SBK3
| SBK3- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , SGK110, SH3-domänbindande kinasfamiljemedlem 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| externa ID:n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SH3 Domain Binding Kinase Family Member 3 är ett enzym som hos människor kodas av SBK3 -genen (även känd som SGK110 ) . SBK3 är en medlem av serin/treoninproteinkinasfamiljen . SBK3-proteinet är känt för att uppvisa transferasaktivitet, speciellt fosfotransferasaktivitet och tyrosinkinasaktivitet. Den är välbevarad i hela däggdjursorganismer och har två paraloger : SBK1 och SBK2 .
Gen
SBK3 finns på minussträngen av kromosom 19 hos människor: 19q13.42. Dess referensisoform består av 4 985 baser. Närliggande gener inkluderar SBK2 , en paralog till SBK3, såväl som SSC5D, ZNF579 och FIZ1.
Avskrifter
SBK3 har fem exoner ; dock är endast fyra inkluderade i det slutliga mRNA-transkriptet. SBK3 visar sig ha en isoform utanför dess typiska transkript. Referensisoformen inkluderar inte exon 2 och isoform X1 inkluderar inte exon 1.
| Transkript | Tillträdesnummer | Protein Längd |
|---|---|---|
| Referens | NM_001199824 | 359 aa |
| Isoform X1 | XM_011526298 | 384 aa |
Protein
Generella egenskaper
SBK3:s referensprotein har en förutsagd molekylmassa på 38,5 kDa och en isoelektrisk punkt på 4,71 pi. SBK3 har en signifikant högre närvaro av prolinaminosyror än de flesta proteiner, vilket överensstämmer med dess prolinrika sammansättningsbias som sträcker sig över resterna 189-278. Den exakta funktionen av denna prolinrika region i SBK3 är ännu inte fastställd; Men tidigare forskning säger att det är den region där SH3-domänen av interagerande proteiner binder till SBK3.
Primär sekvens
Som tidigare nämnts består SBK3:s referensprotein av 359 aminosyror . Polypeptidkedjan som resulterar från translationen av SBK3 till SBK3-proteinet visas nedan. En icke-kanonisk polyadenyleringssignal 'TATAAA' finns 622 baser nedströms från stoppkodonet.
Domäner
SBK3 har en stor konserverad katalytisk domän som är specifik för proteinkinas-superfamiljen. Nitton ATP-bindande ställen som finns i SBK3s paralog, SBK1, är alla konserverade i SBK3. Tyrosinmotivet finns i SBK3 (resterna 44-233) och har visat sig överlappa den konserverade proteinkinas-superfamiljdomänen (resterna 49-208). SBK3:s aktiva ställe (ACT) förutsägs spänna över resterna 159-171. En kors-programanalys avslöjade en förutsagd transmembrandomän (TMD) som ungefär sträcker sig över resterna 224-240. Ett SUMO-interagerande motiv (SIM) förutsägs spänna över resterna 298-302.
Sekundär struktur
En programöverskridande analys förutspådde att SBK3:s sekundära struktur skulle bestå av åtta alfaspiraler och två betablad .
Tertiär struktur
SBK3:s förutspådda tertiära struktur har visat sig ha många alfa-helixer och få beta-ark, vilket därmed stämmer överens med tidigare förutsägelser av sekundär struktur. Homologa proteiner analyserades för att identifiera strukturella likheter. Enligt PHYRE2 liknar SBK3:s sekvens den för F-kedjan i a-subenheten av IKB-kinas (73 % frågetäckning, 24 % identisk) som är involverad i uppströms NF-KB- signaltransduktionskaskaden. Enligt SWISS-MODEL liknar SBK3:s sekvens till 30 % mitogenaktiverat proteinkinas 8 ( MAPK8 ).
Ligandbindning
1JC- liganden förutspås interagera med SBK3-proteinet (97% konfidens). Denna ligand är funktionellt kommenterad för att binda till en receptortyrosinkinas som kallas hepatocyttillväxtfaktorreceptorn .
förordning
Reglering av gennivå
Enhancer initierade transkription
Placeringen av SBK3:s promotor och associerade förstärkare överensstämmer med konceptet med förstärkarinitierad transkription eftersom deras sekvenser, som hittats på kromosom 19, överlappar varandra. Nyligen genomförda studier har visat att förstärkare ibland kan initiera transkription; emellertid är den funktionella rollen för transkriptionsinitiering av förstärkare ännu inte definierad.
| Element | Identifierare | Startplats | Stoppplats | Längd |
|---|---|---|---|---|
| Promotor | GXP_8988905 | 55544824 | 55546120 | 1296 bp |
| Enhancer | GH19J055544 | 55544907 | 55551056 | 6149 bp |
Vävnadsuttryck
Totalt sett har SBK3 lågt uttryck eftersom det uttrycks vid endast 4,6% av den genomsnittliga mänskliga genen. SBK3s högsta nivåer av uttryck finns i mänsklig hjärtmuskelvävnad, men det visar sig också uttryckas i skelettmuskelvävnad. Under mänsklig fosterutveckling är uttrycket högst i lungan vid 17 veckor. Hos möss SBK3 som att ha partiskt uttryck främst i vuxen hjärtvävnad, som följs av vuxen lungvävnad. Men i musembryot finns det inga bevis för partiskt uttryck. I grishjärnor visades näthinnan ha den högsta nivån av SBK3- uttryck.
Villkorligt uttryck
En ny villkorlig nebulin knockout-musmodell avslöjade en ökning av SBK3- uttryck i quadriceps- och soleusmusklerna. Mössen i denna studie föddes med höga nebulinnivåer i sin skelettmuskel men nebulinuttrycket sjönk snabbt inom några veckor efter födseln. Denna studie observerade att knockoutmöss som överlevde till vuxen ålder upplevde fibertypsväxling mot oxidativa typer. Följaktligen SBK3- uttryck öka i quadriceps- och soleusmusklerna hos nebulinbetingade knockoutmöss.
