KDM2B
| KDM2B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , CXXC2, FBXL10, Fbl10, JHDM1B, PCCX2, lysindemetylas 2B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Externa ID :n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Den humana KDM2B- genen kodar för proteinet lysin (K)-specifikt demetylas 2B.
Vävnad och subcellulär distribution
KDM2B är brett och starkt uttryckt i embryonala vävnader (särskilt i det växande centrala nervsystemet hos ryggradsdjur). Uttryck av KDM2B finns också kvar i de flesta organ hos vuxna. Proteinet finns i nukleoplasman och anrikas i nukleolen där det binder den transkriberade regionen av ribosomalt RNA för att undertrycka transkriptionen av ribosomala RNA-gener som hämmar celltillväxt och celltillväxt.
Strukturera
KDM2B-protein har flera domäner inklusive en JmjC-domän som har en histon-demetylasaktivitet som demetylerar trimetylerad Lys-4 och dimetylerad Lys-36 av histon H3. KDM2B känner igen och binder specifikt icke-metylerat DNA i CpG-öar genom dess ZF-CxxC DNA-bindande domän. KDM2B rekryterar följaktligen det icke-kanoniska polycomb-repressiva komplexet 1.1 (ncPRC1) till ometylerade CpG-öar via en direkt interaktion med BCOR och PCGF1 , vilket leder till mono-ubiquitylering av histon H2A på K119 och genrepression.
Fungera
Denna gen kodar för en medlem av F-box -proteinfamiljen som kännetecknas av ett motiv på cirka 40 aminosyror , F-boxen. F-box-proteinerna utgör en av de fyra subenheterna av ubiquitinproteinligaskomplex som kallas SCFs (SKP1-cullin-F-box), som fungerar i fosforyleringsberoende ubiquitination . F-box-proteinerna är indelade i 3 klasser: Fbws som innehåller WD-40-domäner, Fbls som innehåller leucinrika upprepningar och Fbxs som innehåller antingen olika protein-proteininteraktionsmoduler eller inga igenkännbara motiv. Proteinet som kodas av denna gen tillhör Fbls-klassen. Flera alternativt splitsade transkriptvarianter har hittats för denna gen, men fullängdsnaturen för vissa varianter har inte fastställts.
Som en del av ncPRC1.1-komplexet visade sig KDM2B snabbt och övergående rekryteras till platser för DNA-skada på ett PARP1- och TIMELESS-beroende sätt för att främja mono-ubiquitylering av histon H2A på K119 med åtföljande lokal minskning av H2A-nivåer och en ökning med H2A.Z. Dessa händelser främjar transkriptionell repression vid DNA-lesioner, signalering av dubbelsträngbrott och homolog rekombinationsreparation. Aktiviteten hos ncPRC1.1-komplexet vid DNA-lesioner var nödvändig för korrekt rekrytering av de två kanoniska PRC1-komplexen (cPRC1.2 och cPRC1.4), definierade av deras PCGF-subenheter, MEL18 respektive BMI1. Därför representerar rekrytering av ncPRC1.1-komplexet ett tidigt och kritiskt regulatoriskt steg i homolog rekombinationsreparation.
Klinisk signifikans
Förlust av KDM2B leder till allvarliga utvecklingsdefekter (tillväxtdefekter i hjärnan, inklusive misslyckande med stängning av neuralröret och kraniofaciala missbildningar, hematopoetisk utveckling) som leder till embryonal dödlighet
Vidare läsning
- Fujino T, Hasegawa M, Shibata S, Kishimoto T, Imai S, Takano T (maj 2000). "PCCX1, ett nytt DNA-bindande protein med PHD-finger och CXXC-domän, regleras av proteolys". Biokemisk och biofysisk forskningskommunikation . 271 (2): 305–10. doi : 10.1006/bbrc.2000.2614 . PMID 10799292 .
- Tzatsos A, Paskaleva P, Ferrari F, Deshpande V, Stoykova S, Contino G, Wong KK, Lan F, Trojer P, Park PJ, Bardeesy N (februari 2013). "KDM2B främjar cancer i bukspottkörteln via Polycomb-beroende och -oberoende transkriptionsprogram" . The Journal of Clinical Investigation . 123 (2): 727–39. doi : 10.1172/JCI64535 . PMC 3561797 . PMID 23321669 .
- Tzatsos A, Pfau R, Kampranis SC, Tsichlis PN (februari 2009). "Ndy1/KDM2B förevigar embryonala musfibroblaster genom att förtrycka Ink4a/Arf-lokuset" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 106 (8): 2641–6. Bibcode : 2009PNAS..106.2641T . doi : 10.1073/pnas.0813139106 . PMC 2650317 . PMID 19202064 .
- Janzer A, Stamm K, Becker A, Zimmer A, Buettner R, Kirfel J (september 2012). "H3K4me3 histondemetylas Fbxl10 är en regulator av kemokinexpression, cellulär morfologi och metabolomen hos fibroblaster. " Journal of Biological Chemistry . 287 (37): 30984–92. doi : 10.1074/jbc.M112.341040 . PMC 3438931 . PMID 22825849 .
- Frescas D, Guardavaccaro D, Bassermann F, Koyama-Nasu R, Pagano M (november 2007). "JHDM1B/FBXL10 är ett nukleolärt protein som undertrycker transkription av ribosomala RNA-gener". Naturen . 450 (7167): 309–13. Bibcode : 2007Natur.450..309F . doi : 10.1038/nature06255 . PMID 17994099 . S2CID 4325942 .
- Koyama-Nasu R, David G, Tanese N (september 2007). "F-box-proteinet Fbl10 är en ny transkriptionsrepressor av c-Jun". Naturens cellbiologi . 9 (9): 1074–80. doi : 10.1038/ncb1628 . PMID 17704768 . S2CID 30551299 .
- Szafranski K, Schindler S, Taudien S, Hiller M, Huse K, Jahn N, Schreiber S, Backofen R, Platzer M (2007). "Brott mot splitsningsreglerna: TG-dinukleotider fungerar som alternativa 3'-splitsningsställen i U2-beroende introner" . Genombiologi . 8 (8): R154. doi : 10.1186/gb-2007-8-8-r154 . PMC 2374985 . PMID 17672918 .
- Tsukada Y, Fang J, Erdjument-Bromage H, Warren ME, Borchers CH, Tempst P, Zhang Y (februari 2006). "Histonemetylering av en familj av JmjC-domäninnehållande proteiner". Naturen . 439 (7078): 811–6. Bibcode : 2006Natur.439..811T . doi : 10.1038/nature04433 . PMID 16362057 . S2CID 4415889 .
- Ge R, Wang Z, Zeng Q, Xu X, Olumi AF (juli 2011). "F-box protein 10, ett NF-KB-beroende antiapoptotiskt protein, reglerar TRAIL-inducerad apoptos genom att modulera c-Fos/c-FLIP-vägen" . Celldöd och differentiering . 18 (7): 1184–95. doi : 10.1038/cdd.2010.185 . PMC 3131965 . PMID 21252908 .
externa länkar
- Översikt över all strukturell information tillgänglig i PDB för UniProt : Q8NHM5 (Lysin-specifikt demetylas 2B) vid PDBe-KB .
Denna artikel innehåller text från United States National Library of Medicine, som är allmän egendom .