Pseudomonas putida
| Pseudomonas putida | |
|---|---|
| Vetenskaplig klassificering | |
| Domän: | Bakterie |
| Provins: | Pseudomonadota |
| Klass: | Gammaproteobakterier |
| Beställa: | Pseudomonadales |
| Familj: | Pseudomonadaceae |
| Släkte: | Pseudomonas |
| Arter: |
P. putida
|
| Binomialt namn | |
|
Pseudomonas putida Trevisan, 1889
|
|
| Typ stam | |
|
ATCC 12633 |
|
| Synonymer | |
|
|
|
Pseudomonas putida är en gramnegativ , stavformad , saprotrofisk jordbakterie .
Baserat på 16S rRNA -analys bekräftades P. putida taxonomiskt att vara en Pseudomonas- art ( sensu stricto ) och placerades, tillsammans med flera andra arter, i P. putida- gruppen, till vilken den ger sitt namn. Fylogenomisk analys av kompletta genom från hela Pseudomonas -släktet visade dock tydligt att genomen som benämndes P. putida inte bildade en monofyletisk kladd , utan var spridda och bildade en bredare evolutionär grupp (putida-gruppen) som inkluderade andra arter som väl, såsom P. alkylphenolia, P. alloputida, P. monteilii , P. cremoricolorata , P. fulva , P. parafulva , P. entomophila , P. mosselii , P. plecoglossicida och flera genomiska arter (nya arter som för närvarande inte är giltigt definierad som ny art.
En mängd olika P. putida , kallad multiplasmidkolvätenedbrytande Pseudomonas , är den första patenterade organismen i världen. Eftersom det är en levande organism, bestreds patentet och väcktes inför USA:s högsta domstol i det historiska rättsfallet Diamond v. Chakrabarty , som uppfinnaren, Ananda Mohan Chakrabarty , vann. Det uppvisar en mycket varierad metabolism , inklusive förmågan att bryta ned organiska lösningsmedel som toluen . Denna förmåga har använts vid biosanering eller användning av mikroorganismer för att bryta ned miljöföroreningar. Användning av P. putida är att föredra framför vissa andra Pseudomonas- arter med förmåga till sådan nedbrytning, eftersom det är en säker art av bakterier, till skillnad från till exempel P. aeruginosa , som är en opportunistisk mänsklig patogen.
Genomik
Proteinantalet och GC-innehållet i (63) genomen som tillhör den bredare evolutionära gruppen P. putida (enligt definitionen av en fylogenomisk analys av 494 kompletta genom från hela Pseudomonas -släktet) varierar mellan 3748–6780 (genomsnitt: 5197) och mellan 58,7–64,4 % (genomsnitt: 62,3 %), respektive. Kärnproteomet i de analyserade 63 genomen (i P. putida- gruppen) omfattade 1724 proteiner, varav endast 1 kärnprotein var specifikt för denna grupp, vilket betyder att det saknades i alla andra analyserade Pseudomonader .
Används
Bioremediering
Den olika metabolismen av vildtypsstammar av P. putida kan utnyttjas för bioremediering; till exempel har det i laboratoriet visat sig fungera som ett inokulant i jorden för att bota naftalenförorenade jordar.
Pseudomonas putida kan omvandla styrenolja till den biologiskt nedbrytbara plasten PHA . Detta kan vara användbart vid effektiv återvinning av polystyrenskum , som annars anses inte vara biologiskt nedbrytbart.
Biokontroll
Pseudomonas putida har visat potentiella biokontrollegenskaper , som en effektiv antagonist av växtpatogener som Pythium aphanidermatum och Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici .
Oligonukleotidanvändningssignaturer för P. alloputida KT2440-genomet
Di- till pentanukleotidanvändning och listan över de vanligaste okta- till tetradekanukleotiderna är användbara mått på den bakteriella genomiska signaturen. P. putida KT2440-kromosomen kännetecknas av strängsymmetri och intrasträngparitet hos komplementära oligonukleotider. Varje tetranukleotid förekommer med liknande frekvens på de två strängarna. Tetranukleotidanvändning är förspänd av G+C-innehåll och fysikalisk-kemiska begränsningar såsom basstaplingsenergi, dinukleotidpropellerns vridningsvinkel eller trinukleotidens böjbarhet. De 105 regionerna med atypisk oligonukleotidsammansättning kan differentieras genom sina mönster av oligonukleotidanvändning i kategorier av horisontellt förvärvade genöar, multidomängener eller gamla regioner såsom gener för ribosomala proteiner och RNA. En artspecifik extragen palindromisk sekvens är den vanligaste upprepningen i genomet som kan utnyttjas för typning av P. putida -stammar. I den kodande sekvensen för P. putida är LLL den vanligaste tripeptiden. Fylogenomisk analys omklassificerade stammen KT2440 i en ny art Pseudomonas alloputida .
Organisk syntes
Pseudomonas putidas mottaglighet för genetisk manipulation har gjort att den kan användas i syntesen av många organiska farmaceutiska och jordbruksföreningar från olika substrat.
CBB5 och koffeinkonsumtion
Pseudomonas putida CBB5, en icke-konstruerad, vildtypsvariant som finns i jord, kan leva på koffein och har observerats bryta ner koffein till koldioxid och ammoniak.
externa länkar
- Risk Assessment Summary, CEPA 1999. Pseudomonas putida CR30RNSLL(pADPTel) .
- Pseudomonas putida är ett exempel på växttillväxt som främjar Rhizobacterium, som producerar järnkelaterande ämnen.
- Typstam av Pseudomonas putida vid Bac Dive - Bacterial Diversity Metadatabase