Terriglobus roseus

Terriglobus roseus
Vetenskaplig klassificering
Domän:	Bakterie
Provins:	Acidobacteriota
Klass:	"Acidobakterier"
Beställa:	Acidobacteriales
Familj:	Acidobacteriaceae
Släkte:	Terriglobus
Arter:	T. roseus
Binomialt namn
	Terriglobus roseus; Eichorst et al. 2007

Terriglobus roseus är en bakterie som tillhör underavdelning 1 av Acidobacteriota phylum, och är nära besläktad med släktena Granulicella och Edaphobacter . T. roseus var den första arten som kändes igen i släktet Terriglobus 2007. Denna bakterieart är extremt riklig och mångsidig i jordbruksjordar. T. roseus är en aerob gramnegativ stav som saknar motilitet. Denna bakterie kan producera extracellulära polymera substanser (EPS) för att bilda en biofilm, eller extracellulär matris, för skydd, kommunikation mellan närliggande celler etc. Dess typ av stam är KBS 63.

Som antyds av dess namn, på fasta medier, producerar bakteriekolonierna en rosa pigmentering, vilket indikerar närvaron av karotenoider. T. roseus växer bäst vid rumstemperatur (23 °C) i ett flytande medium som kallas R2B, som innehåller pepton, kasaminosyror , jästextrakt, glukos, löslig stärkelse, natriumpyruvat och oorganiska salter. Även om T. roseus finns i jord- och sedimentmiljöer är det mycket svårt att odla Acidobacteriota i labbmiljöer. För närvarande finns det inget tillräckligt odlingsmedium som tillåter T. roseus att växa i jord. Denna art optimala pH för tillväxt är pH6, men denna art kan överleva under sura förhållanden så lågt som pH 5.

Ekologi

T. roseus , vanlig bland alla Acidobacteriota , är allestädes närvarande i markmiljöer med låg tillgång på näringsämnen och är relativt utbredd i hela jorden. Dess höga överflöd i jordbruksjordar tyder på att T. roseus spelar en avgörande roll i näringsomsättningen. Förmågan för T. roseus att producera EPS tjänar många möjliga fördelar för denna bakterie och dess omgivande miljö. Produktion av biofilmer kan hjälpa till att skydda T. roseus och andra organismer som lever i den extracellulära matrisen, samla vatten och näringsämnen för enklare tillgänglighet och kan potentiellt spela en roll för att bilda jordaggregat, vilket skulle möjliggöra mer flöde av vatten och luft genom biofilmen gemenskap.

Ämnesomsättning

T. roseus är en aerob bakterie som är katalaspositiv och oxidasnegativ. Även om dessa bakterier är aeroba, kan T. roseus överleva vid atmosfäriska koncentrationer så låga som 2 % syre. Dessa bakterier är kemo-organotrofer, vilket betyder att de skapar energi genom att oxidera organiskt material , vilket gör dem mångsidiga när det gäller att generera energi. T. roseus visade sig oxidera glukos , fruktos , galaktos , mannos , xylos , sackaros , maltos , arabinos , cellobios och många fler organiska föreningar. T. roseus kan emellertid inte använda mannitol , karboximetylcellulosa , natriumacetat , natriumpyruvat eller monomerer av ligninföreningar .

I labbkultur har T. roseus visat en ökning av tillväxten som korrelerar med flera faktorer, inklusive förhöjda koldioxidnivåer, minskad tillgänglighet av näringsämnen och kolkällor och ytterligare polymera substrat för att inducera tillväxt och enzymaktivitet, som xylan och kitosan. T. roseus har en långsam tillväxthastighet, vilket tyder på att dessa bakterier är oligotrofa mikroorganismer.

Genomiska egenskaper

Genomet hos T. roseus är nästan 5,25 miljoner baspar långt med ett 60% GC-innehåll. Dess genom har en intressant hög andel upprepade sekvenser på 18 % av allt DNA. T. roseus har två kopior av sitt 16S ribosomala RNA, vilket tyder på att T. roseus är en oligotrof, förutom dess långsamma tillväxthastighet och låga näringskällor. Tidigare forskning har visat en korrelation mellan antalet kopior av 16S rRNA och den relativa metabolismen av organismen. Det låga antalet kopior av 16S rRNA i T. roseus stödjer den långsamma tillväxthastigheten för bakterierna.

Även om det har skett en ökning av forskning som utförs på Acidobacteriota , behövs det fortfarande mer forskning för att bättre förstå hur dessa bakterier, T. roseus i synnerhet, bidrar till miljön runt dem.

1. Eichorst, Stephanie A., John A. Breznak och Thomas M. Schmidt. "Isolering och karakterisering av jordbakterier som definierar Terriglobus Gen. Nov., i Phylum Acidobacteria." Tillämpad och miljömikrobiologi. American Society for Microbiology, 15 april 2007. Webb. 11 december 2018.

2.^ Suman R. Rawat, Minna K. Männistö, Valentin Starovoytov, Lynne Goodwin, Matt Nolan, Lauren Hauser, Miriam Land, Karen Walston Davenport, Tanja Woyke och Max M. Häggblom. "Fullständig genomsekvens av Terriglobus saanensis typ stam SP1PR4 T, en acidobakterie från tundrajord." Standarder i genomiska vetenskaper. BioMed Central, 10 oktober 2012. Webb. 11 december 2018.

3. Singer, Esther, Bill Andreopoulos, Robert M. Bowers, Janey Lee, Shweta Deshpande, Jennifer Chiniquy, Doina Ciobanu, Hans-Peter Klenk, Matthew Zane, Christopher Daum, Alicia Clum, Jan-Fang Cheng, Alex Copeland och Tanja Woyke. "Nästa generations sekvenseringsdata för en definierad mikrobiell mock-gemenskap." Naturnyheter. Nature Publishing Group, 27 september 2016. Webb. 11 december 2018.

4. Klappenbach, JA, JM Dunbar och TM Schmidt. 2000. Antal kopior av rRNA-operon återspeglar bakteriers ekologiska strategier. Appl. Environ. Mikrobiol. 66:1328–1333.