TDR-mål
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Chemogenomics resurs för försummade sjukdomar |
|
Datatyper infångade |
Genomik, läkemedelskemi |
| Organismer | Mänskliga patogener som orsakar försummade tropiska sjukdomar (NTD ) : Plasmodium , Trypanosoma , Leishmania , Mycobacterium , Chlamydia , Treponema , Wolbachia endosymbionts , Giardia , Entamoeba , Trichomonas , Schistosoma , Echinococcus , _ Bruglococer , |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | UNSAM , CONICET |
| Laboratorium |
 Trypanosomatics Laboratory, UNSAM
|
| Författare | Fernán Agüero, Lionel Urán Landaburu, Santiago Carmona, María Paula Magariños, Ariel J Berenstein, Santiago Videla, Ariel Chernomoretz, Parag Maru, Dhanasekaran Shanmugam (nuvarande). Gregory Crowther, Matt Berriman, Stuart Ralph, David Roos, Wes Van Voorhis (tidigare). |
| Primärt citat | Urán Landaburu L et al. (2019) |
| Utgivningsdatum | 2007 |
| Tillgång | |
| Hemsida | https://tdrtargets.org |
| Verktyg | |
| webb | Perl MVC ( Catalyst_(programvara) , DBIx::Class ) |
| Diverse | |
| Versionering | TDR-mål 6 |
| Frekvens för datautgivning |
18 månader |
| Version | 6 |
| Kurationspolicy | ja |
TDR Targets -databasen är ett bioinformatikprojekt som försöker utnyttja tillgången på olika genomiska och kemiska datauppsättningar för att underlätta identifiering och prioritering av läkemedel och läkemedelsmål i försummade sjukdomspatogener . TDR i databasens namn står från den populära förkortningen för ett specialprogram inom Världshälsoorganisationen, vars fokus är T ropical D isease R esearch . Projektet sattes igång med medel från detta program (se Särskilt program för forskning och utbildning i tropiska sjukdomar), och resursens initiala fokus låg på organismer/sjukdomar med hög prioritet för detta program.
Databasen fungerar både som en webbplats där forskare kan söka information om mål eller föreningar av intresse, eller som ett verktyg för prioritering av mål i hela genom . Vid prioritering av gener används individuella databasfrågor för att specificera ett eller flera önskvärda eller oönskade kriterier. Utdata från varje fråga kommer att vara en uppsättning gener (t.ex. alla gener som producerar en dödlig fenotyp vid en genetisk knockout); och olika kombinationer av genuppsättningar kan erhållas med hjälp av standarduppsättningsoperatorer (Union, Intersection, Subtraction), inklusive möjligheten att väga gener som finns i mer än en uppsättning (detta är särskilt användbart vid beräkning av Unions). Ett antal prioriteringar som erhållits med detta verktyg har publicerats, vilket visar ett antal användningsfall.
Databasen innehåller för närvarande information om 21 bakteriella och eukaryota patogener och för > 2 miljoner bioaktiva föreningar . Information som är integrerad i TDR Targets-databasen kommer från olika datakällor och kan därför inte betraktas som ett primärt datalager.
Databasen har sett 6 större releaser sedan lanseringen 2007, vilket sammanföll med utvidgningen av fylogenetisk täckning (t.ex. inkludering av helminthgenom i release 2), inkorporering av nya funktioner (t.ex. kemisk likhet och substruktursökningar i release 4), större datauppdateringar att hålla databasen synkroniserad med uppströmsdataleverantörer (i release 5), och införlivandet av en nätverksmodell med flera lager för att guida Drug_repositioning genom trevliga användarvänliga visualiseringar (i release 6).
Se även