Toxin och Toxin-Target Database
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Toxin och toxinmåldatabas |
|
Datatyper infångade |
Småmolekylära gifter, giftiga föreningar och toxiner, kemiska strukturer, beskrivningar av giftiga föreningar, kemisk taxonomi, toxinmål och transportörer, målproteinsekvenser, verkningsmekanismer, dödliga doser, kemiska egenskaper, nomenklatur, synonymer, NMR-spektra, MS-spektra, genreglering , koncentrationer |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | University of Alberta och The Metabolomics Innovation Center |
| Laboratorium | David S. Wishart |
| Primärt citat | T3DB: databasen för giftiga exponeringar. |
| Utgivningsdatum | 2009 |
| Tillgång | |
| Hemsida | http://www.t3db.ca |
| Ladda ner URL | http://www.t3db.ca/downloads |
| Diverse | |
| Frekvens för datautgivning |
Vart 3-4 år med periodiska korrigeringar och uppdateringar |
| Kurationspolicy | Manuellt kurerad |
Toxin and Toxin-Target Database (T3DB), även känd som Toxic Exposome Database , är en fritt tillgänglig onlinedatabas med vanliga ämnen som är giftiga för människor, tillsammans med deras protein- , DNA- eller organmål . Databasen innehåller för närvarande nästan 3 700 giftiga föreningar eller gifter som beskrivs av nästan 42 000 synonymer. Denna lista inkluderar olika grupper av gifter , inklusive vanliga föroreningar , bekämpningsmedel , droger , matgifter, hushålls- och industrigifter/arbetsplatser, cigarettgifter och uremiska gifter . Dessa giftiga ämnen är kopplade till 2 086 motsvarande protein-/DNA-målregister. Totalt finns det 42 433 målföreningar för giftigt ämne och toxin. Varje toxicitetspost (ToxCard) i T3DB innehåller nästan 100 datafält och innehåller information som kemiska egenskaper och deskriptorer, verkningsmekanismer , toxicitet eller dödliga dosvärden , molekylära och cellulära interaktioner, medicinsk (symtom och behandling) information (Fig. 1) –3), NMR och MS-spektra och upp- och nedreglerade gener . Denna information har extraherats från över 18 000 källor , som inkluderar andra databaser , statliga dokument, böcker och vetenskaplig litteratur.
Det primära fokus för T3DB är att tillhandahålla mekanismer för toxicitet och identifiera målproteiner för vanliga toxiska ämnen. Medan ett antal andra databaser med giftiga ämnen finns, ligger deras tyngdpunkt på att täcka ett stort antal kemiska föreningar som nästan aldrig ses utanför ett kemiskt laboratorium. T3DB försöker fånga data om endast de giftiga ämnen som är rikliga eller i utbredd användning och som har upptäckts eller mätts hos människor. T3DB är fullt sökbart och stöder omfattande text, sekvens, kemisk struktur , relationsfråga och spektrala sökningar. Den är både modellerad efter och nära kopplad till Human Metabolome Database ( HMDB ) och DrugBank . Potentiella tillämpningar av T3DB inkluderar metabolomik och miljöexponeringsstudier, förutsägelse av metabolism av toxiska föreningar , förutsägelser om toxin/droginteraktioner och allmän medvetenhet om toxiska substanser.
Omfattning och tillgång
All data i T3DB är icke-proprietär eller härledd från en icke-proprietär källa. Den är fritt tillgänglig och tillgänglig för alla. Dessutom är nästan varje datapost helt spårbar och hänvisas uttryckligen till den ursprungliga källan. T3DB-data är tillgänglig via ett offentligt webbgränssnitt och nedladdningar.