LENG9

Leukocytreceptorklustermedlem 9 (LENG 9) är ett okarakteriserat protein som kodas av LENG9-genen. Hos människor förutspås LENG9 spela en roll vid fertilitet och reproduktionsstörningar associerade med kvinnliga endometriumstrukturer.

Gen

Plats

Genkvarter för LENG9 på kromosom 19.

LENG9 är belägen vid 19q13,42 på kromosom 19, och spänner över senssträngen ( -) från 54 461 796 bp till 54 463 711 bp. LENG9-genen är 1 930 baspar lång och innehåller en exon.

Gene Neighborhood

Generna LENG8-AS1 och CDC42EP5 grannar LENG9 på kromosom 19. CDC42EP5 sträcker sig över samma region av LENG9 medan LENG8-AS1 är placerad till vänster om båda generna. TTYH1 och LENG8 finns också i samma genkvarter men är belägna på den motsatta strängen.

Uttryck

LENG9 uttryck i olika vävnader

LENG9 uttrycks i hög grad (75-100 %) i skelettmuskler och delar av fostrets levervävnader medan det allestädes närvarande uttrycket av LENG9 är måttligt (50-75 %) i alla andra observerade vävnader. Mänskligt uttryck av LENG9 observeras i livmoderhalsen, lungan och moderkakan hos vuxna. Genen uttrycks också i sjukdomstillstånd inklusive lungtumörer och primitiva neuroektodermala tumörer, som vanligtvis finns hos barn eller unga vuxna. LENG9 uttrycks dock inte under det unga utvecklingsstadiet.

Promotor

Promotorregionen förutsägs vara 1101 baspar lång. Det transkriptionella startstället som finns i denna region är beläget 119 bp uppströms om startkodonet såväl som ett stoppkodon i läsramen vid 1087 bp till 1089 bp.

mRNA-transkript

Splitsvarianter

Hos människor har LENG9 två mRNA-osplicerade transkriptvarianter . Variant (1) är det längsta och mest bevarade transkriptet av genen och består av ett exon som består av 1 919 bp.

Protein

Generella egenskaper

LENG9 är 501 aminosyror lång, med en förutspådd molekylvikt på 53,2 kDa. Den isoelektriska punkten för LENG9-proteinet förutspås vara 7,7. Inga kända transmembransekvenser hittades för LENG9.

Sammansättning

Förutspådd tertiär struktur av LENG9-protein.

Analys av LENG9-proteinet utfördes mot den "mänskliga" databasen, vilket indikerade en högre frekvens av alanin- och prolinaminosyror än för ett normalt humant protein. Omvänt detekterades en onormalt lägre frekvens av aspartat-, isoleucin-, metionin-, asparagin-, serin- och tyrosinaminosyror.

Strukturera

Den sekundära strukturen av LENG9 förutspås bestå av alfa-helixer och beta-ark genom hela sekvensen. Den tertiära strukturen för LENG9 visas i bilden till höger.

Subcellulär lokalisering

En stark signalpeptid som detekteras i mitokondrieregionen (0,788) tyder på att LENG9-proteinet lokaliseras i mitokondriematrisen . Ytterligare analys bland andra däggdjursortologer förutspådde emellertid subcellulär lokalisering i cytoplasman och nukleär lokalisering för Danio rerio .

Post translationella ändringar

Förutspådda fosforyleringsställen för LENG9.

LENG9 förutspås genomgå posttranslationella modifieringar såsom fosforylering , N-terminal acetylering , sumoylering och C-terminal Glycosylphosphatidylinositol (GPI) ankarmodifiering.

Fosforylering

LENG9 innehåller många fosforyleringsställen fördelade i proteinsekvensen, som visas i diagrammet till höger. Dessa platser inkluderar kaseinkinas 2 (CK2), cAMP-beroende proteinkinas (PKA), proteinkinas C (PKC), ataxia telangiectasia mutated kinase (ATM), cyklinberoende kinas 5 (CDK5) och kaseinkinas 1 (CK1) .

N-terminal acetylering

Det finns ett förutsagt N-terminalt acetyleringsställe som finns i proteinet LENG9 vid serinaminosyraposition 3.

Sumoylering

Det finns två förutsagda sumoyleringsställen inom LENG9 vid position 82 och 452 på lysinrester.

C-Terminal GPI Ankare Modifiering

Ett C-terminalt GPI-modifieringsställe hittades på glycinresten vid position 486.

Domäner och motiv

Det finns 3 bevarade domäner i LENG9. Den metalljonbindande zinkfingerdomänen ZnF_C3H1 finns från aminosyra 46 till 61. LENG9 har också en domän med okänd funktion som tillhör domänfamiljen DUF504, som sträcker sig från aminosyra 109 till 160. Den sist konserverade domänen sträcker sig från aminosyra 320 till 500 och är känd som AKAP7 2'5' RNA-ligasliknande domän (AKAP7_NLS).

