VARM LUFT

För annan användning, se Varmluft (disambiguation) .

HOTAIR-
identifierare
	, HOXAS, HOXC-AS4, HOXC11-AS1, NCRNA00072, HOX transcript antisense RNA, HOTAIR lång oöversatt RNA, mänskliga
externa ID :n
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS n/a
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa

HOTAIR (för HOX transcript antisense RNA ) är en human gen som ligger mellan HOXC11 och HOXC12 på kromosom 12 . Det är det första exemplet på ett RNA som uttrycks på en kromosom som har visat sig påverka transkriptionen av HOXD-kluster bakre gener som finns på kromosom 2. Sekvensen och funktionen hos HOTAIR är olika hos människa och mus. Sekvensanalys av HOTAIR avslöjade att den finns i däggdjur, har dåligt konserverade sekvenser och avsevärt konserverade strukturer och har utvecklats snabbare än närliggande HoxC-gener. En efterföljande studie identifierade HOTAIR har 32 nukleotider lång konserverat icke-kodande element ( CNE ) som har en paralog kopia i HOXD-klusterregionen (belägen mellan HOXD11 och HOXD12), vilket tyder på att de HOTAIR-konserverade sekvenserna föregår hela genomdupliceringshändelser vid roten av ryggradsdjur. Medan den konserverade sekvensen som är paralog med HOXD-kluster är 32 nukleotider lång, är HOTAIR-sekvensen konserverad från människa till fisk cirka 200 nukleotider lång och märks av aktiva förstärkaregenskaper (dubbelriktad transkription, H3K4me1- och H3K27ac -toppar).

Gen och transkriberad RNA-produkt

HOTAIR-genen innehåller 6 232 bp och kodar för en 2,2 kb lång icke-kodande RNA- molekyl, som kontrollerar genuttryck. Dess källa- DNA är beläget i ett HOXC -genkluster . Det transporteras från kromosom 12 till kromosom 2 av Suz-Twelve- proteinet.

Fungera

5′ - änden av HOTAIR interagerar med ett Polycomb-gruppprotein Polycomb Repressive Complex 2 ( PRC2 ) och reglerar som ett resultat kromatintillståndet . Det krävs för gen-tystnad av HOXD -lokuset av PRC2. PRC2 är dispenserbar för HOTAIR-medierad transkriptionstystnad. 3′ - änden av HOTAIR interagerar med histondemetylaset LSD1 .

Det är en viktig faktor i den epigenetiska differentieringen av huden över kroppens yta. Hud från olika anatomiska positioner är distinkt, t.ex. skiljer sig huden på ögonlocket markant från huden på fotsulan.

Klinisk signifikans

HOTAIR är starkt uttryckt i metastaserande bröstcancer. Höga nivåer av uttryck i primära brösttumörer är en signifikant prediktor för efterföljande metastaser och död. Detta beror delvis på HOTAIR-medierat överuttryck av HER2-onkogenen genom sekvestrering av miR-331-3p, som är en negativ regulator av HER2-uttryck. I celler, särskilt de som överuttrycker PRC2 , leder förhindrandet av HOTAIR-uttryck till en minskning av den invasiva potentialen för den cellen. Det är också involverat i esofagus skivepitelcancer .

Vidare läsning

•    Woo CJ, Kingston RE (juni 2007). "HOTAIR lyfter icke-kodande RNA till nya nivåer" . Cell . 129 (7): 1257–9. doi : 10.1016/j.cell.2007.06.014 . PMID 17604716 . S2CID 18124576 .
•    Khalil AM, Guttman M, Huarte M, Garber M, Raj A, Rivea Morales D, et al. (juli 2009). "Många mänskliga stora intergena icke-kodande RNA associerar med kromatinmodifierande komplex och påverkar genuttryck. " Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 106 (28): 11667–72. Bibcode : 2009PNAS..10611667K . doi : 10.1073/pnas.0904715106 . PMC 2704857 . PMID 19571010 .
•    Wan Y, Chang HY (september 2010). "HOTAIR: Flyg av icke-kodande RNA vid cancermetastaser" . Cellcykel . 9 (17): 3391–2. doi : 10.4161/cc.9.17.13122 . PMC 3066151 . PMID 20864820 .
•    Hung T, Chang HY (september 2010). "Långt icke-kodande RNA i genomreglering: utsikter och mekanismer" . RNA-biologi . 7 (5): 582–5. doi : 10.4161/rna.7.5.13216 . PMC 3073254 . PMID 20930520 .
•    Kaneko S, Li G, Son J, Xu CF, Margueron R, Neubert TA, Reinberg D (december 2010). "Fosforylering av PRC2-komponenten Ezh2 är cellcykelreglerad och uppreglerar dess bindning till ncRNA" . Gener & Utveckling . 24 (23): 2615–20. doi : 10.1101/gad.1983810 . PMC 2994035 . PMID 21123648 .
•   Sun L, Fang J (januari 2011). "Författare möter radergummi i HOTAIR" . Acta Biochimica och Biophysica Sinica . 43 (1): 1–3. doi : 10.1093/abbs/gmq110 . PMID 21138898 .
•    Yang Z, Zhou L, Wu LM, Lai MC, Xie HY, Zhang F, Zheng SS (maj 2011). "Överuttryck av långa icke-kodande RNA HOTAIR förutsäger tumörrecidiv hos patienter med hepatocellulärt karcinom efter levertransplantation". Annals of Surgical Oncology . 18 (5): 1243–50. doi : 10.1245/s10434-011-1581-y . PMID 21327457 . S2CID 21457941 .
•     Nie Y, Liu X, Qu S, Song E, Zou H, Gong C (april 2013). "Långt icke-kodande RNA HOTAIR är en oberoende prognostisk markör för nasofaryngeal cancerprogression och överlevnad" . Cancervetenskap . 104 (4): 458–64. doi : 10.1111/cas.12092 . PMC 7657223 . PMID 23281836 . S2CID 207103684 .

externa länkar

• Sida för HOTAIR-konserverad region 1 vid Rfam
• Sida för HOTAIR-konserverad region 2 vid Rfam
• Sida för HOTAIR-konserverad region 3 vid Rfam
• Sida för HOTAIR intronkonserverad region 4 vid Rfam
• Sida för HOTAIR intronkonserverad region 5 vid Rfam