OmpA-liknande transmembrandomän
 | |||||||||||
| OmpA-liknande | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| transmembrandomänidentifierare | |||||||||||
| Symbol | OmpA_membran | ||||||||||
| Pfam | PF01389 | ||||||||||
| Pfam klan | CL0193 | ||||||||||
| InterPro | IPR000498 | ||||||||||
| PROSITE | PDOC00819 | ||||||||||
| SCOP2 | 1bxw / SCOPe / SUPFAM | ||||||||||
| TCDB | 1.B.6 | ||||||||||
| OPM superfamilj | 26 | ||||||||||
| OPM-protein | 1qjp | ||||||||||
| |||||||||||
OmpA-liknande transmembrandomän är en evolutionärt konserverad domän av bakteriella yttre membranproteiner . Den här domänen består av en åttasträngad beta-fat . OmpA är det dominerande cellytantigenet i enterobakterier som finns i cirka 100 000 kopior per cell. Uttrycket av OmpA regleras hårt av en mängd olika mekanismer. En mekanism genom vilken OmpA-uttryck regleras i Vibrio- arter är av ett antisens icke-kodande RNA som kallas VrrA .
Strukturera
Strukturen består av en åtta-strängad Up-And-Down Beta-Barrel . Strängarna är förbundna med fyra extracellulära slingor och tre intracellulära varv.
Fungera
Många OmpA-liknande membranomspännande domäner bidrar till bakteriell virulens genom en mängd olika mekanismer såsom bindning till värdceller eller immunregulatorer såsom Faktor H. Anmärkningsvärda exempel inkluderar E. coli OmpA och Yersinia pestis Ail. Flera av dessa proteiner är vaccinkandidater.
E. coli OmpA visades göra specifika interaktioner med det humana glykoproteinet Ecgp på hjärnans mikrovaskulära endotelceller. Cronobacter sakazakii är en livsmedelsburen patogen som orsakar hjärnhinneinflammation hos nyfödda och visade sig binda fibronektin via OmpA och detta spelade en betydande roll vid invasion av blod-hjärnbarriären. Y. pestis -proteinet Ail binder till laminin och heparin och tillåter därför bakteriell vidhäftning till värdceller. Borrelia afzelii -proteinet BAPKO_0422 , är en OmpA-liknande transmembrandomän och binder till human faktor H.
Se även