RAGATH RNA-motiv

RAGATH-8
Konsensus sekundär struktur och sekvenskonservering av RAGATH-8 RNA-
identifierare
Symbol	RAGATH-8
Rfam	RF02687
Övriga uppgifter
RNA -typ	Gen ; sRNA
GÅ	GO: 0003824
SÅ	SO:0000370
PDB- strukturer	PDBe

RNA associerade med gener associerade med Twister och Hammerhead ribozymes ( RAGATH ) hänvisar till en bioinformatikstrategi som utarbetades för att hitta självklyvande ribozymer i bakterier . Det hänvisar också till kandidat-RNA, eller RAGATH RNA-motiv , upptäckt med denna strategi.

Med upptäckten av twister-ribozymet insåg man att många genetiska element i bakterier ofta finns i närheten av twister-ribozymer och även till de tidigare upptäckta hammarhuvud-ribozymen . Dessa genetiska element inkluderar flera genklasser, varav många är karakteristiska för Mu-liknande fager . De närliggande elementen inkluderar även twister- och hammarhuvudsribozymer. Med andra ord finns twister- och hammarhuvudribozymer ofta i bakterier i närheten av andra twister- eller hammarhuvudribozymer.

Med tanke på dessa observationer, antog forskare att andra klasser av självklyvande ribozymer också skulle associera med dessa genetiska element. Därför genomfördes sökningar på de icke-kodande regionerna i närheten av de associerade genetiska elementen för att hitta konserverade RNA- strukturer med hjälp av en tidigare etablerad metod. Sådana RNA-strukturer skulle då vara kandidater som självklyvande ribozymer.

Med denna metod hittades tidigare okända självklyvande ribozymklasser: twister-syster , pistol och ribozym . Ovanliga exempel på hammarhuvud och HDV-ribozymer hittades också. Tolv ytterligare konserverade RNA-strukturer verkade inte fungera som ribozymer, och de biologiska och biokemiska funktionerna hos dessa RNA är fortfarande okända. Alla konserverade RNA benämndes "RAGATH RNA-motiv", och de olösta RNA:n är numrerade RAGATH-4 till RAGATH-15. Ytterligare RAGATH-motiv som inte självklyvde "in vitro" publicerades också senare.

RAGATH-18 RNA innehåller en förutspådd kinkvändning. Det här specifika exemplet på en kink-sväng studerades för att bättre förstå hur kink-svängstrukturer relaterar till deras sekvenser.