Konserverade WD40-upprepningar finns i LENG9, som spänner från aminosyra 98 till 159. Detta motiv kännetecknas av beta-propellerstrukturer i den tertiära strukturen.

PTM, domän och motivschema för LENG9-genen.

Proteininteraktioner

LENG9 har visat sig interagera med C9ORF41-proteinet som kodar för metyltransferas , involverat i att omvandla karnosin till anserin som finns i skelettmuskulaturen. En annan interaktör är CDC5L , som är en positiv regulator för cellcykeln för fas G2 till M-övergång. FOXS1 är ett annat interagerande protein som fungerar som en transkriptionsrepressor för att undertrycka promotorer som FASLG, FOXO3 och FOXO4.

Klinisk signifikans

Sjukdomsförbundet

LENG9-genen visade sig vara uppreglerad och uttryckt i endothelial endometrium (hEECs) vävnader under olika stadier av menstruations-/reproduktionscykeln när den transfekterades med RNA-genen, miR-30d . Eftersom ektopiskt överuttryck av miR-30d i hEECs observeras påverka cancerassocierade gener, förutspås LENG9 spela en roll i reproduktions- och endokrina systemstörningar.

Fertilitet

Analys av endometriemottaglighet med hjälp av miRNA av receptivt och prereceptivt endometrium från fertila kvinnor indikerade också signifikant uppreglering av miR-30d. Följaktligen antyder det inducerade uttrycket av LENG9 från miR-30d- transfektion ett möjligt förhållande mellan LENG9-genen och kvinnliga fertilitetsfunktioner.

Homologi

Förändring av utvecklingshastighet för LENG9 jämfört med fibrinogen och cytokrom C.

Evolution

Jämförelse av LENG9-proteinet utfördes mot fibrinogen och cytokrom C för att observera graden av evolutionär förändring. Den relativt snabba förändringshastigheten i LENG9 jämfört med andra proteiner tyder på att genen är adaptiv för vitala cellstrukturer och funktioner.

Paraloger

Det finns inga kända paraloger för LENG9.

Ortologer

LENG9 är mycket bevarad i däggdjur och benfiskar som zebrafisken. Den är också bevarad hos få reptiler och amfibier. Genen finns inte i ryggradslösa djur, fåglar, bakterier eller svampar

Släkt och art	Vanligt namn	Beställa	Divergens från Human Härstamning (MYA)	NCBI anslutning siffra	Sekvenslängd (bp)	Procent identitet till människan	Procent likhet med människa
Homo sapiens	Mänsklig	primater	0	NP_945339.2	501	100 %	100 %
Pan troglodyter	Schimpans		6,65	XP_003316725.1	479	94,4 %	94,4 %
Gorilla gorilla gorilla	Gorilla		9.06	XP_018870227.1	458	89,4 %	89,8 %
Macaca mulatta	Rhesusmakak		29,44	XP_014980381.1	476	80,7 %	83,5 %
Ictidomys tridecemlineatus	Trettonfodrad ekorre	Rodentia	90	XP_005341645.1	490	62,1 %	68,2 %
Peromyscus maniculatus bairdii	Rådjursmus		90	XP_006995933.1	488	56,6 %	63,5 %
Ceratotherium simum simum	Södra vita noshörningen	Perissodactyla	96	XP_014649760.1	528	58,3 %	64,1 %
Equus caballus	Häst		96	XP_001488865.2	506	58,0 %	63,5 %
Odobenus rosmarus divergens	Valross	Carnivora	94	XP_004415925.1	527	59,3 %	62,5 %
Panthera pardus	Leopard		96	XP_019292295.1	540	55,1 %	61,0 %
Bos taurus	Nötkreatur	Artiodactyla	96	XP_005192875.1	535	53,6 %	58,7 %
Ovis aries	Får		96	XP_014955819.1	669	41,1 %	47,1 %
Alligator mississippiensis	Amerikansk Alligator	Krokodilla	312	XP_014459626.1	452	39,0 %	46,5 %
Thamnophis sirtalis	Vanlig strumpebandsorm	Squamata	312	XP_013921249.1	505	32,6 %	45,5 %
Xenopus laevis	Afrikansk klogroda	Anura	352	XP_018080040.1	431	30,9 %	40,6 %
Nanorana parkeri	Hög Himalaya groda		352	XP_018430267.1	401	29,4 %	39,3 %
Sen calcarifer	Barramundi	Perciformes	435	XP_018538114.1	565	31,3 %	38,2 %
Nothobranchius furzeri	Tortoise Killfish	Cyprinodontiformes	435	XP_015805834.1	537	30,3 %	39,4 %
Danio Rerio	Zebrafisk		435	XP_005157957.1	542	27,9 %	37,5 %
Poecilia formosa	Amazon Molly		435	XP_007550061.1	569	26,7 %	37,5 %