ARMH3

ARMH3
Identifiers
, kromosom 10 öppen läsram 76, C10orf76, bältdjursliknande spiraldomän innehållande 3, bältdjursliknande spiralformad domän innehållande 3
externa ID:n
Ortologer
Arter Mänsklig Mus
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Plats (UCSC)
PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

ARMH3 eller Armadillo Like Helical Domain Containing 3, även känd som UPF0668 och c10orf76 , är ett protein som hos människor kodas av ARMH3 -genen . Dess funktion är för närvarande inte känd, men experimentella bevis har föreslagit att det kan vara involverat i transkriptionsreglering . Proteinet innehåller ett konserverat prolinrikt motiv , vilket tyder på att det kan delta i protein-proteininteraktioner via en SH3-bindande domän , även om inga sådana interaktioner har verifierats experimentellt. Den välbevarade genen verkar ha dykt upp i svampar för ungefär 1,2 miljarder år sedan. Lokuset splitsas alternativt och förutsägs ge fem proteinvarianter , varav tre innehåller en proteindomän med okänd funktion, DUF1741 .

Fungera

Det har visat sig innehålla en potentiell SH3-bindande domän , som är känd för att delta i protein-proteinbindande interaktioner ; dock har inga proteininteraktioner verifierats experimentellt med c10orf76. En genuttrycksstudie från 2007 fann att c10orf76-uttrycket varierade omvänt med uttrycket av flera andra gener, inklusive NFYB , CCR5 och NSBP1, vilket tyder på att proteinet kan fungera som en transkriptionsregulator .

Homologi

ARMH3 är välbevarad i hela Eumetazoans . Några svagt liknande ortologer (ungefär 35 % sekvensidentitet ) identifierades i Parazoa (dvs. A. queenslandica ) och i Fungi , specifikt Ascomycetes (dvs. A. oryzae ).

Följande tabell illustrerar sekvenslikheten mellan humant c10orf76-protein och olika ortologer. Liknande sekvenser identifierades med BLAST- och BLAT -verktyg.

Arter Organismens vanligt namn NCBI anslutning Sekvensidentitet Sekvenslikhet Längd (AA) Gens vanligt namn
Homo sapiens Mänsklig NP_078817.2 100 % 100 % 689 UPF0668 protein C10orf76
Mus musculus Husmus NP_938038.2 99 % 99 % 689 UPF0668 protein C10orf76 homolog
Danio rerio Zebrafisk NP_956913.2 85 % 93 % 689 UPF0668 protein C10orf76 homolog
Apis florea Honungsbi XP_003695991.1 51 % 70 % 641 FÖRESPÅTT: UPF0668 protein C10orf76 homolog
Amphimedon queenslandica Svamp XP_003383350.1 46 % 67 % 667 FÖRUTSÄTT: UPF0668-protein C10orf76-liknande
Acyrthosiphon pisum Ärtbladlöss XP_001952575.2 40 % 61 % 684 FÖRESPÅTT: UPF0668 protein C10orf76 homolog isoform 1
Aspergillus oryzae Svamp XP_001820240 23 % 42 % 653 hypotetiskt protein AOR_1_2042154

Gen

Egenskaper

Hos människor sträcker sig ARMH3-genen, även känd under aliaset FLJ13114, över 210 577 baspar på den omvända strängen av den långa armen av kromosom 10. Dess 26 alternativt splitsade exoner kodar för 5 potentiella transkriptvarianter , varav den största är 4101 baspar. längd.

A map of human chromosome 10 with c10orf76 marked with the red line.

Det mänskliga ARMH3-lokuset flankeras på vänster och höger sida av HPS6 respektive KCNIP2 . HPS6 är ett protein som kan spela en roll i organellbiogenes, och KCNIP2 är ett spänningsstyrt kaliumkanalinteragerande protein. Samma mönster observeras i det ortologa stället hos möss, liksom de flesta andra ryggradsdjur.

Uttryck

NCBI (GenBank)-genprofilen för c10orf76 märker starten av det första transkriberade exonet som början av genen. Den primära promotorn som förutspås av El Dorado-verktyget från Genomatix börjar 519 baspar uppströms om denna transkriptionsstartplats. Denna promotor förutsägs vara 658 baspar lång och inkluderar således den första transkriberade exonen vid dess 3 prime ände.

c10orf76- lokuset tros vara alternativt splitsat till minst fem unika isoformer , även om det är oklart hur denna splitsning regleras. En andra potentiell promotor, också förutspådd av El Dorado, driver troligen uttryck av en av de kortare dokumenterade varianterna (placerad före exon 23).

Protein

Egenskaper

Den största proteinvarianten är 689 aminosyror lång. Den har en molekylvikt på cirka 78,7 kDa och är isoelektrisk vid pH 6,13. Det kan utsöndras via en icke-klassisk väg . NCBI identifierar en proteindomän med okänd funktion mellan aminosyrorna Asp 435 och Leu 671, känd som DUF1741 ( Domain of Unknown Function 1741). Denna domän är inte känd för att existera i några andra proteiner.

