Guvernörsvalet i South Dakota 1898 hölls den 8 november 1898. Den sittande guvernören Andrew E. Lee , vald 1896 som populist, ställde upp för omval som Fusionskandidat . Han utmanades av den republikanska kandidaten Kirk G. Phillips, statskassören. Lee besegrade Phillips knappt för att vinna sin andra mandatperiod som guvernör, men de flesta av hans Fusion-allierade förlorade sina val, vilket lämnade honom som den ensamma statliga tjänstemannen.
Före de separata konventen för demokraterna, populisterna och fria silverrepublikanerna arbetade USA:s senator Richard F. Pettigrew bakom kulisserna för att fortsätta koalitionens framgångar. För att säkerställa att anti-silverdemokrater inte ryckte ur koalitionen övertygade han de tre partierna om att demokraterna borde beviljas fyra positioner på den statliga biljetten, som partierna omfamnade. I slutändan delades nomineringarna upp mellan de tre partierna enligt följande:
Commissioner of School Lands: John Scollard, demokrat
Järnvägskommissionär: WH Tompkins, Populist
Republikanska konventet
Statskassör Kirk G. Phillips gick in i den republikanska konventet, som hölls den 24 augusti 1898, i Mitchell , som den klara föregångaren för den republikanska nomineringen. Det slutade med att han vann nomineringen i ett jordskred och vann 449 röster till OS Giffords 449 och HM Finneruds 43.