Det var tidigare ansvarig för utredning av flygolyckor och tillbud i Namibia. I november 2013 separerades utredningen av olyckor och tillbud från DCA i Directorate of Aircraft Accident Investigations (DAAI) för att säkerställa att utredningarna är opartiska. Namibias chefsolycksutredare rapporterar nu direkt till ministern för arbete, transport och kommunikation.
Namibias kabinett hade godkänt inrättandet av NCAA 2003. Den 1 november 2016, enligt Civil Aviation Act, inrättades myndigheten och direktoratet för civil luftfart upplöstes. Sedan 2021 har Ericsson Nengola agerat som verkställande direktör för NCAA.
