söka efter föreningar med matchande 1D- eller 2D-NMR-spektrala topplistor.
Datadeposition
BMRB accepterar depositioner från forskargrupper runt om i världen. Deponering av data som endast innehåller NMR-spektraldata (utan koordinatdata) utförs genom BMRB-platsen med användning av ADIT-NMR-deponeringssystemet. De typer av data som accepteras inkluderar: NMR-spektralparametrar, relaxationsdata och kinetiska och termodynamiska data. Data måste matas in i NMR-STAR-formatet, konvertering från andra vanliga format kan utföras med hjälp av STARch-filkonverteraren som finns på platsen. Sajten innehåller även en NMR-STAR-mallargenerator som producerar formaterade tabeller där NMR-data kan matas in. NMR-tidsdomändata laddas upp separat via ftp. BMRB uppmuntrar insättare att validera sina NMR-data före deponering, med hjälp av ett av de valideringsverktyg som finns tillgängliga på BMRB-platsen, för att kontrollera inkonsekvenser och fel. . När data väl har deponerats kontrolleras den för fullständighet, konsistens och kommenteras, länkar till andra databaser läggs till och ett BMRB-accessionsnummer genereras. Deponering av data som innehåller NMR- och koordinatdata görs genom OneDep-deponeringssystemet i wwPDB. När uppgifterna väl har validerats och accepterats får de PDB- och BMRB-accessnummer.