PlasMapper
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Plasmidmappningsserver |
|
Datatyper infångade |
Datainmatning : Plasmidsekvens (FASTA-format); Datautgång : Text- och bildkarta över plasmid (PNG, JPG och SVG) |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | University of Alberta |
| Laboratorium | David S. Wishart |
| Primärt citat | PlasMapper: en webbserver för att rita och automatiskt kommentera plasmidkartor. |
| Tillgång | |
| Hemsida | http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/ |
| Ladda ner URL | http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/ |
| Diverse | |
| Kurationspolicy | Manuellt kurerad |
PlasMapper (Plasmid Mapper) är en fritt tillgänglig webbserver som automatiskt genererar och kommenterar cirkulära plasmidkartor av hög kvalitet . Det är en särskilt användbar onlinetjänst för molekylärbiologer som vill generera plasmidkartor utan att behöva köpa eller underhålla dyr kommersiell programvara. PlasMapper accepterar plasmid- / vektor-DNA- sekvens som input ( FASTA-format ) och använder sekvensmönstermatchning och BLAST -sekvensanpassning för att automatiskt identifiera och märka vanliga promotorer, terminatorer, kloningsställen, restriktionsställen , reportergener , affinitetstaggar , valbara markörgener , ursprung för replikering och öppna läsramar . PlasMapper formaterar sedan om och presenterar de identifierade funktionerna i både en enkel textform och som högupplöst, flerfärgad bild.
Utseendet och innehållet på resultatet kan anpassas på många sätt med hjälp av en mängd olika onlinealternativ. PlasMapper-bilder kan renderas i både rastrerade ( Portable Network Graphics (PNG) och JPG ) och skalbar vektorgrafik ( SVG ) format för att tillgodose en mängd olika användarbehov eller preferenser. Bilderna och textutdata är av tillräcklig kvalitet för att de ska kunna användas direkt i publikationer eller presentationer.