Mary Jo Ondrechen

Mary Jo Ondrechen
Ondrechen på campus vid Brandeis University 2011
Född	1953
Nationalitet	amerikansk
Alma mater	Reed College (BS) Northwestern University (PhD)
Känd för	TEMATIK, SALSA, POOL
Vetenskaplig karriär
Fält	teoretisk kemi
institutioner	Northeastern University
Doktorandrådgivare	Mark A. Ratner

Mary Jo Ondrechen (född 1953) är en kemist, utbildare, forskare, samhällsledare och aktivist. Hon fungerar som professor i kemi och kemisk biologi och huvudutredare för Computational Biology Research Group vid Northeastern University i Boston, Massachusetts .

Utbildning

Ondrechen fick en American Chemical Society- certifierad kandidatexamen i kemi från Reed College , Portland, Oregon 1974. Hon fortsatte doktorsstudier i kemi och kemisk fysik vid Northwestern University, Evanston , Illinois och tog doktorsexamen. examen 1978, under ledning av Mark A. Ratner . Efter postdoktorala forskningsutnämningar vid University of Chicago och vid Tel-Aviv University i Israel , den senare som NATO- postdoktor, började hon på fakulteten vid Northeastern University i Boston, Massachusetts 1980.

Forskning och upptäckter

Hennes tidigare forskningsresultat inkluderar design av molekyler och material med önskvärda spektroskopiska och ledande egenskaper, förutsägelse av elektriska fälteffekter i molekyler och proteiner , optimering av energiomvandlingsanordningar och design och karakterisering av jonledande material för uppladdningsbara batterier . Hennes nuvarande forskningsaktiviteter inkluderar modellering av biologiska makromolekyler och prediktiva beräkningar för funktionell genomik .

Hon var med och utvecklade THEMATICS (Theoretical Microscopic Anomalous Titration Curve Shapes), en enkel beräkningsprediktor för funktionell information om proteiner enbart utifrån deras tredimensionella struktur. THEMATICS förutsäger katalytiska och bindningsställen i proteiner med hög känslighet och god selektivitet. En unik och kraftfull egenskap hos hennes THEMATICS-metod är att den varken kräver sekvens- eller strukturella jämförelser och därför gäller för nya veck, föräldralösa sekvenser och även för konstruerade polypeptidsystem .

Hon är också medutvecklare, tillsammans med Wenxu Tong och Ronald J. Williams , av en ny maskininlärningsteknologi som kallas Partial Order Optimum Likelihood (POOL). POOL är en monotonisk metod för maximal sannolikhet för att förutsäga egenskaper som är monotont beroende av indatafunktionerna. Denna kraftfulla metod, tillsammans med THEMATICS-inmatningsfunktioner, är en högpresterande aktiv platsprediktor för proteinstrukturer.

Dessa metoder används också för framgångsrik annotering av strukturella genomiska proteiner, dvs. för upptäckten av funktionen hos genprodukter vars funktion för närvarande är okänd. Hennes SALSA-metod (Structurally Aligned Local Sites of Activity) använder lokala uppsättningar av aminosyrarester som beräkningsmässigt förutspås vara aktiva i katalys för att identifiera den biokemiska funktionen hos enzymstrukturer med okänd funktion.

Dessa beräkningsmetoder används också för närvarande för att förstå hur enzymer påverkar katalys . Specifikt har professor Ondrechen banat väg för konceptet med spatialt utökade enzymaktiva ställen, och att deltagandet av aminosyror , även om de är långt från platsen för den katalyserade reaktionen, kan förutsägas med en enkel beräkning.

Hennes forskargrupp har också utvecklat beräkningsmetoder för att förbättra designen av artificiella enzymer.

2020 lade Ondrechens forskargrupp till ett nytt projekt för att karakterisera proteinerna i SARS-CoV-2 , viruset som orsakar covid-19 , och för att söka ingripanden för att störa den virala livscykeln

Samhällsaktivism

Ondrechen är samhällsledare och aktivist. Hon har nyligen suttit i styrelsen för rådgivare för det Washington, DC -baserade Interstate Technology and Regulatory Council (ITRC), som representerar intressenter från samhället och stamgrupperna. Hon är tidigare ordförande för styrelsen för North American Indian Center of Boston ( NAICOB ) och fungerade som styrelseordförande för Albuquerque, New Mexico-baserade American Indian Science and Engineering Society ( AISES ) från 2011 till 2013. En passionerad förespråkare för förvaltning av jorden, hon har tidigare tjänstgjort i Conservation Commission för Hopkinton, Massachusetts och i Community Leaders Network vid US Department of Energy . Hon har varit särskilt aktiv i främjandet av innovativ teknik för att lösa miljöproblem. Hon förespråkar också aktivt att offentliga och stamintressenter ska inkluderas i miljöutvärdering, beslutsfattande och förvaltning.

Hon var talare vid March for Science i Washington, DC i april 2017.

Hon har hållit ett flertal presentationer om mångfald och inkludering inom vetenskap, teknik, teknik och matematik ( STEM ).