Isoaspartat
Isoaspartatsyra ( isoaspartat , isoaspartyl , β-aspartat ) är en asparaginsyrarest som är isomer till den typiska α- peptidkopplingen . Det är en β-aminosyra, med sidokedjan karboxyl flyttad till ryggraden. En sådan förändring orsakas av en kemisk reaktion där kväveatomen på N+1 efter peptidbindning (svart uppe till höger i figur 1) nukleofilt attackerar y-kolet i sidokedjan av en asparagin- eller asparaginsyrarest , bildar en succinimidmellanprodukt (i rött). Hydrolys av mellanprodukten resulterar i två produkter, antingen asparaginsyra (svart till vänster) eller isosparaginsyra, som är en β-aminosyra (i grönt längst ner till höger). Reaktionen resulterar också i deamidering av asparaginresten. Racemisering kan förekomma som leder till bildandet av D-aminosyror.
Kinetik för isoaspartylbildning
Isoaspartylbildningsreaktioner har antagits vara en av de faktorer som begränsar proteiners användbara livslängd .
Isoaspartylbildningen fortskrider mycket snabbare om asparaginet följs av en liten, flexibel rest (som Gly) som lämnar peptidgruppen öppen för attack. Dessa reaktioner går också mycket snabbare vid förhöjt pH (>10) och temperaturer.
Reparera
L-isoaspartylmetyltransferas reparerar isoaspartat- och D-aspartatrester genom att fästa en metylgrupp på sidokedjans karboxylgrupp i resten, vilket skapar en ester. Estern förvandlas snabbt och spontant till succinimiden (röd) och förvandlas slumpmässigt tillbaka till normal asparaginsyra (svart) eller isoaspartat igen (grön) för ett nytt försök.