myGrid

myGrid-konsortiet

Bildning	2001
Typ	e-Science organisation
Syfte	Utveckla mjukvaruverktyg för forskare
Plats	Institutionen för datavetenskap, University of Manchester
Huvudutredare	Carole Goble
Hemsida	www .mygrid .org .uk

MyGrid - konsortiet producerar och använder en uppsättning verktygsdesign för att "hjälpa e-forskare komma vidare med vetenskapen och komma vidare med forskare". Verktygen stödjer skapandet av e-laboratorier och har använts inom så olika domäner som systembiologi , samhällsvetenskap , musik , astronomi , multimedia och kemi .

Konsortiet leds av Carole Goble från institutionen för datavetenskap vid University of Manchester, Storbritannien.

Verktyg som produceras och används av myGrid

Verktyg som utvecklats av myGrid-konsortiet inkluderar:

• Taverna -arbetsbänken för att designa, redigera och utföra vetenskapliga arbetsflöden
• myExperiment för att dela arbetsflöden och relaterad data
• BioCatalogue ett offentligt register över webbtjänster för livsforskare
• Seek producerad i samarbete med SysModb: Systems Biology of Micro-Organisms DataBase Hitta, dela och utbyta data, modeller och processer inom systembiologi
• MethodBox Bläddra i dataset och dela kunskap.
• RightField Dela betydelsen av dina data genom att bädda in ontologianteckningar i kalkylblad
• Databasen över njur- och urinvägar (KUPKB)
• Workflows for Ever (wf4ever) Bevarande av vetenskapligt arbetsflöde

Historia

Konsortiet har tre distinkta faser:

Fas 1

Konsortiet bildades 2001 och sammanförde medarbetare vid universiteten i Manchester , Southampton , Newcastle , Nottingham och Sheffield , The European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) i Cambridge, och industripartners GlaxoSmithKline , Merck A KGaZeneca , , Sun Microsystems , IBM , GeneticXchange, Epistemics och Cerebra, (tidigare Network Inference). UK Engineering and Physical Sciences Research Council finansierade den första fasen av projektet med 3,5 miljoner pund.

Hittills har Grid -utvecklingen fokuserat på de grundläggande frågorna om lagring, beräkning och resurshantering som behövs för att göra ett globalt forskarsamhälles information och verktyg tillgängliga i en högpresterande miljö. Men ur en e-vetenskaplig synvinkel är syftet med Grid att leverera en samarbetande och stödjande miljö som tillåter geografiskt distribuerade forskare att uppnå forskningsmål mer effektivt. MyGrid kommer att designa, utveckla och demonstrera funktioner på högre nivå över en befintlig Grid-infrastruktur som stödjer forskare att använda komplexa distribuerade resurser.

Projektet har utvecklat en e-Science- arbetsbänk som heter Taverna som stöder:

• den vetenskapliga processen för experimentell undersökning, bevisackumulering och resultatassimilering;
• vetenskapsmannens användning av samhällets information; och
• vetenskapligt samarbete, vilket gör det möjligt för dynamiska grupperingar att ta itu med framväxande forskningsproblem.

MyGrid-projektet har också utvecklat myExperiment för att möjliggöra delning av vetenskapliga arbetsflöden från Taverna och andra vetenskapliga arbetsflödessystem .

Taverna-arbetsbänken stödjer individuella forskare genom att tillhandahålla personaliseringsmöjligheter för resursval, datahantering och processinförande. Design- och utvecklingsaktiviteten kommer att informeras av och utvärderas med hjälp av problem inom bioinformatik, som kännetecknas av en mycket distribuerad gemenskap, med många delade verktygsresurser. myGrid kommer att utveckla två applikationsmiljöer, en som stödjer enskilda forskare i analysen av funktionell genomisk data, och en annan som stöder annotering av en mönsterdatabas . Båda dessa uppgifter kräver explicit representation och genomförande av vetenskapliga processer och har utmanande prestationskrav.

Fas 2

I fas 2, från 2006 till 2009, finansieras konsortiet för 2 miljoner pund som en del av Open Middleware Infrastructure Institute . Medlemskapet i konsortiet var koncentrerat till University of Manchester och EMBL-EBI .

Fas 3

I december 2008 godkände Storbritanniens Engineering and Physical Sciences Research Council lagets förslag om förnyelse av bidrag. Bidraget är på 1,15 miljoner pund och startade i januari 2009. Medlemmarna i myGrid-teamet för fas 3 är University of Manchester och University of Southampton . Projektet är organiserat kring fyra teman: Knowledge Management för e-Science, Metadatahantering i e-laboratorier, Scientific Workflow Design, Management and Enactment, och Social Computing för e-Scientists. Temat Social Computing är orienterat kring myExperiment Virtual Research Environment (VRE) för social curation och delning av vetenskapliga forskningsobjekt .