Metavirus
| Klassificering av | |
|---|---|
| metavirusvirus | |
| (orankad): | Virus |
| Rike : | Riboviria |
| Rike: | Pararnavirae |
| Provins: | Artverviricota |
| Klass: | Revtraviricetes |
| Beställa: | Ortervirales |
| Familj: | Metaviridae |
| Släkte: | Metavirus |
Metavirus är ett släkte av virus i familjen Metaviridae . De är retrotransposoner som invaderar ett eukaryotiskt värdgenom och kan bara replikera när viruset har infekterat värden. Dessa genetiska element existerar för att infektera och replikera i deras värdgenom och är härledda från förfäders element som inte är relaterade till deras värd. Metavirus kan använda flera olika värdar för överföring och har visat sig vara överförbart genom ägglossning och pollen från vissa växter.
Metavirus innehåller fem familjer av Ty3/Gypsy -elementet med antingen en eller två öppna läsramar ; dessa familjer är mdg1, mdg3, blastopia, 412 och micropia . Var och en av de fem familjerna innehåller antingen en eller två öppna läsramar, gag3 och/eller pol3 . Det finns bevis för att aminosyrabrist i elementets värdgenom ofta har orsakat en ramförskjutning mot Ty3 -elementet. Metavirus motsvarar Ogre/Tat -genlinjen.
Morfologi
Arter av Metavirus är enkelsträngade RNA-retrotransposoner. De har en ikosaedrisk och linjär form och är inte inneslutna i ett hölje. Deras diameter är ungefär 50 nm och de är vanligtvis mellan 42 och 52 nm långa. Dessa genetiska element innehåller en kärna och kapsid. [ citat behövs ]
Arter
Följande arter är erkända:
- Arabidopsis thaliana Athila-virus
- Arabidopsis thaliana Tat4-virus
- Bombyx mori Mag-virus
- Caenorhabditis elegans Cer1-virus
- Cladosporium fulvum T-1-virus
- Dictyostelium discoideum Skipper virus
- Drosophila buzzatii Osvaldo-virus
- Drosophila melanogaster 412 virus
- Drosophila melanogaster Blastopia-virus
- Drosophila melanogaster Mdg1-virus
- Drosophila melanogaster Mdg3-virus
- Drosophila melanogaster Micropia virus
- Drosophila virilis Ulysses-virus
- Fusarium oxysporum Skippy-virus
- Lilium henryi Del1 virus
- Saccharomyces cerevisiae Ty3-virus
- Schizosaccharomyces pombe Tfl-virus
- Schizosaccharomyces pombe Tf2-virus
- Takifugu rubripes Sushi-virus
- Tribolium castaneum Woot-virus
- Tripneustis gratilla SURL-virus
Evolution
På grund av deras höga mutations- och rekombinationshastighet och deras förmåga att utföra horisontell genöverföring , kan den evolutionära historien för många retroelement vara utmanande att spåra (Benachenhou et al., 2013). Forskare tittar ofta på genomen av Metavirus för att jämföra nukleinsyrasekvenser med sekvenserna av andra virus, konstruera linjer och föreslå gemensamma förfäder. [ citat behövs ]
Flera taxa av Metavirus har genomisk sekvens som är homolog med andra släkten av Metaviridae och antyder gemensam förfader och/eller samevolution. Forskare tittar ofta på kapsidproteiner för bevis på metavirusutveckling . Mycket av metavirusets härstamning förblir olöst och undersöks för närvarande. [ citat behövs ]
Studier
Mascagni et al. (2017) genomförde forskning för att hitta homologer och identifiera strängar i solrosarter. I experimentet extraherades DNA från olika helianthus -arter och genomen av retrotransposoner identifierades med hjälp av BLASTX-analys. Filogenetiska träd konstruerades med hjälp av grannsammanfogande klustringsmetod och en bioinformatisk pipeline konstruerades för att möjliggöra genomisk analys. Två element, SURE och Helicopia, identifierades och placerades i superfamiljerna Gypsy respektive Copia . Således tillhör SURE- elementet Gypsy- gruppen, av Ogre/Tat -linjen, av släktet Metavirus . Ytterligare analys ledde Mascagni et al. (2017) för att identifiera mutationer och dra slutsatsen att metaviruslinjen utvecklades före Sirevirus. Mascagni et al. (2017) fann också bevis för att SURE- elementen och Helicopia -elementen hade hybridiserat, potential för nya linjer.
Nefedova och Kim (2009) genomförde en studie på Drosophila melanogaster för att ytterligare identifiera härstamningar av metavirus . Homologer identifierades från tidigare extraherat DNA från retrotransposoner och Drosophila melanogaster och fylogenetiska träd konstruerades. Metavirus har env-genen, vilket gör att de kan vara smittsamma, vilket Nefedova och Kim (2009) drog slutsatsen att de erhölls från horisontell genöverföring från baculovirus. Metavirus innehåller roo-elementet som tros ha erhållits från genöverföring från Errantivirus, eller mer sannolikt delar de två släktena en gemensam förfader .
externa länkar
- ICTV-rapport: Metaviridae
- "Metaviridae" . NCBI Taxonomy Browser . 186665.
- Beskrivningar av växtvirus arkiverade 2019-11-20 på Wayback Machine