Aminoacyl tRNA-syntetaser, klass I
| Glutamyl/glutaminyl-tRNA-syntetas, klass Ic- | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||||
| Symbol | Glu/Gln-tRNA-synth_Ic | ||||||||||
| Pfam | PF00749 | ||||||||||
| InterPro | IPR000924 | ||||||||||
| |||||||||||
Aminoacyl -tRNA-syntetaserna katalyserar bindningen av en aminosyra till dess besläktade överförings-RNA- molekyl i en mycket specifik tvåstegsreaktion. Dessa proteiner skiljer sig mycket åt i storlek och oligomert tillstånd och har begränsad sekvenshomologi . De 20 aminoacyl-tRNA-syntetaserna är indelade i två klasser, I och II. Klass I-aminoacyl-tRNA-syntetaser innehåller en karakteristisk Rossmann-faldig katalytisk domän och är mestadels monomera. Klass II aminoacyl-tRNA-syntetaser delar en antiparallell beta-sheet-veck flankerad av alfa-helixar och är mestadels dimera eller multimera, innehållande minst tre konserverade regioner. Emellertid involverar tRNA-bindning en alfa-helixstruktur som är bevarad mellan klass I- och klass II-syntetaser. I reaktioner katalyserade av klass I-aminoacyl-tRNA-syntetaser är aminoacylgruppen kopplad till tRNA:ts 2'-hydroxyl, medan, i klass II-reaktioner, 3'-hydroxylstället föredrages. Syntetaserna specifika för arginin, cystein, glutaminsyra, glutamin, isoleucin, leucin, metionin, tyrosin, tryptofan och valin tillhör klass I-syntetaser; dessa syntetaser är vidare uppdelade i tre underklasser, a, b och c, enligt sekvenshomologi. Syntetaserna som är specifika för alanin, asparagin, asparaginsyra, glycin, histidin, lysin, fenylalanin, prolin, serin och treonin tillhör klass II-syntetaser.
Glutamyl-tRNA-syntetas ( EC 6.1.1.17 ) är ett klass Ic-syntetas och uppvisar flera likheter med glutaminyl-tRNA-syntetas vad gäller struktur och katalytiska egenskaper. Det är en alfa2-dimer. Hittills har en kristallstruktur av ett glutamyl-tRNA-syntetas ( Thermus thermophilus) lösts. Molekylen har formen av en böjd cylinder och består av fyra domäner. Den N-terminala halvan (domän 1 och 2) innehåller "Rossman-vecket" som är typiskt för klass I-syntetaser och liknar motsvarande del av E. coli GlnRS, medan den C-terminala halvan uppvisar en GluRS-specifik struktur.
