MALSU1
| MALSU1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifiers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , C7orf30, mtRsfA, mitokondriell sammansättning av ribosomala stor subenhet 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Externa ID:n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MALSU1 är en gen på kromosom 7 hos människor som kodar för proteinet MALSU1 . Detta protein lokaliseras till mitokondrier och är troligen involverat i mitokondriell translation eller biogenes av den stora subenheten i mitokondribosomen .
Protein
MALSU1 är en medlem av DUF143-familjen (= domän med okänd funktion 143 , Pfam PF02410 ) som är mycket konserverad i både prokaryoter och eukaryoter men inte arkea . Exempel på bevarande av däggdjur ges nedan med hjälp av ALIGN-verktyget från San Diego Supercomputer Center Biology Workbench. Procentandelar indikerar identiteten som delas av det mänskliga proteinet och respektive däggdjursprotein. Accessnummer är från NCBI-databasen.
| Arter | Tillträdesnummer | Identitet |
|---|---|---|
| Macaca mulatta | XP_001098609 | 93,20 % |
| Sus scrofa | NP_001092054 | 85,50 % |
| Bos taurus | NP_001068866 | 88,50 % |
| Canis familiaris | XP_853850 | 77,30 % |
| Rattus norvegicus | NP_001100063 | 81,60 % |
| Equus caballus | XP_001497879 | 90,70 % |
Det finns inga kända eller förutspådda paraloger i Homo sapiens . Det vill säga MALSU1 är en enkelkopiagen.
Domänen är från position 93 till 194 på det humana proteinet och omfattar 43,2 % av sekvensen. Denna konserverade domän finns också i växtgenen iojap , en mönsterstrimningsgen i majs. Men eftersom dess funktion har lösts åtminstone i bakterier, är det inte längre en "domän med okänd funktion".
Proteinfunktion
Även om proteinets funktion i mitokondrier inte är avgörande har dess bakteriella homolog visat sig tysta bakteriell translation genom att blockera de två ribosomala subenheterna från att förenas, därför kallades det RsfS (= ribosomal tystnadsfaktor i svält eller stationär fas, en synonym för RsfA ).
Protein-protein interaktioner . RsfS har via en jäst två-hybrid screening visat sig interagera med ribosomalt protein L14 i fyra bakteriearter såväl som i mitokondrier. MALSU1 visades interagera med CHMP-protein som är en del av ESCRT-III- komplexet (Endosomal Sorting Complex Required for Transport). DUF143 har också visats interagera med UFD1, tRNA-syntetaser klass II och Cytidylyltransferas i olika arkitekturer.
Egenskaper
Bioinformatik förutspådde följande egenskaper för LOC_115416:
- Molekylvikt : 26,2 KDal
- Isoelektrisk punkt : 5,155
Gen
C7ORF30 finns på kromosom 7 hos människor och går från 23 305 465 till 23 315 705. Det finns fyra förutsagda exoner i den mänskliga genen med bevarande som förekommer i de flesta däggdjursarter. Det finns inga avgörande uppgifter om huruvida genen uttrycks allmänt i mänskliga vävnader, men med uttryckta sekvenstaggar visar att den uttrycks i många vävnader.
Närliggande gener
MALSU1 är granne med GPNMB uppströms och IGF2BP3 nedströms, men den senare genen transkriberas på den motsatta strängen som löper från 3'- till 5'-änden. Det finns en viss liten överlappning av de otranslaterade regionerna i C7ORF30 och IGF2BP3 medan avståndet mellan C7ORF30 och GPNMB är 24 211 baspar.
externa länkar
- Mänskligt MALSU1- genomplacering och MALSU1- geninformationssida i UCSC Genome Browser .