Den nuvarande kyrkobyggnaden byggdes på 1300-talet, även om det finns en antydan om att det ursprungligen fanns en kyrka från 1100-talet på platsen eftersom dopfunten är från den tiden. Den byggdes av lokala stenrutor och sandsten som en liten medeltida kyrka där långhuset och koret inte var åtskilda från varandra.
År 1857 startade Henry Kennedy , som arbetade på ett antal kyrkor inom Church of Englands stift Bangor , en renovering av kyrkan. Han satte in fönster i norra och södra väggarna och täckte om långhuset. Han tog också bort bänkarna och ersatte dem med öppna sittplatser. Trots omfattningen av detta arbete använde Kennedy återvunnet material från den ursprungliga kyrkan och renoveringarna var jämförelsevis små jämfört med andra som pågick i Anglesey vid den tiden.
Notering och stängning
På 1970-talet fick St Mary's Church klass II-listad status, som "ett bra exempel på en enkel, medeltida kyrka som ändrades under C19 men som behöll mycket originaltyg." Listan uppgav också att kyrkan var "en viktig överlevnad" i sitt ursprungliga skick efter att många andra kyrkor antingen hade återuppbyggts eller väsentligen ombyggts. Trots detta stängdes den som en aktiv kyrka på 1970-talet och typsnittet togs till St Cybi's Church i Holyhead för skydd.
