MIAT (gen)
| MIAT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifiers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , C22orf35, GOMAFU, LINC00066, NCRNA00066, RNCR2, lncRNA-myokardinfarktassocierad transkript (icke-proteinkodning), hjärtinfarktassocierad transkript | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Externa ID:n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MIAT (myocardial infarction-associated transcript), även känd som RNCR2 (retinal icke-kodande RNA 2) eller Gomafu , är ett långt icke-kodande RNA . Enkelnukleotidpolymorfismer (SNP) i MIAT är associerade med risk för hjärtinfarkt . Det uttrycks i neuroner och ligger i kärnan . Det spelar en roll i regleringen av specifikation av näthinnecellsöde . Crea och medarbetare har visat att MIAT är starkt uppreglerat i aggressiva prostatacancerprover, vilket ökar möjligheten att denna gen spelar en roll i cancerprogression.
Strukturera
MIAT-genen finns på kromosom 22 och är 30 051 baser lång. MIATs andra namn, gomafu, är ett ord på japanska som betyder "fläckigt mönster". Anledningen till att den heter så är att Gomafu är fördelad i nukleoplasman i ett fläckigt mönster. Dessutom är dess orientering en plussträng .
Det har också visat sig att MIAT har fem exoner och sannolikt är ett funktionellt RNA , eftersom MIAT inte har visats koda för någon translationell produkt. Dessutom kodar genen för ett skarvat, långt icke-kodande RNA .
Genen finns inte bara hos människor, utan även hos möss och råttor. Ortologer finns i synteniska positioner av groda och kyckling. Man har också funnit att allt gomafu-RNA innehåller tandemupprepningar av UACUAAC som binder till SPF1 , som är en splitsningsfaktor .
MIAT upptäcktes ursprungligen som långa intergena icke-kodande RNA:n ganska berikade på specifika neuroner i musens näthinna och senare mer allmänt uttryckt i nervsystemet och odlade neuroner, där det specificerar cellidentitet. Dessutom är gomafu-RNA:t också ganska olösligt och är berikat med PolyA + . Det finns också förmodade polyadenyleringssignaler (ATTAAA) som finns i 3'-änden av denna gen. Närvaron av en PolyA-svans och multipla exoner och introner uppfyller särdragen hos mRNA som transkriberas av RNA-polymeras II . Genens stabilitet skiljer sig inte signifikant från β-aktin -mRNA.
Funktion inom patologi
Hjärtinfarkt
Hjärtinfarkt är mer känd som en hjärtinfarkt . Det är hjärtmuskelns irreversibla död på grund av långvarig obstruktion av blodtillförseln till organet. Fallkontrollerade storskaliga studier som använder Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) i hela genomet visade att förändrat uttryck vid 6 SNPs i MIAT-genen kan ge genetisk känslighet för hjärtinfarkter . MIAT har visats koda för ett icke-funktionellt RNA. Även om den exakta funktionen av MIAT fortfarande är oklar, kan kunskap om några av de genetiska faktorer som bidrar till patogenesen av hjärtinfarkt lämpa sig för bättre diagnos, förebyggande och behandling. Trots allt som har upptäckts om MIAT har ett orsakssamband mellan MIAT och hjärtinfarkter ännu inte påvisats.
Dessutom visade en studie att uttrycksnivåer av MIAT har visat sig förändras i perifera blodceller hos patienter med akut hjärtinfarkt. Forskare studerade särskilt sambandet mellan nivåer av lncRNA och inflammationsmarkörer hos patienter som har drabbats av en hjärtinfarkt. MIAT-nivåer visade sig vara positivt associerade med lymfocyter och negativt associerade med neutrofiler och blodplättar . I en annan del av denna studie tittade forskare på sambandet mellan kardiovaskulära riskfaktorer och nivåer av lncRNA. Rökning var en kardiovaskulär riskfaktor som visade sig vara positivt associerad med MIAT. Det är viktigt att inse att även om flera forskare har rapporterat att nivåerna av lncRNA regleras i hjärtvävnaden efter en hjärtinfarkt, är det inte säkert känt om det är hjärtinfarkten som påverkar nivåerna av lncRNA i perifera blodkroppar. MIAT har olika genotyper av SNP och det är möjligt att endast en av dem relaterar till hjärtsjukdom.
Schizofreni
Det långa icke-kodande RNA(lncRNA) MIAT är beläget i samma kromosomala region som är kopplad till Schizofreni (SZ) 22Q12.1.
MIAT är uppreglerat i kärnan hos kokain- och heroinanvändare. Nucleus accumbens är en region involverad i beteende och beroende, vilket tyder på att dysreglering av MIAT kan påverka beteendet.
Det är väl accepterat att alternativ splitsning har en roll i SZ-patologi. MIAT är associerat med alternativ splitsning genom dess interaktion med splitsningsfaktor 1 (SF1) och med generna DISC1 och ERBB4. MIAT binder direkt till splitsningsregulatorn quaking homolog (QKI) och serin/argininrik splitsningsfaktor 1 (SRSF1). QKI-genuttryck är minskat i specifika hjärnregioner i SZ och det har föreslagits vara involverat i SZ.
Post-mortem SZ-hjärnor har uppreglerat uttryck av både DISC1 och ERBB4. Överuttryck av MIAT i humaninducerade pluripotenta stamceller (HiPSC)-härledda neuroner visar en signifikant minskning av uttrycket av både DISC1 och ERBB4 och deras alternativa splitsade varianter. Detta är motsatsen till det uppreglerade uttrycket som ses i SZ-patients hjärnor. ASO-medierad nedbrytning av MIAT i (HiPSC)-härledda neuroner ökar uttrycket av både DISC1- och ERBB4-splitsvarianter, men inte deras osplitsade transkript. Detta matchar nästan exakt det avvikande skarvningsmönstret som ses i SZ-patientens hjärnor. Dessa resultat tyder på att förlust av funktionsmutationer eller minskat uttryck av MIAT är involverat i att driva avvikande kortikala splitsningsmönster som observerats i SZ post-mortem hjärnor.
Andra patologier
MIAT upp- och nedreglering har kopplats till olika typer av cancer och andra patologier.
I en studie av glioblastoma multiforme var ökat uttryck av MIAT kopplat till ökad överlevnad. Dessutom hittades gliomcellerna till hur signifikant nedreglerade MIAT. Rollen för MIAT vid lymfatisk leukemi är mycket annorlunda än den för glioblastom. I vissa aggressiva cellinjer av kronisk lymfatisk leukemi är MIAT uppreglerad och beror på närvaron av en transkriptionell regulator, OCT4 . OCT4 tjänar en positiv regulator av MIAT-transkription och är för närvarande den enda kända regulatorn. Analys av relativa koncentrationer av MIAT och OCT4 har dock visat att andra regulatoriska faktorer spelar in.
Utöver sin roll i cancer har MIAT-feluttryck också kopplats till neurovaskulär dysfunktion.