Subcellulär lokalisering
Cellerna från eukaryota organismer är utförligt indelade i funktionellt distinkta membranbundna fack . Några huvudbeståndsdelar i eukaryota celler är: extracellulärt utrymme , plasmamembran , cytoplasma , kärna , mitokondrier , Golgi-apparat , endoplasmatiskt retikulum (ER), peroxisom , vakuoler , cytoskelett , nukleoplasma , nukleosommatrix , nukleosommatrix och nukleosommatrix .
Bakterier har också subcellulära lokaliseringar som kan separeras när cellen fraktioneras. De vanligaste lokaliseringarna som refereras till inkluderar cytoplasman , det cytoplasmatiska membranet (även kallat det inre membranet i gramnegativa bakterier), cellväggen (som vanligtvis är tjockare i grampositiva bakterier) och den extracellulära miljön. Cytoplasman, det cytoplasmatiska membranet och cellväggen är subcellulära lokaliseringar, medan den extracellulära miljön uppenbarligen inte är det. De flesta gramnegativa bakterier innehåller också ett yttre membran och periplasmatiskt utrymme . Till skillnad från eukaryoter innehåller de flesta bakterier inga membranbundna organeller, men det finns några undantag (dvs magnetosomer ).
Protein subcellulära platsdatabaser
De experimentellt bestämda subcellulära placeringarna av proteiner kan hittas i UniProtKB , Compartments , och i några mer specialiserade resurser, såsom mjölksyrabakteriesekretomdatabasen .
Det finns också flera subcellulära lokaliseringsdatabaser med beräkningsförutsägelser , såsom kunskapsbasen för svampsekretom och subcellulär proteom - version 2 Arkiverad 2016-04-10 på Wayback Machine (FunSecKB2), kunskapsbasen för växtsekretom och subcellulär proteom Arkiverad 2016-04-06 vid Wayback Machine (PlantSecKB), MetazSecKB Arkiverad 2016-04-06 på Wayback Machine för proteinsubcellulära lokaliseringar av människor och djur, och ProtSecKB för proteinsubcellulära lokaliseringar av alla protister.