Sällsynt variant (genetik)

En sällsynt variant är en genetisk variant som förekommer med låg frekvens i en population. Sällsynta varianter spelar en betydande roll i både komplex och Mendelsk sjukdom och är ansvariga för en del av den saknade ärftligheten hos komplexa sjukdomar. Det teoretiska fallet för en betydande roll av sällsynta varianter är att alleler som starkt predisponerar en individ för sjukdom kommer att hållas vid låga frekvenser i populationer genom att renande selektion . Sällsynta varianter studeras alltmer, som en konsekvens av hela exom och hela genom sekvensering ansträngningar. Även om dessa varianter är individuellt sällsynta i populationer, finns det många i mänskliga populationer, och de kan vara unika för specifika populationer. De är mer benägna att vara skadliga än vanliga varianter, som ett resultat av snabb befolkningstillväxt och svagt renande urval. De har misstänkts agera självständigt eller tillsammans med vanliga varianter för att orsaka sjukdomstillstånd.

Metoder för upptäckt

Vissa metoder, såsom genetiska belastningstester, har utvecklats specifikt för att studera genetisk association av sällsynta varianter. Dessa metoder aggregerar sällsynta varianter över genetiska regioner, såsom gener eller hela vägar, och utvärderar kumulativa effekter av flera genetiska varianter. Dessa metoder kan öka kraften när flera varianter i regionen är associerade med en sjukdom eller en egenskap. Dessutom, jämfört med en genomomfattande associationsstudie , utför ett region- eller genbaserat test mycket färre tester, vilket resulterar i en mindre strikt korrigering av flera hypoteser än den genomomfattande betydelsen . Några exempel på dessa metoder är SKAT, SKAT-O, ARIEL test, aSUM och STAAR. SNP-anteckningar hjälper till att prioritera sällsynta funktionella varianter, och inkorporering av dessa annoteringar kan effektivt öka kraften i genetisk association av sällsynta varianter analys av hela exom och hela genom sekvenseringsstudier .

Se även

Vidare läsning