För det andra valet i rad utsågs Martín Torrijos, son till den tidigare militärhärskaren Omar Torrijos , kandidaten för det demokratiska revolutionära partiet (PRD); 1999 hade han förlorat mot Mireya Moscoso . Torrijos körde på en plattform för att stärka demokratin och förhandla fram ett frihandelsavtal med USA, och fick stöd av populärmusikern och politikern Rubén Blades ; Torrijos gjorde senare Blades till landets turistminister. Torrijos främsta rival var Guillermo Endara , som hade tjänat som president från 1990 till 1994. Endara ställde upp som kandidat för Solidaritetspartiet, på en plattform för att minska brottslighet och regeringskorruption. Endara och de andra kandidaterna körde också en serie negativa annonser som lyfte fram PRD:s kopplingar till den tidigare militärhärskaren Manuel Noriega . Endara slutade tvåa i loppet och fick 31 % av rösterna mot Torrijos 47 %.
Torrijos tillträdde ämbetet den 1 september 2004. Väljarna valde också hans två vicepresidenter, som kandiderar på partibiljetter tillsammans med presidentkandidaterna.
Förutom dess president och vicepresidenter valde Panama en ny lagstiftande församling (78 medlemmar), 20 deputerade för att representera landet i det centralamerikanska parlamentet och en rad borgmästare och andra kommunala tjänstemän.