Reglering av avskriftsnivå
miRNA-inriktning
I sin 3'UTR förutspås SBK3 vara målinriktad av fyra miRNA : hsa-miR-637, hsa-miR-6077, hsa-miR-6760-5p och hsa-miR-1291 . Alla fyra miRNA är bevarade genom primater och identifieras för att binda till stam-loop- strukturer som finns inom 3' UTR.
Proteinnivåreglering
Post-translationella modifieringar
SBK3 har 29 föreslagna fosforyleringsställen vid olika serin-, treonin- och tyrosinrester. O-GlcNAc förutsägs inträffa vid fem treoniner och ett serin. SUMOylering förutspåddes inträffa vid två lysinrester: K165 och K347; ett SUMO-interagerande motiv hittades mellan resterna 298-302. SBK3 förutsägs också genomgå C-mannosylering vid en singulär tryptofanrest: W258.
Subcellulär lokalisering
Genom användning av antikroppar har SBK3 observerats lokaliseras till mitokondrierna. PSORTs k -NN-förutsägelse fastställde att SBK3 var 39,1 % sannolikt att lokaliseras till mitokondrierna och 21,7 % sannolikt att lokaliseras till cytoplasman. Reinhardt-metoden förutspådde SBK3:s lokalisering till cytoplasmatisk med ett tillförlitlighetspoäng på 89. Ingen signalpeptid har hittats i SBK3. Ytterligare analys av SBK3:s beteende i cellen krävs för att fullt ut förstå dess subcellulära lokalisering.
Homologi/evolution
Paraloger
Som tidigare nämnts har SBK3 två paraloger : SBK1 och SBK2 .
| Gen | Tillträdesnummer | Sekvensidentitet (%) |
|---|---|---|
| SBK1 | NP_001019572.1 | 41,98 |
| SBK2 | NP_001357025.1 | 38,87 |
Ortologer
Totalt 141 organismer visar sig ha ortologer med SBK3 -genen, som alla är käkade ryggradsdjur. Av dessa 141 ortologer är 121 av dem däggdjur. SBK3 finns inte i amfibier.
| Arter | Vanligt namn | Tillträdesnummer | Längd | Sekvensidentitet (%) | Sekvenslikhet (%) | Datum för avvikelse |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Mänsklig | NP_001186753.1 | 359 aa | 100 | 100 | 0 MYA |
| Macaca mulatta | Rhesus apa | XP_014980441.2 | 358 aa | 96,7 | 98,6 | 29.44 MYA |
| Gopherus evgoodi | Sköldpadda | XP_030400222 | 387 aa | 45,5 | 58,5 | 312 MYA |
| Haliaeetus leucocephalus | Vithövdad havsörn | XP_010568394 | 353 aa | 42,5 | 54,7 | 312 MYA |
| Callorhinchus milii | Ghostshark | XP_007887001 | 383 aa | 31.2 | 43,6 | 473 MYA |
Fylogeni
SBK3 avvek från broskfiskar för cirka 400 år sedan, fåglar och reptiler för cirka 300 miljoner år sedan, icke-primata däggdjur för cirka 90 miljoner år sedan. Avvikelser från primater inträffade senast för cirka nio miljoner år sedan.
Fungera
SBK3 förutspås statistiskt vara inblandad i sarkomerorganisation, reglering av muskelavslappning, hjärtmyofibrilsammansättning och reglering av hjärtmuskelkontraktion genom reglering av frisättningen av sekvestrerade kalciumjoner. Men funktionen av SBK3 har ännu inte förståtts väl av det vetenskapliga samfundet.
Interagerande proteiner
Transkriptionsfaktorbindningsställen
SBK3:s promotorregion analyserades för att identifiera förutsagda transkriptionsfaktorbindningsställen (TFBS) som hade höga matrislikhetspoäng, närhet till transkriptionsstartstället (TSS), hög konservering genom primater och/eller är ett TATA-bindande protein ( TBP ) . Konserverade matrisfamiljer av intresse inkluderar KLFS och däggdjurs transkriptionsrepressor (RBPF) eftersom de båda hänför sig till hjärtdifferentiering och funktion.
Protein-protein interaktioner
Enligt STRING interagerar SBK3 med FAM86B1, TBCK, POMK, DNPEP , TEX14, PKDCC och TM6SF1. Många av dessa proteiner är associerade med en form av kinasaktivitet. Enligt Mentha interagerar SBK3 med SMAD3 , MBD3L2, Q494R0, SNRNP35, A8MTQ0, AIMP2, DMAP1 , EXOSC2 , TNNT1 , GATAD2B och Q8WUT1. SMAD3 är en receptorreglerad subtyp av SMAD , som har visat sig ha en mycket konserverad TFBS i SBK3 med en hög matrislikhetspoäng.
Klinisk signifikans
SBK3 har visat sig vara berikad i hemostas och signaltransduktionsvägar. Dessutom visade en GWAS -studie ett signifikant samband mellan SBK3 och ospecificerade psykiatriska, kognitiva och beteendeegenskaper. I lupus njurbiopsier visades SBK3 ha en negativ korrelation med uttrycket av CD3 och CD4 T-cellsreceptorer. I en studie som jämförde primära tumörer och metastaserande tumörer från njuren, visade sig denna gen ha minst en tvåfaldig ökning av uttrycket i metastasiska tumörer. En farmakologisk profileringsstudie identifierade SBK3 som en hämmare av fostamanib, ett särläkemedel mot reumatoid artrit och immun trombocytopen purpura .