CGView
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | För visualisering av cirkulära genom |
|
Datatyper infångade |
Datainmatning : Genomiska sekvenser med anteckningar i XML, tab-delaminerat format eller NCBI ptt-format. Datautgång : Statiska eller interaktiva bilder av genomiska kartor. |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | University of Alberta |
| Laboratorium | Paul Stothard och David S. Wishart |
| Primärt citat | |
| Utgivningsdatum | 2004 |
| Tillgång | |
| Hemsida | |
| Diverse | |
| Frekvens för datautgivning |
Senast uppdaterad 2012 |
CGView (Circular Genome Viewer) är ett gratis tillgängligt nedladdningsbart Java-program, applet och API ( applikationsprogrammeringsgränssnitt ) för att generera färgglada, zoombara, hyperlänkade, rikt kommenterade bilder av cirkulära genom som bakteriella kromosomer , mitokondrie-DNA och plasmider . Det används ofta i pipelines för annotering av bakteriesekvenser för att generera visuella resultat som är lämpliga för webben. Det har också använts i en mängd populära webbservrar (CGView-webbservern, PlasMapper , BASys ) och databaser ( BacMap ).
Översikt
Mer än 4000 bakteriegenom och tusentals plasmidgenom har sekvenserats tack vare framstegen inom DNA-sekvenseringsteknologi. CGView utvecklades för att möta de specialiserade behoven för att visualisera och kommentera cirkulära genom, såsom bakterie-, plasmid-, kloroplast-, mitokondriella DNA-sekvenser. När det väl är installerat accepterar CGView-programmet ett antal olika filformat där funktionsdata och renderingsinformation kan vara XML- fil, en tabbavgränsad fil eller en NCBI ptt-fil. CGView konverterar sedan indata till en grafisk karta i olika ( PNG , JPG eller SVG ) bildformat som kan innehålla etiketter, titlar, förklaringar och fotnoter. Bilderna kan vara statiska, interaktiva eller i affischstorlek för utskrift eller för inbäddning på webbsidor.
Teknik och tillgänglighet
CGView är skrivet i programmeringsspråket Java . Det finns som ett nedladdningsbart Java-applikationspaket samt en applet och ett API . Appletpaketet kan användas för att bädda in interaktiva kartor på webbsidor. API: t kan användas för att integrera CGView i andra Java-applikationer. En CGView-server har nyligen utvecklats.