FGED Society

FGED Society
Förkortning	FGED
Bildning	november 1999 ; 23 år sedan
Upplöst	september 2021 ; för 1 år sedan
Typ	NPO
Syfte	Vetenskaplig
Officiellt språk	engelsk
President	Francis Ouellette
Huvudorgel	Styrelse
Hemsida	www.fged.org

Functional GEnomics Data Society ( FGED ) (tidigare känt som MGED Society ) var en ideell, frivilligdriven internationell organisation av biologer, datavetare och dataanalytiker som syftar till att underlätta biologisk och biomedicinsk upptäckt genom dataintegration. FGED:s tillvägagångssätt var att främja delning av grundforskningsdata genererad främst via högkapacitetsteknologier som genererar stora datamängder inom området funktionell genomik .

Medlemmar av FGED Society arbetade med andra organisationer för att stödja effektiv delning och reproducerbarhet av funktionell genomikdata; underlätta skapandet av standarder och mjukvaruverktyg som utnyttjar standarderna; och främja delning av högkvalitativa, väl kommenterade data inom biovetenskap och biomedicinska samhällen.

Denna organisation, som grundades 1999 som "Microarray Gene Expression Data (MGED) Society", bytte namn till "Functional Genomics Data Society" 2010 för att återspegla det faktum att den har breddat sitt fokus bortom tillämpningen av DNA- mikroarrayer för genuttryck analys för att inkludera teknologier som sekvensering med hög genomströmning . ^{[ citat behövs ]} Omfattningen av FGED Society inkluderar data som genereras med hjälp av vilken funktionell genomikteknologi som helst när den tillämpas på studier i genomskala av genuttryck, bindning, modifiering och andra relaterade tillämpningar.

I september 2021 upphörde FGED Society sin verksamhet.

Historia

FGED Society bildades 1999 vid ett möte om Microarray Gene Expression Databases som ett erkännande av behovet av att upprätta standarder för delning och lagring av data från DNA-mikroarrayexperiment . ^{[ citat behövs ]} Ursprungligen kallat "MGED Society", började samhället med fokus på DNA-mikroarrayer och genuttrycksdata .

Det ursprungliga MGED Society inkorporerades 2002 som en ideell allmännyttig organisation med titeln Microarray Gene Expression Data Society ^{och erhöll permanent Microarray} välgörenhetsstatus 2007. MGED-namnet ändrades juridiskt 2007 till and Gene Expression Data Samhället att betona en bredare räckvidd.

I september 2008 beslutade föreningen att marknadsföra sig själv som MGED Society för att bredda föreningens räckvidd bortom mikroarrayteknologi och genuttryckstillämpningar, men ändå behålla det erkända värdet av MGED-namnet inom samhället. ^{[ citat behövs ]}

I juli 2010 röstade sällskapet för att byta namn till "Functional Genomics Data (FGED) Society" för att återspegla dess nuvarande uppdrag som går utöver mikroarrayer och genuttryck för att omfatta data som genereras med hjälp av funktionell genomikteknologi som tillämpas på studier i genomisk skala av genuttryck, bindning , modifiering (såsom DNA-metylering ) och andra relaterade tillämpningar. Detta tillkännagavs formellt den 14 juli 2010 vid föreningens årsmöte "MGED13".

Ordföranden för FGED Society

Styrelsemedlemmar och tjänstemän i FGED Society väljs årligen varje maj och börjar tjänstgöra i juni. Presidenter för FGED Society tillsammans med deras mandatperioder är följande:

Francis Ouellette (2013–2021)
John Quackenbush (2011–2013)
Chris Stoeckert (2007–2011)
Catherine Ball (2003–2007)
Alvis Brasma (1999–2003)

Medlemskap

FGED:s styrelse och rådgivande nämnd består av frivilliga från akademi, industri, myndigheter och tidskrifter som representerar ett tvärsnitt av de som genererar, analyserar, arkiverar och publicerar inom området funktionell genomik. Även om det inte finns något formellt medlemskap, anses deltagarna i de årliga FGED-mötena vara en del av FGED-gemenskapen.

Standarder

Hittills har FGED tagit fram en mängd olika standardspecifikationer som hänför sig till DNA-mikroarray-experiment. Dessa standarder är utformade för att förbättra anteckningar, kommunikation och delning av data och resultat från sådana experiment inom life science forskarsamhället.

MINSEKE

Minimal information om ett sekvenseringsexperiment med hög genomströmning (MINSEQE) är en minimiinformationsstandard för datainnehåll som beskriver den väsentliga information som behövs för att dokumentera ett sekvenseringsexperiment med hög genomströmning i syfte att tolka och replikera resultaten.

MIAME

MIAME (Minimal Information About a Microarray Experiment) är en standard för datainnehåll som beskriver den väsentliga information som behövs för att dokumentera ett DNA-mikroarray-experiment i syfte att tolka och replikera resultaten. Det var det första publicerade exemplet på en minimiinformationsstandard för experiment med hög genomströmning inom biovetenskap, och lade som sådan grunden för liknande standarder inom andra biovetenskapliga domäner.

MAGE-OM och MAGE-TAB

MAGE-OM (MicroArray Gene Expression Object Model) är en standard för datautbyte och datamodellering för användning vid kodning av data från mikroarrayexperiment i syfte att exportera och importera till mjukvaruverktyg och databaser via XML- filer . MAGE-OM är en plattformsoberoende modell implementerad i det XML-baserade MAGE-ML-formatet.

En ny version, MAGE-TAB , har utvecklats för att vara enklare att förstå och generera av dataproducenter då den är i ett format ( tabbavgränsat ) som kan ses och redigeras med hjälp av allmänt tillgänglig kalkylprogram, som Microsoft Excel .

MGED ontologi

MGED Ontology (MO) tillhandahåller en standardterminologi för att beskriva komponenter i ett DNA-mikroarrayexperiment. Ontology for Biomedical Investigations (OBI) utvecklas som en ersättning för MO. En kartläggning av ontologitermer från MO till OBI finns tillgänglig.

Årligt möte

En viktig del av FGED Society-insatsen har varit det årliga FGED-mötet för att visa upp banbrytande vetenskapligt arbete och främja standarder.

FGED Society har hållit sitt årliga möte på arenor runt om i världen sedan 1999, samordnat med en lokal vetenskaplig organisation som ger utrymme för föredrag, postersessioner, workshops och handledning.

Tidigare möten i FGED Society

Här är en lista över årsmötesdatum och platser för tidigare möten i FGED Society. Alla möten från 2010 och tidigare hölls under namnet "MGED Society".

Datum	Plats
20 juni 2013	Seattle , WA, USA
25 januari 2012	Boston , Massachusetts, USA
15 juli 2010	Boston , Massachusetts, USA (i samband med ISMB )
8 oktober 2009	Phoenix, Arizona , USA
5 september 2008	Riva del Garda , Trentino, Italien
5 september 2007	Brisbane , Australien
10 september 2006	Seattle , WA, USA
13 september 2005	Bergen , Norge
10 september 2004	Toronto , Kanada
5 september 2003	Aix-en-Provence , Frankrike
27 september 2002	Plaza Heisei, Odaiba , Tokyo, Japan
31 mars 2001	Stanford University , CA, USA
27 maj 2000	DKFZ och EMBL , Heidelberg, Tyskland
15 november 1999	EBI , Cambridge, Storbritannien

Se även