Small Molecule Pathway Database
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Bana databas |
|
Datatyper infångade |
Små molekylvägar, metaboliska vägar, metabola sjukdomsvägar, metabolitsignaleringsvägar, läkemedelsverkansvägar, läkemedelsmetabolismvägar |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | University of Alberta och The Metabolomics Innovation Center |
| Laboratorium | David S. Wishart |
| Primärt citat | SMPDB: The Small Molecule Pathway Database. |
| Tillgång | |
| Hemsida | http://www.smpdb.ca |
| Ladda ner URL | http://www.smpdb.ca/downloads |
| Diverse | |
| Frekvens för datautgivning |
Vart 2-3 år med periodiska korrigeringar och uppdateringar |
| Kurationspolicy | Manuellt kurerad |
Small Molecule Pathway Database (SMPDB) är en omfattande, högkvalitativ, fritt tillgänglig onlinedatabas som innehåller mer än 600 små molekyler (dvs. metaboliska) vägar som finns hos människor. SMPDB är speciellt utformad för att stödja vägbeskrivning och upptäckt av vägar inom metabolomik , transkriptomik , proteomik och systembiologi . Det kan göra det, delvis, genom att tillhandahålla färgglada, detaljerade, helt sökbara, hyperlänkade diagram över fem typer av små molekyler: 1) allmänna mänskliga metaboliska vägar ; 2) mänskliga metaboliska sjukdomsvägar; 3) signalvägar för human metabolit ; 4) läkemedelsverkansvägar och 5) läkemedelsmetabolismvägar . SMPDB-vägar kan navigeras, ses och zoomas interaktivt med ett Google Maps-liknande gränssnitt. Alla SMPDB-vägar inkluderar information om relevanta organ , subcellulära kompartment , proteinkofaktorer , proteinplatser, metabolitplatser, kemiska strukturer och proteinkvartära strukturer (Fig. 1). Varje liten molekyl i SMPDB är hyperlänkad till detaljerade beskrivningar som finns i HMDB eller DrugBank och varje protein eller enzymkomplex är hyperlänkat till UniProt. Dessutom åtföljs alla SMPDB-vägar med detaljerade beskrivningar och referenser, vilket ger en översikt över vägen, tillståndet eller processerna som avbildas i varje diagram. Användare kan bläddra i SMPDB (fig. 2) eller söka i dess innehåll genom textsökning (fig. 3), sekvenssökning eller kemisk struktursökning . Mer kraftfulla frågor är också möjliga, inklusive sökning med listor med gen- eller proteinnamn, läkemedelsnamn, metabolitnamn, GenBank- ID:n, Swiss-Prot- ID:n, Agilent eller Affymetrix mikroarray -ID:n. Dessa frågor kommer att producera listor över matchande vägar och markera de matchande molekylerna på vart och ett av vägdiagrammen. Gen- , metabolit- och proteinkoncentrationsdata kan också visualiseras genom SMPDB:s kartläggningsgränssnitt.
SMPDB är en del av en svit av metabolomiska databaser som också inkluderar Human Metabolome Database , DrugBank och Toxin and Toxin-Target Database (T3DB). Medan DrugBank innehåller information om 7 000 läkemedel och >4 200 icke-redundanta läkemedelsmål, enzymer , transportörer och bärare, rymmer HMDB över 40 000 metaboliter av små molekyler som finns i människokroppen. Sviten kompletteras av T3DB med sina över 3100 vanliga toxiska ämnen och över 1300 motsvarande toxinmål.
Versionshistorik
Den första versionen av SMPDB släpptes den 1 januari 2010. Denna utgåva innehöll mer än 350 bildmappade vägar för små molekyler. Visargränssnittet var begränsat till bildnavigering med rullningslist med 3-stegs (liten, medelstor, stor) zoomning. Vägarna i denna första version var begränsade till 1) mänskliga metaboliska vägar ; 2) mänskliga metaboliska sjukdomsvägar; och 3) signalvägar för human metabolit. Den andra versionen av SMPDB släpptes 2014. Denna version innehöll mer än 620 små molekylvägar. Visargränssnittet förbättrades för att inkludera ett Google-Map-liknande gränssnitt med klick-och-drag-bildnavigering och obegränsad, interaktiv zoomning. Banorna i denna andra version utökades till att omfatta: 1) allmänna humana metaboliska vägar; 2) mänskliga metaboliska sjukdomsvägar; 3) signalvägar för human metabolit; 4) läkemedelsverkningsvägar och 5) läkemedelsmetabolismvägar .