Uttryck

En potentiell stamslingaregion vid den 3 prime änden av den första exonen (och därmed slutet av promotorn) förutspåddes av Dotlet-programmet från ExPASy. Detta kan tjäna till att reglera proteinöversättning . Ett Alu-segment i den 3 primära otranslaterade regionen av det mogna mRNA:t skulle också kunna tjäna som en potentiell translationell regulatorisk mekanism.

Proteinet har visat sig vara differentiellt uttryckt i vissa medicinska tillstånd och som svar på vissa cellulära signaler. Till exempel observeras minskat c10orf76-uttryck hos patienter med kronisk B-cellslymfocytisk leukemi. Minskad expression observeras också i celler behandlade med vaskulär endoteltillväxtfaktor .

Proteinet tros vara lokaliserat till cytoplasman, även om detta är osäkert. Det har också förutspåtts vara ett 3-pass transmembranprotein. Dessutom identifierades en mitokondriell sorteringssignal i början av en av proteinisoformerna med hjälp av MitoProt II (belägen vid Met 416 av den största proteinvarianten).

Strukturera

En strukturell förutsägelse av c10orf76-protein från PHYRE2-proteinvikningsmjukvara . Denna struktur liknar den hos humant Symplekin , ett protein som tros rekrytera regulatoriska faktorer till polyadenyleringsmaskineriet .

Strukturen av c10orf76-proteinet har inte undersökts experimentellt. Den sekundära strukturen förutspås vara helt spiralformad till sin natur, med mellanliggande regioner av proteinstörning. Den potentiella SH3-bindande domänen är belägen på en förutsagd störningsregion, vilket ytterligare stöder en protein-proteinbindande funktion för c10orf76. En spiralformad region mellan aminosyrorna 610-655 förutspåddes vara ett spiralformigt motiv .

En förutsägelse av PHYRE2- proteinstruktur antydde att de första 200 resterna av c10orf76 kan dela starka strukturella likheter med Symplekin , ett nukleärt lokaliserat protein som tros vara en ställningskomponent i polyadenyleringskomplexet .

Förutspådda proteininteraktioner

Uttrycket av c10orf76-mRNA har visat sig vara omvänt korrelerat med uttryck av olika andra mRNA, inklusive NFYB , CCR5 och NSBP1. Även om denna studie och den förutsagda SH3-bindande domänen tyder på att c10orf76 deltar i protein-proteinbindande interaktioner, har ingen verifierats experimentellt. En kort sökning med IntAct, MINT och STRING gav också noll förutsagda protein-protein-interaktioner.

Förutspådda posttranslationella modifikationer

Det finns en potential att proteinet utsöndras via en icke-klassisk väg, vilket kan ligga bakom funktionaliteten hos några av de posttranslationella modifieringarna. Det finns tio konserverade potentiella fosforyleringsställen inom proteinsekvensen. Det finns också nio rester som med säkerhet (>90%) förutsägs av NetOGlyc att genomgå O-länkad glykosylering , alla bosatta inom området med låg komplexitet mellan Leu 325 och Ser 359.


Regioner av potentiellt forskningsintresse

Proteinet som kodas av den största mRNA-varianten av c10orf76 kodar för ett prolinrikt motiv som innehåller två PxxP-domäner, där "P" representerar en prolinrest och "x" representerar vilken annan aminosyra som helst (markerad i blått nedan). Dessa domäner har visat sig delta i protein-proteinbindande interaktioner, specifikt via den SH3-proteinbindande domänen . Den potentiella SH3-bindande domänen finns inom en region med låg komplexitet med ett ovanligt stort antal aminosyror med syreinnehållande sidogrupper (markerade i grönt nedan). En NetOGlyc-analys av regionen antyder att dessa rester sannolikt kommer att genomgå O-länkad glykosylering och därmed kan tjäna till att reglera bindning till den potentiella SH3-bindande domänen.

325 LV TT P V S P A P T T P V T PLG TT PP S S 359

Ett Alu-element identifierades i 3`-UTR av den längsta mRNA-transkriptvarianten. Det är oklart om denna sekvens tjänar något funktionellt eller regulatoriskt syfte, men det finns existerande bevis för Alu-medierad proteintranslationsreglering, så detta kan inte bedömas ut i c10orf76.

N -terminalen av en kort transkriptvariant (exon 17-26) förutspåddes ha en mitokondriell sorteringssignal med 96% konfidens med hjälp av MitoProt II-verktyget. Det är oklart om detta är en unikt transkriberad variant eller om det är ett resultat av proteinklyvning av proteinet i full storlek. Det finns inga förutspådda alternativa promotorer uppströms om denna variants första exon.

Modellorganismer

Modellorganismer har använts i studien av C10orf76-funktionen. En villkorlig knockout-muslinje kallad 9130011E15Rik tm1a(EUCOMM)Wtsi genererades vid Wellcome Trust Sanger Institute . Han- och hondjur genomgick en standardiserad fenotypisk screening för att bestämma effekterna av deletion. Ytterligare undersökningar utförda: - Djupgående immunologisk fenotypning - djupgående ben- och broskfenotypning

externa länkar

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=ARMH3&oldid=1116898585 "